Проголошення Декларації про державний суверенітет України, провал спроби серпневого перевороту кардинально змінили характер російсько-українських відносин, обом державам потрібно було зважати на національні інтереси одна одної, налагоджувати взаємовигідні контакти на міждержавному рівні. Введенню відносин України з Росією як незалежних держав у правове поле сприяло підписання низки угод — на 1 грудня 1995 р. між ними було укладено 80 угод, з яких 46 економічного характеру. Про стратегічний рівень партнерства свідчать обсяги міждержавного зовнішньоторговельного обороту. Зокрема, у першому півріччі 1998 р. майже чверть експортних поставок Україна здійснювала в Російську Федерацію, що дорівнює обсягу українського експорту в Китай, Туреччину, Німеччину, Білорусь та Італію разом узяті. Більша частина імпортних надходжень в Україну здійснювалася з Росії. Однак інтенсивність політичних контактів та масштабність економічних зв'язків зовсім не означають безхмарності в українсько-російських відносинах. Фахівці налічили десять вузлів протиріч у цих відносинах, невиріше-ність яких могла б за певних обставин перерости в пряму конфронтацію. Зокрема це стосується Криму та подальшої долі Чорноморського флоту, умов постачання в Україну з Росії енергоносіїв, розподілу активів колишнього Радянського Союзу.
Безумовно, основною больовою точкою російсько-українських відносин останніх років була проблема Криму та Чорноморського флоту. Кримська проблема мала два важливі аспекти, через які проходить конфронтаційна лінія, що розділяла Київ та Москву:
1. Легітимність (законність) перебування Криму в складі України. У минулому Кримський півострів входив до складу РРФСР. Він був переданий Україні декретом Президії Верховної Ради СРСР (19 лютого 1954 р.) з ініціативи Президії Верховної Ради РРФСР (резолюція від 5 лютого 1954 p.), що остаточно узаконено Верховною Радою СРСР у «Законі про передачу Кримської області з РРФСР до Української РСР» (26 квітня 1954 p.). Дискредитація комуністичної партії після спроби путчу, утворення незалежних України та Росії підштовхнули російських політиків до розгляду цього питання під іншим кутом зору, вони почали стверджувати, що рішення про передачу Криму було прийняте партійним керівництвом, а не Росією.
2. Особливості сучасного етнічного складу Криму. Відповідно до перепису 1989 р. росіяни становлять на півострові 67 % населення, українці — лише 25,8 %. Крім того, 47,7 % українців визнають російську мову рідною.
Динаміка російсько-української конфронтації з приводу кримського питання характеризується надзвичайною нерівномірністю: то раптове загострення, то тривале перебування цього питання в затінку великої політики. Причиною винесення кримського питання на державний рівень стали дії російської парламентської комісії із закордонних справ та зовнішньоекономічних зв'язків, яка в січні 1992 р. у своєму проекті резолюції запропонувала парламенту Росії проголосити рішення 1954 р. щодо Криму недійсним. Загострило ситуацію те, що навесні 1992 р. Київ і кримські владні структури завершували переговори щодо розподілу владних повноважень.
Подальшу ескалацію конфлікту спричинила резолюція закритої сесії російського парламенту (21 травня 1992 р.), у якій проголошено рішення 1954 р. «таким, що не має законної сили з моменту прийняття». Наступним кро'ком була ще одна постанова російського парламенту (липень 1993 p.), цього разу з приводу утвердження «російського федерального статусу» Севастополя, забезпечення фінансування з російського бюджету. Цей документ закликав до переговорів з Україною про статус міста «як головної бази єдиного Чорноморського флоту».
Цілком очевидно, що протягом всього розгортання конфлікту російська сторона намагалася використати Крим, як «розмінну монету» в переговорах про флот. Чорноморський флот, хоча і давно втратив своє стратегічне значення, становив для обох зацікавлених сторін певний інтерес, адже він налічував 45 великих надводних кораблів, 28 підводних човнів, 300 середніх і малих суден, 151 літак і 85 вертольотів палубної авіації — майже 10 % усього флоту колишнього СРСР вартістю понад 80 млрд дол.
Численні російсько-українські переговори з приводу статусу Криму та Чорноморського флоту в Одосі, Дагомисі, Ялті, Москві, Масандрі мали однакові сценарій та результат. Ці зустрічі більше засвідчували наміри сторін, а не конкретні шляхи розв'язання «кримського вузла». Характерною тенденцією переговорів були постійні поступки української сторони під тиском такого російського важеля, як засуви на нафто- та газопроводах, у питанні розподілу Чорноморського флоту. Вистояти в умовах гострої політичної кризи, жорсткого пресингу російської сторони дали можливість, з одного боку, конструктивна, гнучка політика керівництва республіки, з іншого— підтримка міжнародної спільноти, в тому числі Рад Безпеки ООН та США, які на офіційному рівні критикували позицію Росії у кримському питанні, кваліфікуючи її як порушення міжнародних норм і угод.