"За згодною прозбою всЂх их милостей и отцев наших духовных и стану шляхетського, обывателей кієвских всякого стану, вписных братства церкви и монастыря богоявленія в КієвЂ, ставропигіи святЂйшаго вселенскаго, прирожонаго отца и пастыря Россійской церкви, патріархи Константинопольского, старшим братом, опекуном и фундатором того святого братства, обители и школ в тот братскій реєстр подписуюсь: Петр Могила, милостію Божіею архимандрит свято-великой чудотворной Лавры Печерской Кієвской, яко любопослушник святЂйшого вселенского Константинопольского патріархи, в лЂто 1631, мЂсяца марта 11 дня, рукою власною".
Очевидно, ціною цього протекторату була підтримка кандидатури Могили на митрополію, інакше не можна собі того уявити.
Взявсь і уряд з значним опізненням до заходів коло відсунення опозиційних кандидатів. В червні 1631 року король давав директиву тодішньому київському воєводі Тишкевичу з приводу смерті Борецького: зайняти митрополичу резиденцію — Михайлівський монастир, але обережно, так щоб не ввійти в конфлікт з козаками і не дати її захопити котрому кандидатові опозиції: "аби не був на це місце висаджений козаками якийсь чоловік непокірний і бунтливий, котрий би потім бунтував і наговорював проти католиків і уніатів". Як такого кандидата королеві давали до відомості протопопа Мужилівського, що, покинувши жінку, силується стати митрополитом. Але ця інтервенція була вже почасти зайва, почасти спізнена. Михайлівський монастир, як ми вже знаємо, був обсаджений Могилиним намісником, вибір митрополита проходив під знаком опозиції урядові.
На жаль, маємо мало матеріалу з цих місяців, коли важилася доля митрополії, не знаємо точної дати вибору митрополита ні його подробиць; велика шкода, бо це був момент, безперечно, великого напруження — боротьби різних ідеологічних і соціально-політичних течій.
Передусім щодо кандидатури Андрія Мужилівського. Вище наведена його реляція московському патріархові, писана 20 вересня і передана з московським агентом Гр. Гладким, дає розуміти, що справа митрополії тоді ще не покінчилась. Андрій Мужилівський, що, можливо, в зв’язку з цим постригся в ченці, і тут виступає вже як печерський ієромонах Анатолій ("Чорний піп", як його називає путивльська одписка), межи рядків рекомендуючи себе як замісника Борецького, наслідник його правовірних і приязних до Москви настроїв. Усно Гладкому він говорив, що готов їхати до Радимишля розвідати про вісті, обіцяв "вирвати" в П. Могили листи царя й патріархів до козаків і їм віддати, кожним словом подавав надії на дуже активну політичну роль. Але кінець кінцем кандидатура Мужилівського не пройшла навіть серед опозиції, може, власне тому уряд вперед так різко відкинув її і наказав адміністрації її всяко поборювати.
У Могили була, очевидно, партія поміж київською патріархією і шляхтою 1; вони мали впливи і в Київському братстві, але ці впливи стрічалися тут з іншими течіями.
1 В деякій мірі орієнтують нас імення учеників Могилиної лаврської школи року 1631/2; тут бачимо спудеїв з таких шляхетних родин: Трипільських, Олекшичів, Полубенських, Суринів, Проскур-Сущанських, Суслів, шляхтою вважали себе і Мужилівські, репрезентовані в реєстрі школи Самійлом Мужилівським. Див. нижче.
Братство як ціле хиталося в цім моменті між лояльною програмою Могили, що між іншим містила в собі програму узаконення православної ієрархії, і бажаннями заспокоїти маси (козацьке військо в тім числі), що хотіли на митрополичному престолі мати певну і надійну православну особу, з которою можна не боятись нових уніатських інтриг. Коли б Могила був вибраний в цей час 1631 р., він, певно, одержав би королівське потвердження як кандидат лояльний, і проблема відновлення православної ієрархії була б виконана до кінця ще за Жигимонта. Але перемогли православні пуритани, відсунувши немилого клерикалам Мужилівського, вибрали більш непомітного Ісайю, поклацаючись, може, і на його зв’язки з домом Вишневецьких і самих Могилів. Але Могила з цим не помирився. Коли стало йому ясно, що братство в цілості не підтримує його кандидатури на митрополію, він знову ще літом 1631 р. висунув свою програму щільного пристосовання православного життя до потреб і вимог Річи Посполитої, не рахуючися з братською опозицією. Виїхав до Львова по організаційні матеріали для задуманої шкільної реформи: по людей і книги. На жаль, не знаємо подробиць — перед нами тільки його заява чи "асекурація", — вживши тодішньої термінології, видана у Львові 15(25) червня, де він зобов’язався забезпечити персонал проектованої школи: тих людей, що приймуть у ній професорські посади і т. ін., він наче полишає собі ще можливість вибору між Лаврою і Братством:
"Я Петр Могила, милостію божією архимандрит киевскій печерскій, видячи в церкви православной, для неумЂетности духовных и для нецвиченья молодежи, великую утрату на душах людских, за ласкою и помощію божією, и теж за поводом власной воли моей, хотячи забЂчи так великой утраты и хотячи от православія заблудших позыскать, умыслилем фундовать школы для того, абы молодеж во вшелякой побожности, в обычаех добрых и в науках вызволіоных цвичена была. А то не в жадный пожиток ани теж в славу мою, только в славу и в честь живоначальные нарездЂлимыя святыя тройцы отца и сыня и святого духа, в пользу и утЂху рода правовЂрнаго.
На тое дЂло божіе совокупелем братію до себе, под певными правилами, до тоєи святои справы належными имЂти, хотячи. Опатреньє слушное так на пищу и на одежду, як и на иншіе потребы за своего власного вЂчными часы им подати маю, на певних персон, ведлуг описанья фундушу, аби дЂло божіє без препоны отправовали. Єднак, поки мене благодать божія на том свЂтЂ задержит, вшеляко во всем оным опекуном и промитором маю быти, як ми здольность и забавы архимандрическіи допущати будут, и як потреба их в служенію душам людским вытегати будет. В том дЂлЂ божієм абы поспЂх и без отоволки был, так теж братія, на тое везваныи, абы без вшелякой вымовки совокуплялися. на той час тым, которыи при мнЂ суть, честным отцем и братіи, то есть: ієромонаху ІсаіЂ Трофиміусо†и монаху Сильвестру Коссовови и до них напотом совокупляемым, зо всего сердца моего пред Господом Богом шлебую, иж им все тое што кольвек будет описано в фундушу, од мене им поданом, без отволоки и без утиску до скуту приводити в КіевЂ, в монастырю Печерском, альбо гдЂ мнЂ и им здаваться будет. А той фундуш маю им подати правный и не подозроный яко найрыхлей, єднак же выполненья того обЂту моего повынны чекать мЂсяцей дванадесят не далей.
Што все абы певнЂйше было, в храмЂ Успенія Пресвятыя Владычицы нашея богородицы дЂвы Марій, во Львове в мЂстЂ, пред престолом господним, добровольно обЂцую. A гдебым, не окончивши тоей справи божіей, был взят о того свЂта, тестаментом тое варовати, а опекунов людей зацных и потужных, абы тоє для скутку без вшелякого нарушенья воли моей приводили, уживати маю. ДЂяло се во ЛьвовЂ, року 1631, іюня 15, в церк†Братской" 1.
З початком шкільного року 1631/2 Могила з зібраними силами приступив до організації школи в Лаврі. Пізніший вихованець Могилянської колегії Гавр. Домецький переказав нам традицію цієї колегії, що Могила ще перед тим, скоро по своїм посвященні на архімандрита, вислав кількох монахів у чужі краї для науки 2; ця відомість вповні правдоподібна, хоча може бути вагання, коли саме сталася посилка цих могилянських стипендіатів і хто саме був післаний (сам Домецький називає для прикладу тільки одного Гізеля, і це дуже правдоподібно, що він був таким стипендіатом Могили) 3. Але тепер, в 1632 році, був, очевидно, переведений набір місцевих українських і білоруських сил, як свідчить наведена тільки що львівська асекурація Могили.