Во главе организации стояла Коренная управа, в состав которой входило 29 основателей общества (из них 22 ранее были членами «Союза спасения»). Управа избрала думу из шести человек. Главами и блюстителями Коренной управы в разное время были С. П. Трубецкой, И. А. Долгоруков, Ф. П. Толстой, Ф. Н. Глинка. Численность общества достигала 200 человек.
Кроме Коренной управы общества предусматривалось создать до 30 побочных управ, каждую из которых возглавлял бы член Коренной управы «Союза благоденствия». Побочные управы должны были стать опорой тайного общества во время государственного переворота.
Во второй части программы «Союза благоденствия», не дошедшей до нас, излагалась главная его цель — уничтожение самодержавия, отмена крепостного права и учреждение конституционно-представительного правления. Осуществить революционный переворот планировалось через 10–20 лет.
На Украине действовала Тульчинская управа, возглавляемая П. И. Пестелем. Она состояла из офицеров 2-й армии и была одной из самых многочисленных — в нее входило около 30 человек. Формирование Полтавской управы поручили члену Коренной управы, правителю канцелярии малороссийского генерал-губернатора М. Н. Новикову. Группу членов «Союза благоденствия», сосредоточенных в Киеве, возглавил начальник штаба 4-го корпуса член Коренной управы генерал М. Ф. Орлов. Он развернул широкую просветительную деятельность среди солдат в Киеве. Организованные им школы взаимного обучения охватывали около 1800 человек, а учебные текстовые таблицы разошлись по всей России. Отправленный в 1820 г. во вторую «почетную ссылку» в Кишинев на должность командира 16-й пехотной дивизии, М. Ф. Орлов здесь, как и в Киеве, открыл солдатскую и юнкерскую школы взаимного обучения и назначил их руководителем вначале своего адъютанта, члена «Союза благоденствия» капитана К. А. Охотникова, а позже — активного деятеля «Союза благоденствия», поэта и педагога майора В. Ф. Раевского. В школах велась революционная агитация. Но в начале 1822 г. военные власти заключили в крепость В. Ф. Раевского и отстранили от командования дивизией М. Ф. Орлова, а организованные ими школы закрыли.
С членами «Союза благоденствия» поддерживал дружественные связи приезжавший в Киев гениальный русский поэт А. С. Пушкин, сосланный царским правительством за вольнодумство на Юг России.
П. И. Пестель
Программа «Союза благоденствия» продолжала разрабатываться и дополняться. В январе 1820 г. на совещании Коренной управы в Петербурге было решено, что после переворота в России следует установить республиканскую форму правления. Большинство членов Коренной управы поддерживало также идею уничтожения царя и передачи после переворота власти в руки временного правления. Решение о провозглашении России республикой — наивысший взлет в деятельности «Союза благоденствия». Но эти решения вызывали раздоры и разногласия в обществе, обостряли борьбу между его радикальным и умеренным течениями.
С. И. Муравьев-Апостол
Проблемы будущего устройства России все чаще обсуждались во время встреч членов тайного общества. В августе 1820 г. Никита Муравьев и М. С. Лунин посетили Тульчин, где познакомились с деятельностью местной управы и конституционным проектом П. И. Пестеля. Встречи активных членов общества, их дискуссии в Каменке в декабре 1820 г. с участием А. С. Пушкина способствовали активизации деятельности тайного общества на Украине.
В начале января 1821 г. в Москве состоялся съезд «Союза благоденствия». В связи с отсутствием на съезде П. И. Пестеля и Никиты Муравьева верх взяли умеренные члены общества во главе с Н. И. Тургеневым, избранным президентом съезда. Радикальные предложения М. Ф. Орлова о подготовке восстания не встретили одобрения.
Идейные разногласия, обнаружившиеся на съезде, а также сообщения о раскрытии деятельности общества привели к самоликвидации «Союза благоденствия».
Довольно продолжительная деятельность первых революционных обществ — важный этап в подготовке сил освободительного движения в России, в начертании основ его программы и выработке организационных форм, в определении путей осуществления заветных целей — отмены крепостного права и ликвидации самодержавия.