Подписание Зборовского договора не прекратило борьбы украинского народа против угнетателей. Казацкая старшина, обеспечив свои интересы, согласилась с его условиями, однако против выступило крестьянство, стремившееся навсегда избавиться от феодального гнета. Уже осенью 1649 г. на Поднепровье с новой силой развернулось антифеодальное и освободительное движение. Крестьяне и мещане, остававшиеся в повстанческих отрядах, не пускали в имения возвращающихся помещиков. Их действия поддерживало рядовое казачество. Выступления народных масс, недовольных условиями Зборовского договора, возглавили брацлавский полковник Д. Нечай и и миргородский полковник М. Гладкий. Возвращение на Украину польских панов и жестокие репрессии вынудили крестьян снова взяться за оружие, чтобы отстоять свое право на свободу. Десятки крестьянских повстанческих отрядов действовали на Волыни, Подолии и в Восточной Галичине.
Защищая интересы старшины, Б. Хмельницкий сдерживал стихийные выступления народных масс, иногда прибегая к суровым мерам наказания «бунтовщиков». Этим он пытался не дать повод польско-шляхетскому войску для вторжения в центральные районы Украины, выиграть время для подготовки армии к предстоящим военным действиям.
Гетман надеялся на военную помощь со стороны России, хотел предотвратить возможность враждебных выступлений Крымского ханства против России и Украины и его союза с Речью Посполитой. Учитывая недовольство народных масс, он намеренно затягивал составление реестра и не разрешал въезд королевской администрации на территорию Войска Запорожского до утверждения сеймом Зборовского договора. Казацкие полки оставались во многих населенных пунктах (Лоев, Любеч, Стародуб и др.), которые, согласно Зборовскому договору, передавались под контроль польско-шляхетских властей.
Магнаты и шляхта, возвращавшиеся на Украину в свои имения, наталкивались на сопротивление крестьян и казаков, которые отказывались выполнять феодальные повинности, бежали на территорию Левобережной и Слободской Украины, вступали в вооруженные стычки с отрядами жолнеров. Борьба украинского населения за свободу и независимость приобрела особую остроту и широкий размах на территории Брацлавского полка, где в конце 1649 г. под знаменами Д. Нечая собралось около 40 тыс. повстанцев. В некоторых случаях недовольство крестьян и казаков распространялось и на политику старшинской администрации. В частности, в январе 1650 г. на Запорожье вспыхнуло восстание казаков, требовавших отмены Зборовского договора. По приказу гетмана восстание было подавлено. В конце марта 1650 г. повстанческие отряды действовали в районе Шаргорода, Винницы, Браилова и других городов Подолии.
Подготовка сил для продолжения освободительной войны. Поход армии Б. Хмельницкого в Молдавию. Зборовский договор не удовлетворял и польско-шляхетские круги, стремившиеся к полной реставрации своей власти на Украине. И хотя начавшийся в ноябре 1649 г. вальный сейм ввиду безвыходности положения согласился с необходимостью выполнять условия договора, внести его в конституцию (закон) отказался.
Половинчатое решение вопроса было на руку гетману и казацкой старшине, получавшим основание для отказа от неукоснительного соблюдения всех условий Зборовского договора, в том числе и о количестве реестра.
Пытаясь изолировать Украину, правительство Речи Посполитой возлагало большие надежды на Молдавию, феодальная верхушка которой с самого начала освободительной войны украинского народа занимала к ней откровенно враждебную позицию. Господарь Молдавии В. Лупул давно поддерживал тесные связи с польскими и литовскими магнатами, разделяя их стремление подавить освободительную борьбу на Украине. Польская дипломатия пыталась запугать и царское правительство мнимой «казацкой» и татарской опасностью с тем, чтобы разорвать установившиеся между Россией и Украиной связи.
Гетманская администрация в свою очередь активизировала внешнеполитическую деятельность, направленную против происков польской дипломатии. С целью предотвращения вторжения крымских татар на русские земли, подготавливаемого ханом по наущению правительства Речи Посполитой, и освобождения Молдавии из-под влияния последней, Б. Хмельницкий предложил хану совместный поход в Молдавию (август 1650 г.). Хан принял этот план гетмана. В лагерь под Уманью собралось 70-тысячное крестьянско-казацкое войско, выступившее вместе с татарами в поход на Молдавское княжество.