Полковая канцелярия в г. Чернигове (конец XVII в.).
В административном отношении территория Левобережья разделилась на полки: Гадячский (с 60-х годов), Киевский, Кропивнянский, Лубенский (с 1658 г. вместо Кропивнянского), Миргородский, Нежинский, Переяславский, Прилукский, Полтавский, Стародубский (с 1663 г.) и Черниговский. Деление на 10 полков сохранялось до конца XVII в. Полковым центром обычно избирался развитый в экономическом отношении город. Во главе полка стоял полковник, как правило, из числа зажиточной казацкой верхушки. К полковой старшине относились обозный, писарь, судья, есаул и хорунжий. Они выполняли те же административно-военные функции, что и соответствующая генеральная старшина, только в масштабе полка.
Полки, в свою очередь, состояли из 7—20 сотен, которые возглавлялись сотниками. Им принадлежала вся полнота власти, укреплявшаяся одновременно с усилением всего административного аппарата. Пользуясь поддержкой гетманской администрации, сотники зачастую по многу лет удерживали за собой эти должности. Их ближайшими помощниками являлись писарь, есаул и хорунжий, также представлявшие зажиточное казачество.
Административно-военные должности формально считались выборными, однако в большинстве случаев вышестоящие власти по своему усмотрению назначили на них своих ставленников. Деятельность административного аппарата носила ярко выраженный классовый характер — она всецело направлялась на укрепление господствующего положения украинских феодалов, крепостнических порядков и подавление антифеодальных выступлений трудящихся масс.
Близкими к сотням административными единицами были волости и староства. Они объединяли несколько сел с окрестными землями, принадлежавшими гетману или монастырям. Эти единицы существовали в Стародубском, Нежинском и Гадячском полках.
Сотни состояли из куреней, в состав которых входило одно или несколько сел и хуторов. Делами казацкого населения ведал выборный атаман, крестьянского — войт. Часто сотенная и полковая старшина назначала на эти должности угодных ей лиц. Если в первые годы после освободительной войны распоряжения гетманов и полковников адресовались сельским общинам, то с 60-х годов — только войтам и атаманам.
В административном устройстве Слобожанщины было много общих черт с административным устройством Левобережья. Ее территория также разделялась на полки, являвшиеся главной административной единицей края. Во второй половине XVII в. существовали Острогожский (Рыбинский), Ахтырский, Сумской, Харьковский и с 1685 г. Изюмский полки, делившиеся на сотни. В административном и военном отношении они подчинялись белгородскому воеводе, Разрядному, а с 1688 г. и Посольскому приказам. Высшая административная, военная, финансовая и судебная власть на территории полка принадлежала полковнику, на территории сотни — сотнику. Полковые и сотенные должности были те же, что и в левобережном казацком войске. Пользуясь господствующим положением, казацкая старшина в большинстве случаев добивалась избрания на эти должности лиц своего сословия.
Согласно решениям Переяславской рады 1654 г. Запорожье, наряду со всеми освобожденными украинскими землями, воссоединилось с Россией. По Андрусовскому договору о перемирии (1667) оно формально подчинялось еще и Речи Посполитой. Однако запорожское казачество не признавало власти последней и совместно с населением других районов Украины и русским народом настойчиво боролось против захватчиков. Эта борьба увенчалась полной победой. В 1686 г. правительство Речи Посполитой вынуждено было отказаться от притязаний на запорожские земли, ставшие неотъемлемой частью Русского государства.
Как и русские казачьи области, Запорожье в составе России пользовалось правом самоуправления. Несмотря на формальную подчиненность гетману Левобережной Украины, оно поддерживало непосредственные связи с русским правительством. Высшим органом считалась войсковая рада, созываемая для решения наиболее важных вопросов — участие запорожского казачества в военных действиях, межевание земель, выборы войсковой старшины и т. п. Право участия в ее работе формально принадлежало всем казакам. Однако запорожская серома, занимавшаяся промыслами и работавшая в старшинских зимовниках вдали от Сечи, не имела возможности являться на раду. Пользуясь этим, верхушка казачества, как правило, добивалась утверждения выгодных для нее решений.