Выдержка и твердая позиция Палия вывели дипломата из равновесия. Назвав старого полковника «предателем», он грозил гневом царя и разгромом казаков войсками Речи Посполитой. Однако Паткуль вынужден был признать, что у Палия многочисленное войско, и потому он советовал польному гетману не идти на Белую Церковь, а крестьянам-повстанцам объявить амнистию. Во время пребывания в Белой Церкви Паткуль ближе познакомился с Палием и его казаками и пришел к выводу, что конфликт на Правобережье возник именно по вине шляхты, угнетавшей крестьян и казаков. Он дал высокую оценку предводителю казаков Семену Палию. На этом миссия Паткуля закончилась, не оправдав надежд польского правительства и шляхты.
Польское правительство продолжало настаивать на том, чтобы правительство России приняло участие в подавлении освободительного движения на Правобережье и запретило запорожским казакам присоединяться к восставшим, предлагало Мазепе отобрать у Палия Белую Церковь и передать польному гетману. Однако царское правительство не разрешало вмешиваться в борьбу на Правобережье гетману Мазепе, который охотно бы принялся за подавление восстаний. Из Москвы пристально следили за событиями. В марте и мае 1703 г. правобережным казакам даже посылалось царское жалованье.
Восстание 1704 г. Арест и ссылка Семена Палия. Правобережные казацкие полки пополняли свои сотни, усиливали крепости в Белой Церкви, Богуславе, Корсуне, готовились к дальнейшей борьбе против польско-шляхетских захватчиков.
Самусь и Искра в январе 1704 г. приезжали на Левобережье, чтобы добиться принятия их вместе с казацким войском, населением и освобожденной территорией под протекторат Русского государства. В Батурине, Переяславе и Нежине состоялись переговоры. Гетман Мазепа решительно отказался быть посредником в этом деле. Под страхом смерти он запретил крестьянам и казакам переходить на правый берег Днепра для участия в освободительной борьбе, посылал в Москву доносы на Палия, обвиняя его в предательстве и сношениях с магнатами, сторонниками Швеции. Он неоднократно предлагал царскому правительству арестовать Палия, Самуся и Искру, расправиться с казаками, изгнав их из крепостей.
Не располагая достаточными и достоверными данными о положении на Правобережной Украине, царское правительство поверило лживым доносам Мазепы и даже дало согласие на арест Палия, но при условии, что его место займет такой же ярый противник шляхты.
В Батурине весной 1704 г. гетманская канцелярия получила царский указ — казацкому войску переправиться на правый берег Днепра и вести борьбу против отрядов магнатов — сторонников шведов. В мае казацкие полки вступили на Правобережье. К ним незамедлительно присоединились полки Палия, Самуся и Искры.
В начале июля 1704 г. Палий направил погребищенского сотника Г. Борисенко в Немиров, чтобы поднять крестьян и мещан на восстание против шляхты. Повстанцы освободили Немиров и разгромили шляхетский отряд в местечке Сеняве. Это выступление стало сигналом к общему восстанию на Подолии и Брацлавщине. На Подолии Ф. Шпак, сформировав новый отряд из 600 повстанцев, провозгласил себя полковником Войска Запорожского и продолжал вести борьбу против шляхты.
Пламя восстаний охватило огромную территорию Правобережной Украины. Повстанцы освободили ряд городов и сел, установив там самоуправление. На помощь восставшим прибывали казаки из Запорожья и Левобережья, крестьяне и городская беднота. Восстание перекинулось в Молдавию. Волнения казацкой голытьбы начались на Запорожье, где 8 тыс. казаков собирались идти на Левобережье, чтобы там громить имения панов и арендаторов. Старшина едва сдерживала это движение.
Враг украинского народа Мазепа вместе с шляхтой готовил расправу над восставшими. Он вступил в преступный сговор с королем и магнатами Польши. 12 июля 1704 г. Мазепа издал универсал к шляхте Киевского воеводства, в котором заявил, что казацкое войско прибыло не для поддержки сил восставших, а исключительно с целью оказать помощь Речи Посполитой в борьбе против шведов и их сообщников. Гетман требовал от крестьян прекращения восстания, угрожая им расправой.
Вечером 31 июля 1704 г. по приказу Мазепы был арестован Семен Палий, прибывший с небольшим отрядом в лагерь казацкого войска под Бердичев. С. Палия обвинили в предательстве. Гетман направил значительный отряд сердюков и компанейцев для захвата Белой Церкви, в которой находился гарнизон из нескольких сотен правобережных казаков. Вскоре ему удалось овладеть крепостью. Город-крепость Немиров гетман приказал передать польско-шляхетскому гарнизону. Гетманские войска вступили в Фастов, Корсунь и Богуслав.
Арест предводителя казаков и захват главных центров повстанцев облегчили гетману и шляхте подавление освободительного движения. На Правобережье свирепствовали карательные отряды гетманских сердюков и шляхты. Под их защитой шляхтичи и арендаторы возвращались в имения, восстанавливая там крепостнические порядки. Оставив на Правобережье 3-тысячное казацкое войско, Мазепа с полками в конце октября 1704 г. вернулся на Левобережье.
На Правобережье остались также полки Самуся и Искры. Семен Палий почти год содержался в тюрьме Батуринской крепости. В июне 1705 г. под стражей его отправили в Москву. По царскому указу от 30 июля казацкий полковник был сослан в Сибирь — вначале в Верхотурье, а затем — в Тобольск, где и находился до конца 1708 г.
Народные восстания 1702–1704 гг. против польско-шляхетского господства на Правобережной Украине — яркая страница классовой и освободительной борьбы украинского народа. Направленные против феодалов и иностранных захватчиков, они проходили под лозунгами воссоединения Правобережной Украины с Россией.
Попытка воссоединения Правобережной Украины с Россией. В последующие годы освободительное движение на Украине не прекращалось. Крестьяне при поддержке казаков все чаще поднимались против угнетателей. Возникали повстанческие отряды. В частности, крестьянин И. Тригук, в 1703 г. бежавший от шляхетской расправы в Молдавию, весной 1705 г. вернулся на Подолию и, собрав отряд восставших крестьян, громил шляхетские имения. Восстания вспыхнули на Брацлавщине и Киевщине. Для их подавления польское правительство направляло карательные войска. Шляхта создавала специальные трибуналы, а также использовала гродские суды для расправы с повстанцами. Она требовала вывода с Правобережья казацких полков С. Самуся, З. Искры, А Ханского (зятя С. Палия) и других полковников, контролировавших значительную территорию.
В июне 1705 г. по царскому указу в новый поход на Правобережье выступили 40-тысячное казацкое войско и три русских полка. В походе приняли участие также правобережные полки. Это войско заняло Киевщину, Волынь, Восточную Галичину и достигло Белзского воеводства. Оно пробыло там до июля 1708 г., защищая Правобережье от наступления шведских захватчиков.
Польское правительство требовало от Петра I возвращения Правобережной Украины под власть Речи Посполитой и вывода оттуда казацких полков. 20 февраля 1707 г. в Жолкве (Восточная Галичина), где находилась главная квартира русской армии, послы правительства Польши передали Петру I статьи с категорическим требованием незамедлительно возвратить крепости и всю территорию Правобережной Украины, которая по договору 1686 г. отошла Речи Посполитой, а Самуся, Искру и других казацких полковников арестовать. Царь обещал отозвать войска и удерживать от нападений на шляхту. В марте того же года шляхта Киевского воеводства, с согласия коронного гетмана, направила послов к царю с аналогичными требованиями. 3 июля 1707 г. в Люблине генеральная конфедерация вручила русскому представителю мемориал с требованием возвратить Правобережную Украину под власть Польши. Царское правительство дало уклончивый ответ, ссылаясь на военное время и наступление шведов.
Летом 1707 г. прибыли польская правительственная комиссия с полномочиями принять Правобережье под власть Польши. Петр I определил свою политику в отношении Правобережной Украины в секретном письме от 20 сентября к гетманскому правлению на Левобережье. Царское правительство ни теперь, ни после окончания воины против Швеции пе намеревалось отдавать Правобережье Польше. К этому решению его побуждал ряд причин. Во-первых, Польша, возвратив себе Правобережье, мешала бы его отношениям с дружественными России государствами; во-вторых, предполагалась новая война с Турцией (Польша, владея Правобережьем, препятствовала бы успешным действиям русских войск на этой территории); в-третьих, Польша через Правобережье могла бы во вред России поддерживать отношения с Турцией и Крымским ханством. Учитывая все это, царь рекомендовал гетманской администрации использовать любой повод для отвлечения внимания польской правительственной комиссии от вопроса, касавшегося возвращения Правобережной Украины Польше. Таким образом, царское правительство вновь решило принять Правобережную Украину в состав Русского государства. Объективно это решение совпадало с настойчивым стремлением народных масс правобережных украинских земель, которые вели длительную борьбу против польско-шляхетского господства.