Подписание Зборовского договора не прекратило борьбы украинского народа против угнетателей. Казацкая старшина, обеспечив свои интересы, согласилась с его условиями, однако против выступило крестьянство, стремившееся навсегда избавиться от феодального гнета. Уже осенью 1649 г. на Поднепровье с новой силой развернулось антифеодальное и освободительное движение. Крестьяне и мещане, остававшиеся в повстанческих отрядах, не пускали в имения возвращающихся помещиков. Их действия поддерживало рядовое казачество. Выступления народных масс, недовольных условиями Зборовского договора, возглавили брацлавский полковник Д. Нечай и и миргородский полковник М. Гладкий. Возвращение на Украину польских панов и жестокие репрессии вынудили крестьян снова взяться за оружие, чтобы отстоять свое право на свободу. Десятки крестьянских повстанческих отрядов действовали на Волыни, Подолии и в Восточной Галичине.
Защищая интересы старшины, Б. Хмельницкий сдерживал стихийные выступления народных масс, иногда прибегая к суровым мерам наказания «бунтовщиков». Этим он пытался не дать повод польско-шляхетскому войску для вторжения в центральные районы Украины, выиграть время для подготовки армии к предстоящим военным действиям.
Гетман надеялся на военную помощь со стороны России, хотел предотвратить возможность враждебных выступлений Крымского ханства против России и Украины и его союза с Речью Посполитой. Учитывая недовольство народных масс, он намеренно затягивал составление реестра и не разрешал въезд королевской администрации на территорию Войска Запорожского до утверждения сеймом Зборовского договора. Казацкие полки оставались во многих населенных пунктах (Лоев, Любеч, Стародуб и др.), которые, согласно Зборовскому договору, передавались под контроль польско-шляхетских властей.
Магнаты и шляхта, возвращавшиеся на Украину в свои имения, наталкивались на сопротивление крестьян и казаков, которые отказывались выполнять феодальные повинности, бежали на территорию Левобережной и Слободской Украины, вступали в вооруженные стычки с отрядами жолнеров. Борьба украинского населения за свободу и независимость приобрела особую остроту и широкий размах на территории Брацлавского полка, где в конце 1649 г. под знаменами Д. Нечая собралось около 40 тыс. повстанцев. В некоторых случаях недовольство крестьян и казаков распространялось и на политику старшинской администрации. В частности, в январе 1650 г. на Запорожье вспыхнуло восстание казаков, требовавших отмены Зборовского договора. По приказу гетмана восстание было подавлено. В конце марта 1650 г. повстанческие отряды действовали в районе Шаргорода, Винницы, Браилова и других городов Подолии.
Подготовка сил для продолжения освободительной войны. Поход армии Б. Хмельницкого в Молдавию. Зборовский договор не удовлетворял и польско-шляхетские круги, стремившиеся к полной реставрации своей власти на Украине. И хотя начавшийся в ноябре 1649 г. вальный сейм ввиду безвыходности положения согласился с необходимостью выполнять условия договора, внести его в конституцию (закон) отказался.
Половинчатое решение вопроса было на руку гетману и казацкой старшине, получавшим основание для отказа от неукоснительного соблюдения всех условий Зборовского договора, в том числе и о количестве реестра.
Пытаясь изолировать Украину, правительство Речи Посполитой возлагало большие надежды на Молдавию, феодальная верхушка которой с самого начала освободительной войны украинского народа занимала к ней откровенно враждебную позицию. Господарь Молдавии В. Лупул давно поддерживал тесные связи с польскими и литовскими магнатами, разделяя их стремление подавить освободительную борьбу на Украине. Польская дипломатия пыталась запугать и царское правительство мнимой «казацкой» и татарской опасностью с тем, чтобы разорвать установившиеся между Россией и Украиной связи.
Гетманская администрация в свою очередь активизировала внешнеполитическую деятельность, направленную против происков польской дипломатии. С целью предотвращения вторжения крымских татар на русские земли, подготавливаемого ханом по наущению правительства Речи Посполитой, и освобождения Молдавии из-под влияния последней, Б. Хмельницкий предложил хану совместный поход в Молдавию (август 1650 г.). Хан принял этот план гетмана. В лагерь под Уманью собралось 70-тысячное крестьянско-казацкое войско, выступившее вместе с татарами в поход на Молдавское княжество.
Появление крестьянско-казацкого и татарского войска явилось полной неожиданностью для молдавского господаря. Передовые отряды под командованием Д. Нечая без боя овладели Яссами, а молдавские полки, оставленные В. Лупулом в городе для охраны его двора, присоединились к крестьянско-казацкому войску. В. Лупул направил к гетману Б. Хмельницкому послов с просьбой о мире.
В сентябре 1650 г. был подписан договор, по условиям которого Молдавия вступала в союз с Украиной. В. Лупул обязался не помогать Польше, уплатить казакам и татарам контрибуцию 600 тыс. талеров и отдать замуж свою младшую дочь Розанду за сына Б. Хмельницкого Тимофея. Благодаря украинско-молдавскому договору польское правительство лишилось союзника, а Украина обезопасила тем самым свой левый фланг в случае возобновления войны с Речью Посполитой.
Поход крестьянско-казацкого войска в Молдавию способствовал новому подъему освободительного и антифеодального движения. Народные массы Украины с новой силой поднялись на борьбу против шляхты и магнатов. Широкий размах приобрело освободительное движение на Правобережье. В августе-сентябре 1650 г. в Киевском воеводстве восставшие (около 15 тыс. человек) изгнали или уничтожили значительное количество шляхты.
Б. Хмельницкий универсалом от 20 сентября 1650 г. потребовал от старшинской администрации на местах подавить восстания на Поднепровье и наказать виновных в нарушении мира. Отношение гетмана к крестьянским выступлениям изменилось лишь в конце 1650 г., когда возникла опасность нового вооруженного конфликта с Речью Посполитой. Теперь старшина рассчитывала использовать повстанческие отряды для пополнения войска.
Дальнейшее укрепление русско-украинских связей. Земский собор 1651 г. и его решения. Освободительная война украинского народа создавала необходимые предпосылки для воссоединения Украины с Россией. Укреплялись русско-украинские связи. В январе 1650 г. русское правительство запретило вывоз хлеба в Литву и Польшу. В то же время увеличились размеры помощи хлебом Украине, где вследствие неурожая остро ощущалась нехватка продовольствия. Экономические связи способствовали дальнейшему сближению братских народов.
Русская дипломатия активно поддерживала Украину на международной арене. В этом плане особенно большую роль сыграло посольство братьев Пушкиных в Варшаву (март 1650 г.). Послы заявили резкий протест русского правительства в связи с нарушением Речью Посполитой условий Поляновского договора и выдвинули перед королем требование наказать наиболее агрессивных магнатов (Вишневецкого, Потоцкого и др.), возвратить Смоленск и другие захваченные русские города, выплатить 500 тыс. злотых за понесенные Россией убытки. В случае отказа послы угрожали разрывом дипломатических отношений и войной. При этом было подчеркнуто, что Запорожское Войско, которое неоднократно обращалось к царю с просьбой принять его на службу, также будет продолжать воевать против Речи Посполитой. Послы предупредили, что царское правительство готово оказать Украине военную помощь. Это была серьезная поддержка освободительного движения на Украине.
Во время пребывания в Варшаве русские послы встретились с посольством Украины во главе с С. Богдановичем-Зарудным. Представители гетмана просили Пушкиных не отказываться от предъявленных королю требований, заверяя их в том, что в случае вступления России вместе с Украиной в войну против Речи Посполитой они найдут поддержку угнетенного польского народа и одержат победу. Украинские послы ходатайствовали также о содействии в скорейшем решении вопроса о воссоединении Украины с Россией.
Б. Хмельницкий отчетливо видел неизбежность продолжения войны с Речью Посполитой, поскольку польские магнаты не отказались от претензий на Украину. Он понимал, что отстоять ее свободу можно только с оружием в руках, что собственными силами сделать это украинский народ не сможет и единственное его спасение в союзе с русским народом.