Хотя формально принцип выборности и сохранялся, в большинстве случаев генеральная, полковая и сотенная старшина не избиралась, а назначалась вышестоящими властями. Видимость избрания демонстрировалась созывом казаков на раду, где зачитывался соответствующий гетманский универсал или царская грамота о назначении определенных лиц на административные должности. При этом мнение рядовых казаков полностью игнорировалось, что зачастую вызывало среди них сильные волнения. В 1719 г. казаки Носовской сотни Киевского полка решительно протестовали против назначения сотником местного богача Былины. Они изорвали универсал о его назначении, «переломили корогву» и избили гетманского представителя. Только после ареста тридцати наиболее активных участников возмущения и заточения их в глуховскую тюрьму полковой старшине удалось сломить сопротивление казаков.
Пользуясь своим влиянием, многие сотники занимали должности по нескольку лет без всякого переизбрания. Чигирин-дубравский сотник Булюбаш пробыл на своем посту около 30 лет (1706–1736), девицкий сотник Селецкий — около 40 лет (с 1717 г.), воронежский сотник Холодович — 25 лет (с 1715 г.) В Ичнянской сотне Прилукского полка представители семейства Стороженко занимали сотникскую должность почти 50 лет.
После смерти И. И. Скоропадского местный административный аппарат возглавил наказной гетман П. Л. Полуботок (1722–1723). Для управления Украиной была создана Малороссийская коллегия (1722–1727), состоявшая из шести русских офицеров во главе с президентом — бригадиром С. Вельяминовым. Коллегии принадлежала вся полнота власти, в том числе и право контроля за действиями местной администрации. Она самостоятельно решала наиболее важные политические, административные и финансовые вопросы, иногда ущемлявшие интересы казацкой старшины. Ведению коллегии подлежали также гражданские дела украинского духовенства, чьи права и привилегии постепенно ограничивались.
Стремясь использовать старшину в целях укрепления своей власти над трудящимися массами Украины, правительство в некоторых случаях шло ей на определенные уступки. В феврале 1725 г. появился царский указ, в котором вновь подтверждались давние права и привилегии старшины, ликвидировались непомерные подати, установленные Малороссийской коллегией и приводившие к волнениям среди трудящихся масс. Левобережная Украина подчинялась непосредственно Коллегии иностранных дел, было дано разрешение на избрание нового гетмана. Однако эти уступки носили временный характер.
Уже в последние годы гетманства Д. П. Апостола (1727–1734) управление Левобережной Украиной, по сути, перешло в руки князя А. И. Шаховского, одновременно управлявшего и Слобожанщиной. После смерти Д. П. Апостола выборы гетмана вновь были запрещены, а для управления Украиной сформировано «Правление гетманского уряда» (1734–1750), состоявшее из представителей казацкой старшины и русских чиновников. «Правление гетманского уряда» проводило политику, направленную на укрепление власти украинских и русских феодалов над народными массами.
Так же, как и Левобережная Украина, Слобожанщина продолжала сохранять полково-сотенное административное устройство. Территория пяти полков (Ахтырского, Изюмского, Сумского, Острогожского и Харьковского) делилась на сотни, количество которых зависело от ее заселенности. Местный административный аппарат, возглавляемый полковниками и сотниками, непосредственно подчинялся белгородскому воеводе. В ходе деления страны на губернии слободские полки в 1708 г. вошли в состав Азовской, а с 1718 г. Ахтырский, Сумской и Харьковский — Киевской губерний. В 1722 г. все они вновь переданы в ведение белгородского воеводы, а с 1726 г. — Военной коллегии.
Последовательно укрепляя власть на окраинах страны, царское правительство в 1732–1737 гг. провело реформу управления на Слобожанщини. Была создана «Канцелярия комиссии учреждения слободских полков», состоявшая из русских офицеров и казацких полковников. При решении дел последние пользовались лишь правом совещательного голоса. Полковые канцелярии по своим функциям и полномочиям приравнивались к канцеляриям русских губерний. При них организовывались конторы, где оформлялись купчие крепости на движимое и недвижимое имущество, решались вопросы отчуждения земель и т. п. Все судопроизводство базировалось на общерусском законодательстве.
В связи с обострением отношений с Турцией, а также стремлением использовать Слобожанщину в качестве плацдарма правительство в 1743 г. ликвидировало «Канцелярию комиссии учреждения слободских полков» и вновь подчинило ее Военной коллегии и белгородскому губернатору. Его представители, находившиеся во всех полковых городах, контролировали действия старшинской администрации.
Административное устройство Новой Сечи. Запорожская Сечь до 1709 г. располагалась на острове Чертомлык возле современного села Капуливки (Никопольский район Днепропетровской области). Как и предыдущие сечи, она являлась прибежищем для угнетенных масс и очагом антифеодальных выступлений на Украине, что вызывало сильную озабоченность гетманской администрации и царских властей. Вследствие обострения классовой борьбы в стране в начале XVIII в. участились попытки правительства упразднить ее. Использовав переход части запорожцев во главе с К. Гордиенко на сторону шведских захватчиков, а также руководствуясь классовыми и военными соображениями, Петр I приказал войскам уничтожить Сечь. После разрушения сечевых укреплений в 1709 г. некоторые казаки спустились вниз по Днепру и осели по берегам р. Каменки, однако в 1711 г. по приказу царя они были изгнаны и оттуда.
Спасаясь от преследований, несколько тысяч запорожцев с разрешения крымского хана и турецкого султана переселились в урочище Алешки (современный город Цюрупинск Херсонской области), на территорию, принадлежавшую тогда Крымскому ханству. Положение казаков значительно ухудшилось. Ханская администрация взимала с них тяжелые подати, принуждая к выполнению различных работ, в том числе сооружению укреплений на Перекопе и в других местах. Опасаясь усиления запорожцев, хан запретил им возводить оборонительные сооружения и иметь артиллерию. Переселенцы оказались фактически беззащитными перед произволом татарских феодалов, которые вторгались на казацкие земли, грабили, уводили в плен и убивали население. С установлением линии государственной границы России и Крымского ханства между реками Орелью и Самарой (согласно Прутскому трактату 1711 г.) запорожцам запрещалось поддерживать связь с Украиной и Россией. Сократился приток беглых крестьян — основной источник пополнения убывающих рядов казаков. Ухудшавшиеся с каждым годом условия жизни, тоска по родным местам усиливали стремление казачества к возвращению на Запорожье.
В среде запорожцев нарастал протест против старшины, которая любой ценой пыталась удержать их во владениях крымского хана. В 1714 г. казаки сместили кошевого атамана К. Гордиенко, избрали на его место сторонник возвращения на Украину И. Малашевича и обратились к царю с просьбой о разрешении поселиться на Запорожье. Не решаясь усложнять взаимоотношения с Турцией и Крымским ханством, правительство России официально отказалось удовлетворить просьбу казаков, однако отдало распоряжение гетманской администрации принимать и расселять запорожцев, бежавших с Алешек на подведомственную ей территорию.
Стремление казаков к возвращению в родные места становилось все сильнее и в 1728 г. вылилось в открытое вооруженное восстание. Восставшие, разгромив дома, корчмы и лавки старшины, которая препятствовала им, и забрав семьи, имущество, войсковые клейноды (войсковые знаки и атрибуты власти старшины), двинулись вверх по Днепру и расположились на берегах р. Подпольной. Официальное разрешение на поселение казаков на Запорожье последовало лишь в начале 1734 г., когда резко обострились отношения между Россией и Турцией. Планируя использовать запорожцев в предстоящей войне с Турцией, русское правительство разрешило им основать на р. Подпольной Новую Сечь (в 5–7 км от прежней Чертомлыкской Сечи). Во владение Войска Запорожского передавались земли, которыми оно пользовалось ранее, и устанавливалось годовое жалованье в 20 тыс. руб.