В более сложной обстановке приступили к работе подпольные обкомы и райкомы партии, находившиеся непосредственно в населенных пунктах. Именно они понесли самые большие потери. Тем же руководителям, которым удалось избежать ареста, приходилось фактически сеть подпольных организаций в своих районах создавать заново. Например, в Житомирской области из оставленного для работы в тылу врага состава обкома не был арестован лишь его первый секретарь Г. И. Шелушков. В конце 1941 г. под его непосредственным руководством было вновь создано около 20 подпольных групп в Житомире, установлена связь со многими районами области и налажена работа подпольных организаций в Житомирском, Коростышевском, Чудновском, Потиевском и Емильчинском районах. Также трудно приходилось Днепропетровскому подпольному обкому партии во главе с Н. И. Сташковым и Д. Г. Садовииченко, Харьковскому во главе с И. И. Бакулиным, Сталинскому во главе с С. Н. Щетининым, Одесскому во главе с А. П. Петровским и С. С. Сухаревым, Сумскому во главе с А. И. Антоновым, Каменец-Подольскому во главе с И. К. Николюком. Недолго существовали Черновицкий, Станиславский и Измаильский подпольные обкомы. В первые месяцы оккупации смертью героев погибли их руководители: А. П. Боярко, З. Д. Глеб, Е. С. Бескровный, В. П. Ефремов и К. П. Добрянский, которым с большими трудностями удалось проникнуть в свои области. Не смогли выйти в заданные районы руководители Винницкого, Дрогобычского, Львовского, Ровенского и Тернопольского обкомов партии. Не закрепились в тылу врага заблаговременно подготовленные Николаевский и Волынский подпольные обкомы. Не удалось приступить к работе Киевскому и Ровенскому подпольным обкомам партии.
Но, несмотря на это, подпольнопартизанская борьба все-таки развертывалась в названных областях, она развертывалась везде и всюду, ибо советские люди не могли мириться с фашистской оккупацией. Так, в Киеве с первых дней оккупации начали действовать основной подпольный горком партии, возглавляемый В. И. Хохловым, а затем К. П. Ивкиным, и запасной подпольный горком партии во главе с С. Г. Брузом. После первых массовых арестов они в течение ноября — декабря 1941 г. создали в городе шесть новых райкомов и несколько первичных партийных организаций. Много оставленных подпольных партийных комитетов и организаций начали работу в районах Киевской области, а также в других областях республики.
Под руководством партийных организаций развернула работу сеть созданного и оставленного в тылу врага комсомольского подполья. С первых дней оккупации начали действовать Харьковский, Запорожский, Киевский и Сумской подпольные обкомы ЛКСМУ, Киевский горком комсомола, ряд райкомов и много низовых комсомольских организаций.
Одновременно с деятельностью заблаговременно подготовленного партийно-комсомольского подполья и под его влиянием с первых дней оккупации создавались и росли новые подпольные организации. Так, в Каменец-Подольской области осенью 1941 г. возникли и активно действовали Славутский окружной комитет под руководством Ф. М. Михайлова и Проскуровский комитет во главе с Н. А. Храновским. В Виннице возник подпольный центр под руководством И. В. Бевза. К концу 1941 г. он охватывал подпольные организации ряда районов области. В Тепликском районе Винницкой области в октябре 1941 г. был создан партийный комитет во главе с А. К. Микитенко. Осенью того же года в результате объединения нескольких подпольных организаций образовался Вознесенский подпольный центр под руководством Г. Я. Гончаренко и И. В. Пошукайло. Окружающие районы координировали с ним свою деятельность. В это же время возникли и развернули активную деятельность подпольная организация в Николаеве во главе с В. А. Лягиным (Корневым), превратившаяся со временем в крупный подпольный центр областного масштаба, Корсунь-Шевченковский «Комитет 103» под руководством А. Е. Хоменко, Днепропетровская подпольная партийная организация во главе с Г. П. Савченко, Мариупольская группа во главе с Е. М. Штанько, Мелитопольская организация под руководством А. И. Василенко, подпольная организация во главе с В. А. Шиманским на Винничине, Днепропетровская комсомольская организация, возглавляемая Л. Е. Лукьяновой, комсомольская организация в Сталино во главе с С. Г. Матекиным, Б. И. Орловым, С. В. Скобловым и др.
В исключительно тяжелых условиях приходилось работать антифашистскому подполью в западных областях Украины. Здесь гитлеровцам активно помогали подлые предатели и враги украинского народа — украинские буржуазные националисты. Не было такого города или села, где бы они не совершали издевательств, пыток и убийств советских людей. Главный удар националистических банд направлялся не только на передовую часть местного населения и советских воинов, оказавшихся в окружении, но и на тех, кто хоть бы словом или намеком высказывал свое благорасположение к советскому строю. В выявлении советских активистов оккупантам и буржуазным националистам помогали униатские церковники во главе с верным прислужником гитлеровцев митрополитом А. Шептицким. Террор захватчиков и их националистических приспешников дополнялся разнузданной вражеской антисоветской пропагандой, которую упорно проводила и церковь, имевшая влияние на определенную часть политически несознательного населения.