Опираясь на поддержку Войска Запорожского, православные иерархи в последующие годы неоднократно безуспешно ставят вопрос о признании королем законности произведенных хиротоний (рукоположений, посвящения в сан). Невозможность же достижения компромисса с руководством Речи Посполитой подталкивает Киевского митрополита Иова Борецкого к налаживанию тесных контактов с российскими иерархами и поиску покровительства российского царя.
Митрополит Петр Могила
Лишь после смерти нетолерантного в вопросах религии Сигизмунда III весною 1632 г. удается достичь определенного компромисса. В выданном при коронации Владислава IV дипломе легализировалась существующая де-факто с 1620 г. православная иерархия, за православными признавалось право свободы вероисповеданий, право строить новые и отстраивать старые церкви, закладывать школы, типографии, братства. Предусматривалось возвращение православным отобранных у них ранее униатами святынь и церковного имущества. Декларировалось право свободного перехода из православия в унию, и наоборот. Православные получали свободный доступ в органы городского самоуправления.
Развить достигнутый успех был призван и акт избрания на митрополичий престол сына молдавского господаря, а в то время архимандрита Киево-Печерского монастыря Петра Могилы. Принимая во внимание знатность происхождения претендента, его материальную независимость и высокое социальное положение (тесные родственные связи с князьями Вишневецкими и Корецкими, пребывание под патронатом гетмана С. Жолкевского), избрание Могилы митрополитом Киевским существенно повышало статус православной церкви в Речи Посполитой.
Успенский собор Киево-Печерского монастыря. Гравюра из книги «Бесіди Ioaннa Златоуста». Киев, 1623 г.
Используя поддержку короля, митрополит добивается возвращения в пользование православными древнерусской святыни — Софийского собора. На реставрацию этой «главы и матери всех церковь», а также других православных святынь — церкви святого Василия и Спаса на Берестове, Успенского собора Печерского монастыря и Михайловской церкви в Выдубецком монастыре — владыка направляет огромные но тем временам средства. Одновременно Могила уделяет большое внимание внутренней консолидации православной церкви, укреплению дисциплины среди духовенства, а также существенному повышению образовательного уровня клира.
Еще пребывая во главе Киево-Печерского монастыря, владыка открыл школу, которая по принципам своей деятельности напоминала иезуитские коллегии. В школе изучали греческий язык, латынь, использовали учебные пособия, признанные в ведущих европейских образовательных центрах. Собственно говоря, и высокий уровень образования обеспечивали профессора, учившиеся в европейских «академиях латинских». Внедряемое в Печерской школе новаторство возбуждало негативную реакцию со стороны консервативной части православной иерархии, склонной усматривать в нововведениях угрозу устоям греческой веры. Впрочем, объединение Лаврской школы с функционирующей при Богоявленском монастыре — Братской, примирило стороны. Учебное заведение переместилось из Печерска на более демократичный ремесленнический Подол, однако построение учебного процесса в нем было скопировано со школы Петра Могилы. Образовавшийся в результате этого Киево-Могилянский колегиум стал воплощением синтеза западноевропейской модели образования и украинских духовных ценностей. В нем преподавались, кроме так называемых семи свободных искусств, также философия и богословие, что являлось формальным свидетельством его наивысшего, академического, статуса.
Успенский собор Киево-Печерского монастыря. Гравюра из книги «Пречестниє акафісти…». 1709 г.
Реализуя курс «национализации» православия, митрополит добился канонизации печерских угодников. Огромное впечатление на современников произвела организованная Могилой акция поклонения мощам святого Владимира, обнаруженным при раскопках Десятинной церкви. Кроме того, владыка последовательно работает над унификацией церковных таинств, впервые в истории восточного христианства издает книгу с текстами церковных служб и порядком проведения треб (Требник Могилы). В 1640 г. митрополит издает первый православный «Катехизис», содержащий толкование основных положений веры.