Великої шкоди завдавало і те, що у багатьох місцях після розгрому міської і сільської підпільної мережі ОУН зменшився її вплив на стрільців УПА, порушилась скоординованість акцій. Багато боївок, залишившись без політичного керівництва, діяло на свій розсуд, їх члени (а це здебільшого були прості селянські хлопці) частенько скочувалися на шлях зведення особистих рахунків, діяли за принципом «око за око», «зуб за зуб».
Надзвичайно ускладнилася тоді і проблема харчування членів ОУН-УПА. На початок 50-х років на західноукраїнських землях насильницькими методами було завершено колективізацію сільського господарства. Це призвело до жахливого зубожіння всього населення, внаслідок чого воно неспроможне було задовольнити потреби ОУН-УПА в продовольстві. Єдиним джерелом добування харчів стали радянські магазини і колгоспні продовольчі склади.
Тепер замість масових боїв, облав великими силами, практикованих раніше, органи МВС-МДБ застосовували так зване «прочісування», «розроблювання» (разработку - Ю. К.) провідних членів збройного підпілля. Прочісування полягало в тому, що невеликі відділи МВС-МДБ, звичайно 1-5 сотень, оточували несподівано ліс чи село і за допомогою собак обстежували кожен кущ, кожну хату і мало не кожну п'ядь землі. «Розроблюванням» керівних членів збройного підпілля, кожного зокрема, займалися вищі чини МДБ, маючи для цих потреб цілий штат співробітників. Завдання «розроблювання» полягало у вивченні особи даного командира, його звичок, родинних відносин, приватного життя, улюблених місць перебування тощо, і на підставі цього вибирався спосіб, який повинен був привести до фізичного знищення такого командира шляхом нападу, засідки або якоїсь провокації. Чекістам також вдалося проникнути в мережу ОУН-УПА. На зрадницький шлях стали окремі члени ОУН. Така ганебна деградація відбулася з одним із керівників закордонного проводу ОУН - М. Матвієнком.
Зрозуміло, що в цих неймовірно важких умовах боротьби ОУН-УПА зазнавала кожного дня болючих втрат. 4 листопада 1948 р. у бою з чекістами на околиці села Малий Любінь, яке майже почало підійматися з попелу після страшної, подібної до Хатинської трагедії, вчиненої тут радянськими вояками на початку 1945 р., був убитий видатний командир «УПА-Захід» ВО «Буг» Крайовий Провідник ОУН Львівського краю Федір (Зеновій Таршаковець). 31 січня 1949 р. у Львові, відстрілюючись, загинув полковник УПА Лицар (Олександр Гасин). В лютому 1949 р. на Волині енкаведисти вбили командира УПА, Крайового Провідника ОУН на Північно-Західних Українських Землях Смока (Петра Козака). 17 квітня 1949 р. під час облоги криївки в долині річки Лімниці застрелився командир «УПА-Захід» полковник Шелест (Василь Сидор). В жовтні 1949 р. помер від рани командир УПА Хрін, який був широко відомий своєю боротьбою на Закерзонні, талановитий літератор, автор відомих на Заході мемуарів «Крізь сміх заліза», та «Зимою у бункері». 5 березня 1950 р. стався найбільший для УПА удар - в с. Білогорща під Львовом, оточений спецвідділами МДБ, яких навмисно прислали з Києва, загинув смертю героя Головний Командир УПА генерал-хорунжий Тарас Чупринка (Роман Шухевич). Про це шеф МДБ Абакумов одразу ж повідомив особисто Сталіна. Після смерті Р. Шухевича його пост зайняв полковник Коваль (Василь Кук).
Загибель Р. Шухевича стала для УПА-ОУН непоправним ударом. Жорстокі репресії, підступність та військова могутність ворога призвели до того, що вже в 1951-1953 рр. збройна боротьба ОУН-УПА закінчилась поразкою, хоча окремі боївки протримались до середини 50-их років. Та це були останні з хоробрих бійців. Певну роль в остаточному припиненні боротьби відігравала деяка лібералізація комуністичного режиму після смерті Сталіна і зміни у внутрішній політиці Радянської держави за М. Хрущова.
Окрему, але поки що мало відому сторінку історії УПА, становлять повстання у сталінських концтаборах. Політично-організаційною основою для цих повстань служило доручення ОУН-УПА, видане ще в 1947 р. під назвою «До насильно вивожуваних на Сибір і на большевицькі каторжні роботи». В 1949 р. встановлено зв'язок між Проводом ОУН-УПА на Українських Землях і полоненими членами ОУН-УПА, яких було вислано за межі українських земель. Ці засланці і каторжани організували «ОУН-Північ», їх провід очолював Михайло Сорока. Цей провід керував і координував страйками і повстаннями політв'язнів по всій території Гулагу. 1953 року у воркутинських таборах, а в 1954 р. в концтаборі Кенгіра відбулись масові бунти в'язнів, які були надзвичайно жорстоко придушені військами МВС. Найбільш активними серед бунтарів були ув'язнені стрільці УПА. Засуджені члени ОУН готували також збройне повстання в Екібастузькому таборі. Учасників змови видав зрадник. Очевидцем цих подій був російський письменник О. Солженіцин.