Юлиан счел необходимым известить кузена о том, что произошло, и предложить ему некое компромиссное соглашение. Посланники Юлиана обнаружили Констанция в Каппадокии. Тот, получив от них письмо мятежного цезаря, пришел в страшный гнев. Однако, будучи на тот момент связанным военными операциями на Востоке, все, что он мог сделать открыто, это послать Юлиану суровое предупреждение. Втайне же Констанций начал подстрекать варварские племена к возобновлению атак в долине Рейна. И лишь четыре года спустя, воспользовавшись передышкой в персидской кампании, он сумел подготовить наступательную операцию против двоюродного брата.
Юлиан никак не мог решить, что ему следует предпринять: встретить Констанция на полпути, в долине Дуная, где он мог присовокупить к своей армии расквартированные там войска, в лояльности которых он был не слишком уверен, или же ждать противника в Галлии, на собственной земле, с безусловно верными ему легионами. И снова, как нам о том сообщают хронисты, боги дали ему знак. Во исполнение их воли, Юлиан принес быка в жертву Беллоне, богине войны, собрал свою армию в Вене и выступил на Восток. Юлиан продвинулся только до Наисса (Ниша) на территории современной Сербии, когда из столицы пришло неожиданное сообщение: Констанций умер, а Юлиан уже признан императором всеми армиями на Востоке. Выяснилось, что Констанция в Тарсе свалила лихорадка и 3 ноября 361 г., в возрасте сорока четырех лет, его не стало.
Юлиан поторопился отправиться в Константинополь. Когда тело его предшественника доставили в столицу, он облачился в траурную одежду и распорядился объявить траур во всем городе. Стоя на пристани, новый император наблюдал за выгрузкой гроба. Потом он возглавил похоронную процессию, направившуюся к церкви Св. Апостолов, и, не стыдясь, плакал во время погребения убийцы своего отца. Только после того как похоронная церемония завершилась, он принял символы имперской власти и более никогда в жизни не посещал христианских церквей.
По восшествии Юлиана на престол был создан военный трибунал для суда над некоторыми верховными министрами и советниками Констанция, заподозренными в злоупотреблении своими властными полномочиями. Нескольких человек приговорили к смерти, причем двоих погребли заживо. По самому дворцу тоже прошлась новая метла — тысячи человек были уволены без всякой компенсации. От всего дворцового персонала остался лишь базовый костяк, призванный обеспечивать личные нужды императора — потребности одинокого человека (его жена Елена к тому времени умерла), аскетичного и ведущего умеренную жизнь, для которого еда и питье представляли весьма малый интерес, а радости человеческого общения и вовсе никакого. Радикальные преобразования были также осуществлены в аппарате правительства, причем с ориентацией на старые республиканские традиции.
Но подобного рода мероприятия мог осуществить в принципе любой новый император. Что отличает Юлиана как правителя, так это его исключительная преданность язычеству. Когда Юлиан был цезарем, ему приходилось внешне выказывать приверженность христианской вере, но как только услышал о смерти Констанция, более уже не притворялся. Став августом, Юлиан взялся за составление законов, которые, по его мнению, должны были искоренить христианство и восстановить почитание древних богов во всей Римской империи. Он не считал нужным прибегать к репрессиям — мученики всегда только укрепляли христианскую церковь. Прежде всего он полагал аннулировать указы, в соответствии с которыми были закрыты языческие храмы, потом объявить амнистию для всех тех ортодоксальных клириков, которых проарианское правительство Констанция отправило в ссылку. В результате, считал Юлиан, ортодоксы и ариане снова вцепятся друг другу в глотки. По замечанию историка Аммиана, «он опытным путем установил, что никакие дикие звери не бывают столь враждебны по отношению к человеку, как христианские секты в отношении друг друга. В конце концов, был уверен новый император, христиане убедятся в ошибочности своего пути — это лишь вопрос времени».
Юлиан являл собой уникальное в своем роде сочетание: римский император и одновременно греческий философ и мистик. Как император он знал, что его империя больна. Армия морально разлагается и все менее способна поддерживать мир и спокойствие вдоль границ государства. Правительство изъедено коррупцией. Такие старые римские добродетели, как мужество, честь и чувство долга, теперь мало кем ценятся. Непосредственные предшественники Юлиана были сибаритами и сластолюбцами, еще способными повести войска в бой, но гораздо более того предпочитавшими покойно нежиться в своих дворцах в окружении женщин и евнухов. Конечно, все это являлось результатом нравственного упадка в обществе. Как философ, Юлиан попытался обнаружить причину этого упадка и пришел к заключению, что виновник здесь один — христианство. Оно третировало моральные ценности старого Рима, его суровую простоту и благородную мужественность, пропагандируя при этом слюнявую мягкотелость вроде подставления под удар другой щеки. Христианство лишило империю силы и стойкости, на место которых пришли изнеженность и беспомощность, причем это произошло во всех социальных слоях.