Такой поворот событий серьезно встревожил императора. В тот момент, когда ему была крайне необходима поддержка Римской церкви в борьбе против Тотилы, он взял да и настроил ее против себя. Поэтому Юстиниан промолчал, когда Вигилий отказался осудить «Три главы», и принялся несуетливо восстанавливать отношения с ним. Однако через восемнадцать месяцев Тотила был уже у ворот Рима. Если бы ему удалось овладеть городом, то он смог бы взять папу римского в заложники, что имело бы совершенно непредсказуемые последствия. Юстиниан действовал быстро. 22 ноября 545 г. отряд императорской гвардии прибыл в Рим, схватил Вигилия и доставил в Константинополь. Здесь постоянное давление на Вигилия, оказываемое императором и императрицей, дало наконец результат. 29 июня Вигилий официально примирился с Миной, a 11 апреля 548 г. появился «Judicatum»[28] папы, в котором он формально осудил «Три главы».
Озабоченность Юстиниана вопросом о «Трех главах» заставила его забыть об итальянских проблемах, но 16 января 550 г. история повторилась — группа недовольных исавров в римском гарнизоне вновь открыла ворота войску Тотилы. Когда в 546 г. готы в первый раз вошли в город, они постарались там как следует обосноваться. Многие из них заняли пустые дома, в которых разместились со своими семьями; разрушенные здания ремонтировались и восстанавливались. Теперь же Тотила возродил игры в Большом цирке, причем лично руководил действом из императорской ложи. Именно это особенно задело Юстиниана. Он сразу же начал искать нового главнокомандующего размещенных в Италии сил, и взамен отозванного ранее Велисария назначение получил евнух Нарсес, которому было уже хорошо за семьдесят.
В начале 552 г. Нарсес и его тридцатипятитысячная армия начали итальянский поход. Пройдя Равенну, они двинулись на юг по Фламиниевой дороге. Тотила в это время направлялся по той же дороге на север, чтобы блокировать им путь. Так что к концу июня римская и готская армии встретились, приготовившись к решающей схватке. Сражение закончилось достаточно быстро: византийцы неожиданно нанесли удар готам с флангов, и те, не выдержав, в панике покинули поле боя. Тотила, будучи смертельно раненным, бежал вместе с остальными и умер несколько часов спустя.
Готы позднее консолидировали свои силы под командованием Тейи, одного из самых храбрых военачальников Тотилы; Нарсес же двинулся дальше на юг. Рим пал после непродолжительной осады, в пятый раз поменяв хозяев с момента начала правления Юстиниана, после чего старый евнух продолжил свой победный марш. В долине реки Сарно, в одной-двух милях от Помпей, римляне и готы в октябре 552 г. встретились для coup de grâce[29]. Уже в начале битвы Тейя был сражен метко направленным копьем, а к вечеру следующего дня несколько оставшихся в живых готов согласились вступить в переговоры. По условиям подписанного соглашения они обязались покинуть Италию и никогда более не участвовать в военных действиях против империи. Наконец были реализованы самые масштабные амбиции Юстиниана.
Тем временем папа Вигилий все еще находился в Константинополе, увязнув в диспуте о «Трех главах». Под давлением западных епископов он аннулировал свой «Judicatum» в 550 г., а в 551 г. его отношения с императором стали еще более натянутыми, когда Юстиниан выступил с новым эдиктом, сурово осуждавшим «Главы». Папа созвал собрание, пригласив на него всех епископов с Востока и Запада, присутствовавших в городе, которые единогласно высказались против этого эдикта, вновь заявив об отлучении патриарха Мины от церкви.
Когда Юстиниан узнал о случившемся, его ярость была столь велика, что папе пришлось искать убежища в церкви Св. Петра и Павла. Однако едва он достиг ее, как туда ворвались императорские гвардейцы с обнаженными мечами. Вигилий, увидев их, бросился к главному престолу и уцепился за колонны, на которых тот держался. Солдаты пытались оттащить его от престола, хватая за ноги, волосы на голове и бороду, но чем сильнее они тянули, тем крепче он держался. Наконец сами колонны не устояли, и престол рухнул на пол, едва не снеся Вигилию голову.
К этому времени собралась большая толпа прихожан и начала возмущенно протестовать против такого обращения с наместником Христа. И солдаты отступили, оставив торжествующего, хотя и сильно потрепанного Вигилия осматривать нанесенный церкви и лично ему ущерб.
На следующий день в церковь прибыла делегация, возглавляемая Велисарием, который передал сожаления императора по поводу случившегося и заверил папу в том, что он может спокойно возвращаться в свою резиденцию, ничего не опасаясь. Вигилий так и сделал, но вскоре обнаружил, что он фактически находится под домашним арестом.