Избрание Григория на папский престол было встречено с радостью расположенными к нему людьми в Константинополе. Он получал приветствия и поздравления и отвечал на них. Синодальную грамоту с исповеданием веры к восточным патриархам он послал только уже в феврале 591 года.[1123] В заключении послания Григорий заявил, что признает все пять вселенских соборов и для ясности своего отношения к пятому перечислил писания трех авторов, осужденных на этом соборе. В ту пору в Италии еще не улеглось то волнение, которое вызвали в свое время указы Юстиниана о «трех главах», и папе Григорию пришлось не раз возвращаться к разъяснению широко распространенного недоразумения, будто Халкидонский собор умален в своем значении и достоинстве осуждением трех глав.
В том же 590 году, когда Григорий вступил на папский престол, умер 5 сентября царь Автарих. Эту неожиданную смерть могучего героя объясняли отравлением. Немедленно после смерти царя лангобарды отправили посольство к Хильдеберту с извещением об этом событии и просьбой о мире. За несколько месяцев до смерти Автарих женился на дочери царя баварцев Гарибальда, Теоделинде. Она умела сыскать расположение лангобардской знати, и ей было предоставлено право избрать себе мужа. Она выбрала тавринского герцога Агилюльфа. Брак был отпразднован в ноябре, а в мае 591 года, когда герцоги съехались в Медиолан, было совершено торжественное провозглашение Агилюльфа царем.[1124] В первые годы правления новому царю пришлось подавлять восставших против него герцогов в Северной Италии.[1125] Так в Италии в одно и то же время произошла смена на папском троне и лангобардском престоле. Теоделинда была воспитана в православной вере, и это обстоятельство сумел использовать папа Григорий.
Первые заботы папы были обращены на имущественные дела римской церкви. Со всей своей энергией Григорий принялся за упорядочение недочетов управления и водворил строгий контроль. Значительная часть его огромной переписки относится именно к этой стороне обязанностей преемника св. Петра. Правильное хозяйство обеспечивало доходы святейшего престола, а деньги были нужны на все и в частности на военное дело.
Глава западной церкви считал своим долгом борьбу с ересями. Лангобарды, плохие тогда христиане, исповедовали арианство, и Автарих в последний год своей жизни издал повеление, которым он воспрещал лангобардам крестить детей у православных священников. В январе 591 года Григорий издал циркулярное повеление всем епископам Италии всякими способами стараться крестить лангобардов и превращать их тем самым в чад своей церкви. В смерти Автариха он видел проявление праведного гнева Божьего за этот указ.[1126] То обстоятельство, что царица Теоделинда была воспитана в православии, давало папе поддержку в его заботах об искоренении арианства среди лангобардов. С 593 года он вступил в письменные сношения с царицей,[1127] которые не прерывались до самой его смерти. Папа поставил себе целью подчинить лангобардов своей церковной власти и мог впоследствии гордиться успехом. Но в самом начале своего правления он имел и другую более настоятельную заботу.