Север и после бегства в Александрию не слагал своих функций по управлению церковью, поддерживал живые сношения с приверженными к монофизитству членами свой паствы и оставался руководителем движения. Другой видный вождь монофизитства, Ксенайя Филоксен, был сослан в Гангры, где и провел остаток своей жизни под стражей.[35] Преемником Севера был назначен Павел, по прозванию Иудей, бывший раньше стражем церкви св. Евфимии в Халкидоне. При нем начались преследования. Но так как он сам подвергся обвинению в несторианстве, то и был смещен в 521 году. Преследования продолжал затем его преемник Евфрасий, занимавший кафедру до 526 года, когда он погиб во время землетрясения.[36]
Если в Сирии монофизитство еще не достигло преобладания и новая политика двора могла рассчитывать на успех, применяя меры насилия, то иначе было в Египте, где монофизитство, имевшее за себя в прошлом авторитеты Диоскора и Тимофея Элура, невозбранно утвердилось во время правления Анастасия. В 519 году (8 октября) александрийскую кафедру занял Тимофей IV. При нем бежали в Египет столпы монофизитства Юлиан Галикарнасский и Север. Пребывание этих иерархов в Египте явилось событием весьма важным по своим последствиям для будущего. Еще в то время, когда Север занял антиохийскую кафедру, Юлиан обратился к нему с посланием, в котором он, излагая свое исповедание веры, коснулся в частности вопроса о природе тела Христова, которое он считал нетленным. Север не признал этого мнения правильным, но в интересах церковного единства не возражал ему и вступил с ним в общение. Но так как Юлиан хотел добиться согласия Севера в этом пункте вероучения, то Север вынужден был разъяснить свои мысли по этому частному вопросу, и между ними началась полемика.[37] Север признавал тело Иисуса Христа тленным (φθαρτός ) и доказывал это положение ссылками на свидетельства из творений общепризнанных богословских авторитетов старого времени (χρήσεις). Но возражения Севера не убедили Юлиана, и он отстаивал свое положение о нетленности тела Христова (αφθαρτος). То и другое учение нашло себе живой отклик в Александрии, и церковь разделилась на два враждебных лагеря. Партия единомышленников Юлиана получила название автартодокетов, άφθαρτοδοκέται. Так возник в Александрийской церкви раскол, который имел тяжкие последствия и внес немало тревог в жизнь Александрии.
Значение Египта, как житницы Константинополя и наиболее доходной провинции империи, требовало особенной осторожности со стороны центрального правительства. Хотя патриарх Тимофей, несмотря на понуждения из столицы, твердо стоял на непризнании Халкидонского собора, но никаких мер насилия в отношении к нему принято не было, и он невозбранно остался на своем троне до самой своей смерти, последовавшей уже при Юстиниане в 535 году. Так подготовлялось то обособление Египта, которое впоследствии облегчило его отторжение от империи.
Глубоко проникнутый сознанием истины христианства и верный принципу церковного единства Юстиниан, руководитель своего дяди в вопросах государственной политики, оживил борьбу против разных еретических учений, существовавших с давнего времени в лоне церкви. Запретительные законы прежнего времени пришли в забвение, и общины еретиков разных толков и направлений невозбранно продолжали свое существование в разных местах и даже в самой столице. Ревнуя о славе церкви, Юстиниан возобновил политику преследования еретиков. Так как арианство было национальным исповеданием готов, то Теодорих вступился за своих единоверцев и пригрозил, что если ариане будут подвергаться преследованию, то он с своей стороны начнет преследование православных в пределах своей власти. Для более непосредственного воздействия на церковную политику императорского двора Теодорих отправил в Константинополь своим послом папу Иоанна. Встреча главы церкви была обставлена с большой торжественностью. Юстин выехал за десять римских миль от столицы и поклонился папе до земли. С великим торжеством папа въехал в Константинополь и в день Пасхи 525 года (30 марта) служил на латинском языке обедню в храме св. Софии в сослужении с патриархом Константинополя и другими епископами и вместе с ними причащался Св. Даров. Во время служения папа восседал на самом почетном троне с правой стороны.[38] Папа находился в общении со всеми епископами востока, кроме патриарха Александрии Тимофея, который оставался тверд в своем отрицании Халкидонского собора.
36