От последующих крупных неприятностей Феодора Ласкариса спасла уже не раз упоминавшаяся катастрофа 1205 г. императора Балдуина во Фракии. И есть много оснований полагать, что нападение болгар на Адрианополь и убийство Латинского императора Балдуина в плену явились следствием тайных договоренностей между Ласкарисом и Калояном. Но, получив передышку от французов, Ласкарис был вынужден заняться обороной своих владений от греков Трапезунда. Давид, брат Трапезундского императора Алексея I, стремился захватить Вифинию, находившуюся в составе Никейской империи, но опасность со стороны сельджуков ранее сковывала его силы. Теперь он решил рискнуть, но ранней осенью 1205 г. потерпел поражение от Феодора Ласкариса у Никомедии. В поисках союзника Давид заключил 23 августа 1206 г. соглашение с императором Генрихом Фландрским. В ответ в 1206 г. Феодор Ласкарис выступил в поход на Пафлагонию и осадил Ираклию, где скрывался Давид. Но подоспевшее латинское войско заставило Феодора Ласкариса снять осаду и вернуться обратно[44].
Ощутив полезность союза с латинянами, Давид решил укрепить дружеские связи. Он даже пошел на то, чтобы признать свою вассальную зависимость от Латинского императора, хотя православный клир не принял унии с Римом — вообще Трапезунд считался местом прибежища гонимых латинянами греческих священников. Но в целом после 1206 г. военная инициатива Давида постепенно сошла на «нет».
В результате Ласкарис неожиданно оказался единственной реальной военной силой в Малой Азии и получил время для передышки и упрочения своей власти. Популярность Феодора I резко выросла — восточные греки справедливо увидели в нем своего защитника и благочестивого царя, при дворе которого строго соблюдались старые обычаи, а церковная иерархия чтилась невероятно высоко. Свободное время армия и придворные проводили в посте и молитве, самого Ласкариса знали повсеместно как милостивого государя, способного отдать нищему последний кусок хлеба[45].
Теперь Никея была готова признать над собой власть Феодора Ласкариса. В 1206 г., т.е. спустя 2 года, на общем собрании граждан города Феодор Ласкарис был объявлен деспотом Никеи. Но возникла заминка: Константинопольский патриарх Иоанн Каматир категорически отказался венчать Ласкариса вторично — он сообщил всем, что добровольно сложил с себя патриарший сан. Тогда в Никее по инициативе Ласкариса местными епископами был избран новый «Вселенский патриарх» Михаил Авториан (1206–1212), образованный человек и горячий патриот своего отечества. Он и венчал Феодора I Ласкариса императорским венцом[46]. Новому царю в то время было всего 30 лет. Интересно, что Ласкарис взял титул «императора восточных римлян», что вполне соответствовало действительности. Но в правовом смысле этого слова ему передавались бразды правления над всей Римской империей вплоть до того дня, когда Константинополь будет освобожден от латинян[47].
Никейская империя была еще очень слаба, а потому весной 1207 г. Феодор I Ласкарис благоразумно решил заключить соглашение с Генрихом Фландрским. Выгода его была очевидна для греков, но нужно было силой убедить французов принять мирные предложения. Ласкарис обещал Генриху Фландрскому свою помощь в войне французов с болгарами, чтобы взамен Латинский император отказался от владений Ласкариса. Если же Генрих не примет предложенного союза, закончил свое послание Ласкарис, то его армия может напасть на Константинополь, где практически не оставалось войска, и, таким образом, французы будут зажаты в кольце осады. Но, опасаясь недовольства вассалов, Генрих все равно не дал положительного ответа.
Тогда Феодор I собрал всех, кто был у него под рукой, посадил армию на корабли и в субботу третьей недели Великого поста осадил город Киботос. В крепости находилось не более 40 рыцарей — ничтожное по численности воинство, а потому, получив в Константинополе известия о наступлении никейцев, Генрих срочно собрал все силы и поспешил на помощь соотечественникам. На счастье осажденных, он подоспел вовремя. Напав на византийцев из города и со стороны моря, латиняне заставили Ласкариса снять осаду[48].
Но едва французы направились на войну с болгарами, как византийцы вновь вторглись в их владения, осадив уже Никомедию. Оставив болгар в покое, Генрих отправился на Ласкариса, но тот успел оставить спорную территорию. Однако едва Латинский император вернулся в Константинополь, как Ласкарис в очередной раз напал на отряд пилигримов под командованием Дитриха фон Лоса и Гийома дю Перша и разгромил его. Остатки латинян засели в Никомедии, которую тотчас осадили греки. Пока Генрих вновь собирался против византийцев, местное население активно нападало на французских фуражиров, уничтожая их. В результате, когда Феодор Ласкарис предложил Латинскому императору перемирие на 2 года при условии передачи грекам Кизика и Никомедии, латиняне дружно посоветовали своему императору согласиться. «Лучше потерять эти два города, чем Адрианополь и лишиться большей части Латинской империи» — был общий итог обсуждения. Соглашение была заключено, никейцы стали союзниками латинян в войне с болгарами, а все пленные французы получили свободу[49].