Ваанис попытался в очередной раз сгладить неловкость, задав легатам вопрос: как св. Фотий мог быть осужден в Риме, если он туда не приглашался и на Соборе не присутствовал? На что получил ответ, согласно которому папа Николай I сам осудил патриарха на основе их переписки (!). Этот же вопрос был обращен и в адрес патриарших представителей — митрополита Фомы и синкелла Илии. Без всякого стеснения Илия ответил от них обоих, что неканоничность возведения св. Фотия на патриаршество — несомненнейший факт и не нуждается в отдельном доказывании (!). На этой ноте Собор закончил первое свое заседание[27].
Второе заседание Собора состоялось 7 октября 869 г. и было столь же малочисленным, что и первое, и еще более неприглядным по содержанию. Принимали в общение епископов, ранее состоявших в лагере св. Фотия, — всего 10 архиереев. От имени этой группы епископ Феодор Карийский представил записку, в которой живописал якобы имевшие место гонения на них со стороны опального патриарха. Что и подвигло их на измену св. Игнатию, как объяснил он. В конце своей речи эти лица дали обещание не вступать в общение со св. Фотием и соглашались понести любое наказание, какое им вынесет папа Адриан II и св. Игнатий. Их простили, и св. Игнатий возложил на них свой омофор со словами из Евангелия (Ин. 5:14): «Вот ты выздоровел, не греши же, чтобы не случилось с тобой чего хуже». Затем с покаянием явились 11 пресвитеров, 9 диаконов и 6 иподиаконов. Все подписали папскую формулу и были приняты в общение. На них наложили небольшую епитимию, должную, скорее, служить примером для всех остальных, чем реальным наказанием за содеянные «грехи».
Третье заседание произошло 11 октября 869 г., и на нем присутствовало уже 23 епископа Восточной Церкви. Открылось без труда, что, желая какими угодно средствами увеличить число присутствующих архиереев, организаторы Собора привлекли и тех, кого приняли в общение на прошлом заседании. Делалась даже попытка привлечь к Собору двух епископов, рукоположенных еще при Константинопольском патриархе св. Мефодии: Феодула Анкирского и Никифора Никейского. Но те категорично отказались участвовать в данном судилище, хотя и обосновали свой отказ в уклончивой форме, заявив, что не имеет смысла подписываться под папской формулой, поскольку при посвящении они уже излагали Символ Веры. Стало ясно, что говорить больше не о чем, и в оставшееся время участники перечитывали переписку императора Василия I и св. Игнатия с папами[28].
После того как необходимая почва была подготовлена, Собор решил наконец-то изучить дело самого св. Фотия. В принципе при том беззаконии, которое творилось на его заседаниях, необходимость в этом уже отсутствовала. Но в дело вмешались два обстоятельства: во-первых, «игнатианам» и папским легатам очень хотелось окончательно унизить свергнутого патриарха; а, во-вторых, неожиданно возникла необходимость исследовать дело тех епископов и клириков, которые не желали признавать св. Игнатия Константинопольским патриархом. Этому вопросу и было посвящено четвертое заседание Собора, состоявшееся 13 октября 869 г.
Патрикий Ваанис сделал заявление о том, что два епископа — Феофил и Захария, бывшие в составе посольства в Рим для уведомления папы Николая I о посвящении св. Фотия патриархом, уверяли, будто понтифик принял того в общение. Поэтому Ваанис предложил пригласить этих архиереев и доказать им, что их слова лишены основы. К ним направили делегацию, которой Феофил и Захария заявили, что не считают св. Игнатия своим патриархом. Члены Собора воскликнули: «Так пусть и они разделят жребий св. Фотия!» Но Ваанис не удовлетворился таким ответом, заявив, что нельзя св. Фотия считать осужденным, не сделав ни одной попытки пригласить его на заседание Собора, — совершенно справедливое мнение, не понятое легатами. Те искренне полагали, что, осудив бывшего патриарха, папа уже совершил окончательное осуждение; но восточный епископат все же думал иначе. Легаты упрямились, Ваанис настаивал на своем. Он даже высказал в адрес папских представителей угрозу: если св. Фотий не будет приглашен на Собор, то не станет подписывать от имени императора соборные акты.