По-видимому, первоначально у императора не было намерения созвать Вселенский Собор — в его послании папе речь шла о некой «конференции» Римского епископа и Константинопольского патриарха. Но, когда 7 ноября 680 г. епископы собрались в зале царского дворца, именуемой «Труллой», выяснилось, что вся Кафолическая Церковь представлена на этом собрании. И собрание торжественно начало именовать себя «Вселенским Собором». Как это нередко случалось ранее, число Отцов Собора не оставалось неизменным и постоянно возрастало: к концу работы Собора их насчитывалось 174 человека. Первые 12 заседаний Собора проходили под председательством самого царя Константина IV, уделившего вопросу церковного раскола много времени. И, очевидно, благодаря позиции царя Собор в буквальном смысле этого слова явил собой замечательный образец «соборной» мысли[763].
Уже на первых заседаниях Собора, на которых началось исследование дела, наглядно обнаружилось монофелитство Антиохийского патриарха Макария. Но и он, обратившись с просьбой к царю, получил возможность представить доказательства истинности своей позиции[764]. Но когда он и его сторонники представили списки свидетельств (всего три свидетельства), римские легаты дружно заявили, что списки — подложны (в частности, письмо Константинопольского патриарха Мина папе Вигилию), и попросили принести из патриаршей библиотеки подлинные документы[765].
Не желая насиловать волю присутствовавших Отцов, император предоставил перерыв на 2 месяца, в течение которых участники изучали представленные свидетельства Учителей и Отцов Церкви. Лишь 7 марта 681 г. Собор вновь собрался на очередное официальное заседание. В последующих затем прениях о том, насколько истинны представленные списки со святоотеческих трудов, авторитет Римской церкви вновь решил дело, и опять не без помощи царя. Император напрямую спросил Георгия, Константинопольского патриарха, и Макария, Антиохийского архиерея, насколько те согласны с определениями Римского собора папы Агафона. Вслед за патриархом Георгием один за другим восточные епископы начали заявлять о своём согласии с посланием Апостолика. Но тут Собор «споткнулся» на епископе Мелитинском Феодосии, который предложил прочесть монофелитскую грамоту, составленную в ближнем окружении патриарха Макария. Однако остальные антиохийцы, не желая разделять обвинения в ереси, выступили и заявили, будто грамота, на которую ссылается Мелитинский епископ, составлена без их участия, а сами они исповедуют веру православно, как папа Агафон и Римский собор.
Фактически, после этого уже стало ясно, что как таковой раскол в Церкви не существует, не считая, конечно, небольшой группы антиохийцев, исповедующих монофелитство. Желая исключить видимые проявления былого недоверия к Риму, Константинопольский патриарх Георгий обратился к императору с просьбой включить Римского папу Виталиана в диптихи: «Потому что твоя богомудрая кротость тотчас находит соединяющихся с Кафолической Церковью и отделяющихся от неё из-за лица».
Когда император Константин IV дал согласие, Собор радостно провозгласил: «Константину, великому императору, многая лета! Православному императору многая лета! Защитнику Православия многая лета! Императору-примирителю многая лета! Новому Константину Великому многая лета! Новому Феодосию Великому многая лета! Новому Маркиану императору многая лета! Новому Юстиниану императору многая лета! Мы — рабы императора!». И лишь затем последовали славословия в адрес папы Агафона, патриарха Георгия и императорского синклита[766].
Последующие заседания вплоть до двенадцатого были полностью посвящены изобличению Антиохийского патриарха Макария и его ученика, пресвитера Стефана, не желавших принять учение о двух волях в Христе. Примечательно также, что среди святоотеческих свидетельств, приведённых на Соборе против монофелитства, было зачитано сочинение императора св. Юстиниана Великого против несториан и акефалов[767]. Тем самым, спустя столетие Церковь публично признала его заслуги, как богослова, безупречного с точки зрения Православия. В конце концов, патриарх Макарий был лишён своего сана, как еретик, а на его место антиохийцы избрали патриархом Феофана.