Поскольку государственный закон и церковный канон имели по мысли императора один источник, хотя и регулировали различные стороны деятельности римского общества, в «Кодексе» и новеллах содержится масса актов, напрямую относящихся к области канонического права. Некоторые из них впоследствии были подтверждены канонами Вселенских Соборов, другие послужили основой для принятия самостоятельных норм церковного права, значительнейшая же часть имела прямое действие и даже в настоящее время воспринимается не в качестве актов императора, а как церковные каноны. Надо сказать, что в этом отношении св. Юстиниан значительно опередил время и вновь продемонстрировал высочайшую юридическую технику и знание основ церковной жизни.
Поставив перед собой цель наилучшим образом обеспечить благосостояние Церкви, император издал ряд узаконений, определяющих её права. Святой Юстиниан старался государственными мерами усовершенствовать ту сторону Церкви, которой она соприкасалась с государством и обществом. С другой стороны, в целях нравственного совершенства римского общества, он отдал в ведение Церкви множество вопросов, традиционно входивших в круг полномочий государственной власти. Всего по этим вопросам он издал 14 содержательных новелл.
Своим законом царь установил иерархию патриарших кафедр, покончив с неопределённостью, связанной с 28-м каноном Халкидона. В 131-й новелле от 545 г. он написал: «Основываясь на правилах Святых Соборов, определяем святейшему епископу древнего Рима быть первым пред всеми, а блаженнейшему епископу Константинополя, нового Рима, занимать второе место после престола древнего Рима и быть выше всех прочих». Следом по очереди шли патриархи Александрии, Антиохии и Иерусалима. Затем была определена и иерархия остальных епископий. Император особо закрепил права своего детища: митрополиту Первой Юстинианы, как местоблюстителю патриаршего престола, надлежало быть первым в своём церковном округе.
В отличие от поздних идеологов папизма, царь не признавал патриаршество четвёртой степенью священства, поэтому установил, что патриархи также подлежат утверждению императором после их избрания — царь неоднократно возвращался к данному вопросу и установил на этот счёт чёткие правила. Замечательно, что, считая Римского епископа архиереем своего государства, св. Юстиниан не сделал для него никаких исключений из общего правила, хотя охотно признавал его авторитет как верховного епископа Кафолической Церкви. Император установил законом, что постановление понтифика римским клиром, сенатом и народом непременно должно основываться на предварительном одобрении царя и его последующем утверждении избранной кандидатуры. В противном случае папа подлежал лишению сана, как незаконно избранный[131].
Сторонник централизации во всём, царь последовательно провёл этот принцип и в государстве, и в церковном управлении, закрепив права епископов и клириков своими законами. Так, патриархам предоставлялось право в пределах своей области поставлять митрополитов, созывать соборы и председательствовать на них, принимать кассации на решения митрополичьих судов и даже Поместных Соборов, привлекать к своему суду митрополитов и остальных епископов (37-я, 123-я и 137-я новеллы). Аналогичные права по отношению к подчинённым им епископам имели митрополиты. Желая сохранить древние церковные традиции, царь подтвердил, что хотя бы раз в год патриархи обязаны призывать подведомственных им епископов, клириков, монахов и исследовать дела в патриархии и епархиях (123-я новелла).
131