Впрочем, воссоединение церквей состоялось не без «шероховатостей». Папа непременно требовал анафематствования не только Евтихия и Нестория (они давно уже считались на Востоке еретиками), но целой плеяды патриархов: Диоскора, Тимофея Элура, Петра Монга и Петра Кнафея, Акакия, Фравиты, Македония и Евфимия, а также бесчисленного числа епископов, служивших при режиме «Энотикона». Кроме того, папа Гормизда желал подписей под актом всех восточных епископов, что вызвало лёгкий ропот и дневную задержку для уговоров сомневающихся. Но силой императорской власти и это условие было принято. Позднее, уже после отъезда легатов, Юстин, соглашаясь с отлучением Акакия, обращался к папе с просьбой снять анафемы с остальных восточных патриархов и других архиереев, но понтифик твёрдо стоял на своём. Как естественное следствие, фактически Восток пренебрёг папскими требованиями и «не заметил» анафематствования своих архипастырей. Даже несчастный патриарх Акакий в агиографических сочинениях не только не рассматривался как еретик, но и именовался «блаженным» за свою защиту Халкидонского Собора.
Во многих епархиях местные Соборы открыто, в пику папскому посланию, приветствовали восстановление памяти Македония и Евфимия, а когда один из легатов, епископ Иоанн, в Фессалониках потребовал подписать Libellus, то едва не был сметён толпой. Отлученный папой от Церкви Фессалоникийский епископ Дорофей был признан в сущем сане на Соборе в Гераклее и при поддержке императора Юстина восстановлен на своей кафедре[10].
Пожалуй, в большей степени, чем богословские расхождения, преодолению раскола и окончательному отказу от «Энотикона» препятствовали формальное упорство Рима, его излишняя «угловатость» и жёсткость во всём, что касалось обеспечения его интереса и превосходства. Такая позиция и ранее с трудом воспринималась на Востоке, и этот случай не стал исключением. Те епископы, которые принимали «Энотикон» с халкидонских позиций и не отвергли его, не рассматривались на Востоке как еретики. Не только Евфимий и Македоний, но и Флавиан Антиохийский и Илия Иерусалимский вполне справедливо сохранили свою репутацию святых[11].
Наконец, папская грамота была подписана, и все указанные в ней лица анафематствованы. Примечательно, что патриарх Константинопольский Иоанн подписал послание, добавив к своей подписи следующие строки: «Я заявляю, что церкви древнего и нового Рима суть единая Церковь». Возможно, этим он хотел показать, что в столице — не одни еретики, а, быть может, желал подчеркнуть, что Рим и Константинополь имеют по-прежнему равную честь в Кафолической Церкви.
Но напрасно Рим полагал, что Константинополь капитулировал — события в столице и Палестине ещё в бытность Анастасия I показали, что «Энотикон» в монофизитском понимании едва ли имеет большинство, и заслуги тех патриархов и епископов, которых понтифик потребовал анафематствовать, не менее важны для Православия, чем бескомпромиссная позиция Апостолика.
Последней точкой преодоления раскола стало исключение из церковного поминовения имён императора Зенона и Анастасия. Это было сверхъестественное событие, до сих пор никогда не виданное, тем более, что ранее папы, отказывая многим восточным епископам в общении, не считали Зенона и Анастасия отлучёнными от Церкви. Однако для упрочения своей победы Рим заявил и это требование. Как ни странно, но Юстин и Юстиниан согласились с ним — видимо, у императора и его племянника были свои расчёты, чтобы пойти на столь непопулярный для идеи римского самодержавия шаг. И оба правителя, имевшие свои виды на Римскую церковь, не хотели допускать, чтобы из-за формальности их планы провалились. И вот 27 марта 519 г., в день Святой Пасхи, в храме Св. Софии при общем ликовании народа совершилась общая служба. Но папские легаты ещё на целый год остались в Константинополе, решая отдельные вопросы веры, в том числе и формулу скифских монахов, выведенную ими как противовес «Распныйся за ны…» — «Один из Троицы плотью пострадав».