Одна часть крестоносных ополчений направилась в Константинополь сухим путем, другая часть — морем. По дороге крестоносцы, наподобие предыдущего ополчения Петра Амьенского, грабили проходимые местности и производили всяческие насилия. Современник этого прохождения крестоносцев, Феофилакт, архиепископ Болгарский, в письме к одному епископу, объясняя причину своего долгого молчания, обвиняет за это крестоносцев; он пишет: «Мои губы сжаты; во-первых, прохождение франков, или нападение, или, я не знаю, как это назвать, настолько всех нас захватило и заняло, что мы даже не чувствуем самих себя. Мы вдосталь испили горькую чашу нападения… Так как мы привыкли к франкским оскорблениям, то переносим легче, чем прежде, несчастья, ибо время есть удобный учитель всему».
К таким защитникам Божьего дела Алексей Комнин должен был питать недоверие. Не нуждаясь вообще в данный момент ни в какой иностранной помощи, император с неудовольствием и опасением взирал на приближавшиеся к его столице с разных сторон крестоносные ополчения, не имевшие по своей численности ничего общего с теми скромными вспомогательными отрядами, о которых взывал к Западу император. Выставляемые прежде историками обвинения Алексея и греков в вероломстве и обмане по отношению к крестоносцам должны теперь отпасть, особенно после того, как было обращено должное внимание на грабежи, разбои и пожары, учиняемые крестоносцами во время похода. Отпадает также жесткая и антиисторическая характеристика Алексея, данная Гиббоном, который писал: «В стиле менее важном, чем стиль истории, я, может быть, сравнил бы императора Алексея с шакалом, который, как говорят, идет по следам льва и пожирает его объедки». Конечно, Алексей не представлял собой человека, смиренно подбиравшего то, что оставляли ему крестоносцы. Алексей Комнин проявил себя государственным человеком, понявшим, какую грозную опасность несут с собой для существования его империи крестоносцы; поэтому главной мыслью его и было переправить, как можно скорее, беспокойных и опасных пришельцев в Малую Азию, где они должны были делать то дело, за которым и пришли на Восток, т.е. вести борьбу с неверными. Ввиду этого между пришедшими латинянами и греками сразу создалась атмосфера взаимного недоверия и недоброжелательства; в их лице встретились не только схизматики, но и политические противники, которые впоследствии должны будут решить между собой спор оружием. Один просвещенный греческий патриот и ученый литератор XIX века Викелас писал: «Для Запада крестовый поход является благородным следствием религиозного чувства; это есть начало возрождения и цивилизации, и европейская знать может ныне по праву гордиться тем, что она — внучка крестоносцев. Но восточные христиане, когда они увидели, как эти варварские орды грабят и разоряют византийские провинции, когда они увидели, что те, кто называли себя защитниками веры, убивали священников под тем предлогом, что последние были схизматики, — восточные христиане забыли, что эти экспедиции имели первоначально религиозную цель и христианский характер». По словам того же автора, «появление крестоносцев знаменует собой начало упадка империи и предвещает ее конец». Новейший историк Алексея Комнина, француз Шаландон, считает возможным приложить отчасти ко всем крестоносцам характеристику, данную Гиббоном спутникам Петра Амьенского, а именно: «Разбойники, которые следовали за Петром Пустынником, были дикими зверьми, без разума и человечности».
Итак, в 1096 году началась эпоха Крестовых походов, столь чреватая многообразными и важными последствиями как для Византии и Востока вообще, так и для Западной Европы.
Первый рассказ о впечатлении, которое произвело на народы Востока начало крестоносного движения, исходит от арабского историка двенадцатого века Ибн ал-Каланиси: «В этом году (490-й год хиджры — от 19 дек. 1096 г. до 8 дек. 1097 г.) начала приходить целая серия сообщений о том, что армии франков появились со стороны моря в Константинополе с силами, которые невозможно сосчитать из-за их множества. Когда эти сообщения стали следовать одно за другим и передаваться из уст в уста повсеместно, людей охватил страх и растерянность».
После того как крестоносцы постепенно собрались в Константинополе, Алексей Комнин, рассматривая их ополчения как наемные вспомогательные дружины, высказал желание, чтобы он был признан главой похода и чтобы крестоносцы принесли ему вассальную присягу и дали обещание передавать ему, как их сюзерену, завоеванные крестоносцами области на Востоке. Крестоносцы исполнили это желание императора: присяга была принесена и обещание дано. К сожалению, текст вассальной клятвы, которую дали лидеры крестоносного движения, в подлинном виде не сохранился. По всей вероятности, требования Алексея в отношении различных земель были неодинаковы. Он искал прямых приобретений в тех областях Малой Азии, которые незадолго перед тем были утеряны империей после поражения при Манцикерте (1071 г.) и которые являлись необходимым условием силы и прочного существования Византийского государства и греческой народности. Что же касается Сирии и Палестины, уже давно потерянных Византией, император не выставлял подобных требований, а ограничивался притязаниями верховного ленного господства.
Переправившись в Малую Азию, крестоносцы приступили к военным действиям. В июне 1097 года после осады крестоносцам сдалась Никея, которую они, несмотря на нежелание, должны были в силу заключенного с императором договора передать византийцам. Следующая победа крестоносцев при Дорилее (теперь Эски-Шехир) заставила турок очистить западную часть Малой Азии и отойти внутрь страны, после чего Византии представлялась полная возможность восстановить свою власть на малоазиатском побережье. Несмотря на природные затруднения, климатические условия и сопротивление мусульман, крестоносцы продвинулись далеко на восток и юго-восток. Балдуин Фландрский завладел в Верхней Месопотамии городом Эдессой и образовал из его области свое княжество, явившееся первым латинским владением на Bocтоке и оплотом христиан против турецких нападений из Азии. Но пример Балдуина имел свою опасную, отрицательную сторону: другие бароны могли последовать его примеру и основать свои княжества, что, конечно, должно было послужить к великому ущербу самой цели похода. Это опасение впоследствии оправдалось.
После долгой изнурительной осады главный город Сирии, прекрасно укрепленная Антиохия сдалась крестоносцам, после чего дорога к Иерусалиму была свободна. Однако, из-за Антиохии разыгралась жестокая распря между вождями, закончившаяся тем, что Боемунд Тарентский, следуя примеру Балдуина, сделался владетельным антиохийским князем. Ни в Эдессе, ни в Антиохии крестоносцы уже не приносили вассальной присяги Алексею Комнину.