Переход Палестины во второй половине X века (969 г.) под власть египетской династии Фатимидов, по-видимому, не внес сначала какого-либо существенного изменения в благоприятное положение восточных христиан и в безопасность приезжавших паломников. Однако, в XI веке обстоятельства изменились. Из этого времени для нашего вопроса необходимо отметить два важных факта. Сумасшедший фатимидский халиф ал-Хаким, этот «египетский Нерон», открыл жестокое гонение на христиан и иудеев на всем пространстве своих владений. По его велению, в 1009 году храм Воскресения и Голгофа в Иерусалиме подверглись разрушению. В своей ярости разрушения церквей он остановился только потому, что боялся аналогичной судьбы мечетей в христианских областях.
Когда Л. Брейе писал о византийском протекторате в Святой Земле, он имел в виду утверждение арабского историка одиннадцатого века Йахйи Антиохийского. Последний рассказывает, что в 1012 году один вождь кочевников восстал против халифа, захватил Сирию и обязал христиан восстановить храм Рождества в Иерусалиме и назвал одного епископа по своему выбору патриархом Иерусалимским. Потом этот бедуин «помог этому патриарху построить заново церковь Рождества и восстановил много мест, по мере своих возможностей». Анализируя этот текст, В. Р. Розен заметил, что бедуин действовал так «возможно, с целью завоевать благорасположение греческого императора». Л. Брейе приписал гипотезу Розена тексту Йахйи. В этих условиях невозможно с такой уверенностью, как это делает Л. Брейе, утверждать истинность теории византийского протектората над Палестиной.
Однако, в любом случае, только в начале реставрации в Святой Земле, после смерти ал-Хакима в 1021 году, для христиан наступило время терпимости. Между Византией и Фатимидами был заключен мир, и византийские императоры получили возможность приступить к восстановлению храма Воскресения, постройка которого была закончена в половине XI века при императоре Константине Мономахе. Христианский квартал был обнесен крепкой стеной. Паломники после смерти ал-Хакима снова получили свободный доступ в Святую Землю, и источники за это время отмечают среди других лиц одного из наиболее знаменитых пилигримов, а именно — Роберта Диавола, герцога Нормандского, который умер в Никее в 1035 году, по пути из Иерусалима. Может быть, в это же время, то есть в тридцатых годах XI века, приезжал в Иерусалим со скандинавской дружиной, пришедшей вместе с ним с севера, и знаменитый варяг той эпохи Гаральд Гардрад, сражавшийся против мусульман в Сирии и Малой Азии. Преследования христиан вскоре возобновились. В 1056 году храм Гроба Господня был закрыт и более трехсот христиан было выслано из Иерусалима. Храм Воскресения был, очевидно, восстановлен после разрушения с надлежащим великолепием, о чем свидетельствует, например, русский паломник игумен Даниил, посетивший Палестину в первые годы XII века, т.е. в первое время существования Иерусалимского королевства, основанного в 1099 году, после первого Крестового похода. Даниил перечисляет колонны храма, говорит о выложенном мраморном поле и шести дверях и дает интересные сведения о мозаиках. У него же мы находим сообщения о многих церквах, святынях и местах Палестины, связанных с новозаветными воспоминаниями. По словам Даниила и современного ему англосаксонского паломника Зевульфа, «поганые сарацины» (т.е. арабы) были неприятны тем, что скрывались в горах и пещерах, нападали иногда с целью грабежа на проезжавших по дорогам пилигримов. «Сарацины всегда устраивали западни для христиан, прячась в горных долинах и пещерах скал, сторожа день и ночь за теми, на кого они могли напасть».
Мусульманская терпимость в отношении христиан проявлялась и на Западе. Когда, например, в конце XI века испанцы отняли у арабов город Толедо, то, к своему удивлению, нашли христианские храмы в городе нетронутыми и узнали, что в них беспрепятственно совершалось богослужение. Одновременно, когда в конце того же XI века норманны завоевали у мусульман Сицилию, они, несмотря на более чем двухвековое господство последних на острове, нашли на нем громадное число христиан, свободно исповедовавших свою веру. Итак, первым событием XI века, которое больно отозвалось на христианском Западе, было разрушение храма Воскресения и Голгофы в 1009 году. Другое событие, связанное со Святой Землей, произошло во второй половине XI века.
Турки-сельджуки, после того как они разбили византийские войска при Манцикерте в 1071 году, основали Румийский, иначе Иконийский, султанат в Малой Азии и стали затем успешно продвигаться во всех направлениях. Их военные успехи имели отзвук в Иерусалиме: в 1070 году турецкий полководец Атциг направился в Палестину и захватил Иерусалим. Вскоре после этого город восстал, так что Атциг вынужден был начать осаду города снова. Иерусалим был взят вторично и подвергнут страшному разграблению. Затем турки захватили Антиохию в Сирии, обосновались в Никее, Кизике и Смирне в Малой Азии и заняли острова Хиос, Лесбос, Самос и Родос. Условия пребывания европейских паломников в Иерусалиме ухудшились. Даже если преследования и притеснения, которые приписываются туркам многими исследователями, преувеличены, весьма сложно согласиться с мнением В. Рамзая (W. Ramsay) о мягкости турок по отношению к христианам: «Сельджукские султаны управляли своими христианскими подданными в очень мягкой и терпимой форме, и даже с предубеждением относящиеся к ним историки Византии позволяли себе лишь немного намеков по поводу христиан, во многих случаях предпочитавших власть султанов власти императоров… Христиане под властью Сельджукидов были счастливее, чем в сердце Византийской империи. Самыми же несчастными из всех были византийские пограничные области, подвергавшиеся постоянным нападениям. Что касается религиозных преследований, то нет ни одного их следа в сельджукидский период».
Таким образом, разрушение храма Воскресения в 1009 году и переход Иерусалима в руки турок в 1078 году были теми двумя фактами, которые глубоко подействовали на религиозно настроенные массы Западной Европы и вызвали в них сильный порыв религиозного воодушевления. Многим, наконец, стало ясно, что в случае гибели Византии под натиском турок весь христианский Запад подвергнется страшной опасности. «После стольких столетий ужаса и опустошений, — писал французский историк, — падет ли снова Средиземноморье под натиском варваров? Таков болезненный вопрос, который поднялся к 1075 году. Западная Европа, медленно перестроившаяся в XI веке, возьмет на себя тяжесть ответа на него: на массовое наступление турок она готовится ответить крестовым походом».
Ближайшую же опасность от все возрастающего усиления турок испытывали византийские императоры, которые после манцикертского поражения, как им казалось, уже не могли справиться с турками одними собственными силами. Взоры их были направлены на Запад, главным образом на папу, который, как духовный глава западноевропейского мира, мог своим влиянием побудить западноевропейские народы оказать посильную помощь Византии. Иногда же, как мы уже видели на примере обращения Алексея Комнина к графу Роберту Фландрскому, императоры обращались и к отдельным светским правителям на Западе. Алексей, однако, имел в виду скорее некоторое количество вспомогательных сил, чем мощные и хорошо организованные армии.
Папы отнеслись весьма сочувственно к призывам восточных басилевсов. Помимо чисто идейной стороны дела, а именно помощи Византии, а с нею и всему христианскому миру, и освобождения святых мест из рук неверных, папы, конечно, имели в виду и интересы католической церкви в смысле дальнейшего усиления, в случае успеха предприятия, папской власти и возможности возвращения восточной церкви в лоно церкви католической. Церковного разрыва 1054 года папы забыть не могли. Первоначальная мысль византийских государей получить с Запада лишь вспомогательные наемные отряды превратилась впоследствии, постепенно, преимущественно под влиянием папской проповеди, в идею о крестовом походе Западной Европы на Восток, т.е. о массовом движении западноевропейских народов с их государями и наиболее выдающимися военными вождями.