Нельзя сомневаться в том, что Фотий по своему положению не мог оставаться в стороне от громкого церковного вопроса, о котором мы говорим. Он находился в близких сношениях с Григорием Асвестой, который и дал ему посвящение в духовный сан. В шесть дней — с 20 по 25 декабря — он прошел все степени церковной иерархии и в день Рождества Христова 857 г. возведен в патриархи. Этим, конечно, нарушались, хотя далеко не в первый раз, обычаи Церкви, что было причиной появления нового церковного раскола в патриархате. Одни стояли за удаленного с кафедры патриарха, другие были на стороне нового. Главным его защитником был Варда, но против него было духовенство и главнейше Студийский монастырь, организовавший борьбу с Фотием. Первые годы своего управления Церковью Фотий употребил на укрепление своего положения и на борьбу с партией низверженного Игнатия.
На основании переписки Фотия легко составить себе понятие, как трудно было его положение по возведении его в патриарший сан (11). Оказывается, что из него будто бы хотели сделать орудие для достижения посторонних и нечистых целей, что его воля мало принималась во внимание. В особенности ему трудно приходилось соблюсти равновесие в сношениях с Вардой, который стеснял авторитет патриарха даже в церковных делах. Не раз приходила ему мысль о сложении с себя епископского сана ввиду крайне резких отношений, в какие он невольно стал к значительной партии духовенства, поддерживавшей патриарха Игнатия. Из писем Фотия можно также видеть, что против него оказались даже некоторые его прежние друзья, что он обманулся в своих надеждах и против ожидания втянут в борьбу, исхода которой не мог предвидеть. Сторону Игнатия держал Студийский монастырь, в котором организовалась сильная оппозиция против Фотия, много ему повредившая и оказавшая сильное влияние на тогдашнее общественное мнение, складывавшееся неблагоприятно для нового патриарха. Монастырь Студия при игумене Николае, ученике знаменитого Феодора, был центром, откуда направлялись идеи церковной политики и дисциплины и вместе с тем здесь складывались основные начала монастырского общежития и всего обихода монашеской жизни. В особенности же научные и литературные произведения, выходившие из этого монастыря, влияли на общественное мнение и подготовляли направление церковной политики. Хотя Фотий достиг того, что Николай сложил оружие, покинув свой монастырь и удалившись в Вифинию, но вместе с тем он вооружил этим против себя игуменов и архимандритов константинопольских монастырей. Чтобы привлечь их на свою сторону, он произвел реформы в управлении монастырей, освободив игуменов от излишней зависимости по отношению к монастырской общине и поставив их в непосредственные отношения к патриарху. Чтобы рассечь узел, образовавшийся из вопроса о низвержении Игнатия, который не хотел признать себя лишенным сана и патриаршеского достоинства без авторитета высшей церковной власти, Варда и Фотий признали настоятельную необходимость предоставления этого дела на усмотрение папы и, выдвигая на первое место иконоборческий вопрос, испрашивали согласия его на присылку своих уполномоченных в Константинополь для участия в Соборе. Необходимость участия высшего авторитета в решении местных дел вызывалась и тем обстоятельством, что приверженцы Игнатия составили против Фотия Собор в храме св. Ирины и, ссылаясь на нарушение канонов при его избрании, объявили его низверженным. На Соборе было между прочим указано, что Фотий избран при живом и не отказавшемся от власти патриархе, что он возведен из светского звания в шесть дней в высший церковный сан и что, наконец, при посвящении его нарушен был тот обычай, что посвящение епископа Константинополя было правом митрополита Ираклии. Фотию оставалось отразить нападение равным оружием. Он созвал Собор в храме свв. Апостолов, на котором подверг отлучению Игнатия и его приверженцев. Тогда начались церковная усобица и те гонения против Игнатия, уже находившегося в ссылке, о которых много говорится в его жизнеописании. Таким образом, казалось необходимым покончить с этим весьма неприятным вопросом, создавшим в империи две Церкви, из которых обе были подвержены одна от другой отлучению.