Прежде чем отмеченные сейчас факты доведены были до сведения светских и духовных властей и прежде чем принято было какое-либо решение по возникшему со стороны Зальцбурга протесту, местоблюститель архиепископа Адальвина архипресвитер Рихбальд, находя свое положение совершенно невозможным, удалился в Зальцбург и поставил свое духовное начальство в известность о происходящем в Паннонии. Здесь немедленно приняты были более чем решительные меры непосредственно против Мефодия. Не считаясь с волей Римского епископа, не признавая за Мефодием никакого канонического права на епископские действия и относясь к нему, как к самозванцу, Зальцбургский архиепископ в ноябре 870 г. пригласил его в Регенсбург пред духовный Собор для суда. Что происходило на этом Соборе и по каким основаниям св. Мефодий был признан преступником и присужден к темничному заключению, в котором содержался два с половиной года, об этом мы ничего не знаем, кроме краткой заметки в житии Мефодия. У него, по-видимому, требовали отчета, на каком основании он проповедует «в нашей» области; ответ его заключался в следующем: «Если бы я знал, что это ваша область, я бы не пошел в нее, но так как это область св. Петра, то мне не в чем оправдываться перед вами».
Период содержания св. Мефодия под стражей «в Швабии» до конца 873 г. составляет и в каноническом, и в дипломатическом отношении наиболее невыясненный вопрос. Почему Римский епископ не оказал надлежащего содействия архиепископу Мефодию; почему те славянские князья, в землю которых назначен он был архиепископом, не заступились за него с той энергией, которая требовалась положением дела? Нельзя, наконец, скрывать и того, что Мефодий и мог и должен был искать поддержки у царя и Константинопольского патриарха. Ввиду полной беззащитности, в которой оказался посвященный папой Адрианом в архиепископы Паннонии и Моравии славянский проповедник, возбуждается множество второстепенных вопросов по отношению к занимающему нас эпизоду, в решении которых нельзя прийти к бесспорным данным. И прежде всего, как относиться к учреждению Паннонской архиепископии? По дальнейшему ходу дела следует думать, что с вопросом о возобновлении Паннонской епископии, с епископской кафедрой в Среме (Sirmium), соединялась мысль о непосредственном подчинении Паннонии Римскому престолу. По церковному преданию Западной Церкви, апостол Андроник, один из 70, был насадителем христианства в придунайских областях и первым епископом Сремско-паннонским — в IV в. Паннонская епископия распространилась на весь Иллирик. Но в эпоху движения гуннов и авар христианство погасло в этих странах, и об епископии было забыто. Ясное дело, что здесь сталкивались интересы Римской Церкви с правами Зальцбурга: интересы Рима поддерживались преданием, права Зальцбурга основывались на исторических конкретных фактах, против которых мог, впрочем, возражать Константинопольский патриархат на основании распоряжения Льва Исавра о церковном Иллирике. Пока продолжалось управление Римской Церковью Адриана II, Мефодию, несмотря на его жалобы и донесения, не было оказано из Рима помощи. По смерти его 12 декабря 872 г., с вступлением на папский престол Иоанна VIII, отношение Рима к Паннонскому архиепископу радикально изменилось.
Судить о причинах, которые бы объясняли такое странное отношение немецкого духовенства и самого Римского престола к судьбе Мефодия, два с половиной года томившегося в заключении, мы лишены всякой возможности. Читая краткое известие об этом в житии Мефодия, что «его сослали и держали в заключении, пока не узнал апостолик и не послал на них клятву, запретив им богослужение, пока его держат», можно бы думать, что подобное слишком безучастное отношение к важнейшему в жизни Мефодия событию не может принадлежать преданному ему ученику, а представляет собой чужую вставку, но самый факт засвидетельствован бесспорными официальными документами папской канцелярии. Преемник Адриана был хорошо ознакомлен с вопросом о Паннонской архиепископии, так как занимал значительную должность при Церкви еще при Адриане II и был весьма заинтересован в том, чтобы новообращенные славянские земли, Моравию и Паннонию, во что бы то ни стало удержать в непосредственном подчинении Римской кафедры. Таким образом, в первые месяцы 873 г. дело св. Мефодия обратило на себя внимание нового папы и вызвало ряд писем и распоряжений, которыми документально подтверждается и иллюстрируется то, что кратко и сухо изложено в Паннонском житии.
Папа принял ряд весьма энергичных мер, чтобы выяснить дело о Паннонском архиепископе. Прежде всего он объяснил Людовику Немецкому, в области которого находился Зальцбургский архиепископ, всю неосновательность притязаний немецкого духовенства на Паннонию.