Твердая религиозность, нежелание делать уступки и суровое обличительное слово Иоанна создали ему много врагов. Аркадий подчинился этому течению и открыто высказался против патриарха, который удалился в Малую Азию. Происшедшее народное волнение в столице из-за удаления любимого пастыря заставило императора вернуть его обратно. Но мир между правительством и патриархом продолжался недолго. Освящение статуи императрицы дало повод к новому горячему выступлению Иоанна. Он был объявлен лишенным сана, и его последователи, иоанниты, подвергались преследованиям. Наконец, в 404 году Иоанн был отправлен в ссылку в каппадокийский город Кукуз, куда он прибыл после длинного, тяжелого путешествия. Это было, по словам Иоанна, «самое пустынное место всего государства».
[205] Через три года пришло распоряжение о новой ссылке Иоанна на далекое восточное побережье Черного моря, по пути куда он в 407 году и умер. Так закончил свою жизнь один из наиболее выдающихся представителей восточной церкви раннего средневековья. Заступничество папы и западного императора Гонория перед Аркадием за преследуемых Иоанна и иоаннитов не увенчалось успехом.