Открыв суровые преследования против своих противников, Несторий вызвал в церкви большую смуту. Особенно сильно восстал против учения Нестория патриарх александрийский Кирилл и папа Целестин, осудивший на римском соборе еретическое учение. Император Феодосии, желая положить конец церковным распрям, созвал в Эфесе третий Вселенский собор, который осудил несторианство (431 г.). Сам Несторий был отправлен в ссылку в Египет, где и умер.
Несмотря на осуждение несторианства, несториане оставались в довольно большом количестве в Сирии и Месопотамии; против них гражданские власти, по приказанию императора, неоднократно прибегали к строгим мерам. Главным центром несторианства была Эдесса, где находилась знаменитая школа, распространявшая антиохийские идеи. В 489 году, при императоре Зеноне, школа была уничтожена, а профессора и ученики изгнаны. Последние направились в Персию, где основали школу в городе Нисибин. Персидский царь охотно принимал несториан и оказывал им покровительство, так как видел в них врагов империи, которыми при случае он мог воспользоваться. Персидская церковь несториан, или сиро-халдейских христиан, имела во главе епископа, который назывался католикосом. Из Персии христианство в форме несторианства переходило в другие страны, например в Индию.