После прибытия в Порт-Артур (8 марта 1904 г.) и изучения обстановки Макаров поставил перед флотом следующие задачи:
– не допускать высадки японской армии на Квантунском полуострове;
– постепенно расширять зону действий флота, имея конечной целью после вступления в строй поврежденных кораблей принудить противника к решительному бою;
– действиями на морских сообщениях противника в Желтом море всемерно затруднять перевозку японских войск в Корею;
– Владивостокскому отряду крейсеров действиями в Корейском проливе затруднять войсковые перевозки японцев и отвлекать их силы от Порт-Артура.
Будучи противником англо-американской теории «владения морем» и понимая, что исход войны решается совокупными действиями сухопутных и морских сил, Макаров сумел правильнее других оценить обстановку и поставить флоту задачи по оказанию помощи армии.
Для успешного решения всех этих задач, в основе которых лежали активные действия, нужно было повысить боеспособность эскадры и укрепить оборону Порт-Артура. Верный лучшим традициям русских флотоводцев, Макаров прежде всего взялся за поднятие боевого духа личного состава эскадры, укрепил в матросах и офицерах веру в силу своего флота, в свое оружие. Этому содействовала широкая известность и популярность Макарова как наиболее выдающегося адмирала с большим боевым и служебным опытом. Макаров был выходцем из матросской среды, и это сближало его с рядовым составом.
В повышении боевого духа эскадры исключительно большую роль играл личный пример командующего. 10 марта Макаров на крейсере «Новик» вышел в море для поддержки своих миноносцев; он часто бывал на дежурных кораблях, инструктировал командиров миноносцев перед выходом в разведку. Требовательное и вместе с тем чуткое отношение адмирала к матросам во многом содействовало поднятию их боевого духа. Макаров видел в матросах не простых исполнителей своих приказаний, а защитников родины и поэтому требовал от офицеров уважения к матросу и заботы о нем.
Большое внимание Макаров уделял подбору и расстановке кадров офицерского состава. Он смело ломал рутину и вопреки вышестоящим начальникам, не считаясь с чинами и знатностью, назначал на наиболее ответственные должности способных, знающих офицеров. Так, например, Макаров отклонил назначение капитана 1-го ранга Эбергарда на должность командира эскадренного броненосца «Севастополь» и вместо него назначил капитана 2-го ранга Эссена. Макаров настойчиво требовал присылки на должность командира порта капитана 1-го ранга Миклухо-Маклая (впоследствии геройски погибшего на броненосце «Адмирал Ушаков» в Цусимском бою).
Особое место в деятельности адмирала Макарова на посту командующего флотом занимала подготовка личного состава флота, обучение матросов и офицеров тому, что нужно на войне.
Макаров стремился развить у офицеров единство понимания задач и способов ведения военных действий на море, именно поэтому он настойчиво добивался издания и присылки в Порт-Артур своего труда «Рассуждения по вопросам морской тактики». Макарову принадлежит разработка очень ценных боевых документов, в том числе инструкций по эскадренному бою, по деятельности миноносцев в разведке, по охране рейда и других.
В инструкции по эскадренному бою, как и в своем труде «Рассуждения по вопросам морской тактики», Макаров рассматривает бой в море не как артиллерийскую дуэль одних линейных кораблей, а как борьбу разнородных сил флота. В этом он далеко опередил своих современников, внес значительный вклад в развитие военно-морского искусства.
К моменту прибытия адмирала Макарова в Порт-Артур состояние материальной части кораблей флота было крайне тяжелым. Одни корабли получили боевые повреждения и вышли из строя, другие не успели отремонтировать во время подготовки к кампании (из 24 миноносцев в строю находилось только шесть). Макаров сразу же принял меры к быстрому ремонту кораблей, используя для этого все местные возможности. Однако он не ограничился только этим. Еще находясь на пути в Порт-Артур, Макаров поставил перед морским министром вопрос о необходимости усиления Тихоокеанского флота за счет кораблей других флотов. Он настаивал на том, чтобы отряд Вирениуса, находившийся в Средиземном море (один эскадренный броненосец, два крейсера и семь миноносцев), немедленно следовал на Дальний Восток. Кроме того, Макаров просил прислать в Порт-Артур по железной дороге в разобранном виде двадцатитонные миноноски.
Макаров заботился об усилении обороны Порт-Артура. Он и в этом вопросе показал широту взглядов и трезвость оценки обстановки. В отличие от своих предшественников, Макаров принимал меры по обороне базы не только с моря, но и суши. Он установил связь с армией и пытался наладить взаимодействие с ней.