В помощь вышеуказанным двум главным комиссиям, работавшим под непосредственным руководством Д.А. Милютина, при Главном артиллерийском и Главном инженерном управлениях Военного министерства, а также при военно-медицинском департаменте были созданы еще три специализированные комиссии. Артиллерийскую комиссию возглавлял вице-директор Главного артиллерийского управления генерал-лейтенант С.С. Семенов, инженерную комиссию – вице-директор Главного инженерного управления генерал-майор Н.А. Рыдзевский; комиссия под председательством директора военно-медицинского департамента Ф.С. Цыцурина занималась разработкой вопросов по медицинской и госпитальной частям. Они помогали двум главным редакционным комиссиям в детальной разработке соответствующих разделов проектов. Подготовленные материалы рассылались также в действующие военно-окружные управления. Постоянные поездки в Варшаву и Вильно совершали помощники Милютина В.М. Аничков и К.П. Кауфман.
По воспоминаниям Д.А. Милютина, наиболее плодотворная работа проходила осенью 1863 г., когда в связи с отъездом Александра II на отдых военный министр не был связан постоянными докладами (трижды в неделю) царю. «Во все продолжение отсутствия государя, – писал позже Д.А. Милютин, – с 11 сентября и до 1 ноября, оставаясь в Петербурге, я пользовался временем для усиленных занятий делами министерства. В то время разрабатывалось множество важных вопросов, требовавших моего личного участия и частых совещаний».
Размышляя над определением количества и состава округов, Д.А. Милютин в апреле 1864 г. подготовил записку «О разделении империи на военные округа», которая была разослана членам комиссий совместно с циркулярной сопроводительной запиской. В ней предлагалось, кроме уже действовавших Варшавского, Виленского, Киевского и Одесского округов, создать Финляндский, Петербургский, Остзейский (на территории Витебской и Псковской губерний), Московский, Харьковский, Казанский, Саратовский, а в перспективе и Кавказский, Оренбургский, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский округа. В записке содержалось перечисление губерний, входящих в состав каждого округа, с подробным указанием его площади, численности войск и населения.
На расширенном совещании по обсуждению этой записки Д.А. Милютин согласился с необходимостью (в первую очередь по финансовым соображениям) укрупнения внутренних округов (Казанского, Петербургского и Московского). Было признано нецелесообразным создание Саратовского военного округа, а предполагавшиеся к включению в его состав Саратовскую, Симбирскую и Астраханскую губернии решено включить в территорию Казанского округа. К территории Петербургского округа добавлялись Псковская и Архангельская губернии, а к Виленскому округу – Витебская. Таким образом, отпала необходимость образовывать Остзейский военный округ. Одновременно, с учетом событий Польского восстания 1863–1864 гг., было признано целесообразным создать военно-окружную администрацию в Прибалтике, где сформировать Рижский военный округ. Уже 30 апреля 1864 г. последовало высочайшее повеление об учреждении Рижского округа в составе Лифляндской, Эстляндской и Курляндской губерний. Командующим войсками Рижского военного округа был назначен генерал от кавалерии В.К. Ливен (в декабре его сменил генерал-лейтенант П.А. Шувалов).
В конечном счете в проекте Положения о военно-окружных управлениях было определено иметь следующее расписание губерний и областей по военным округам, которое впоследствии без изменений вошло в окончательный текст положения:
Петербургский военный округ: Санкт-Петербургская, Новгородская, Псковская, Олонецкая и Архангельская губернии;
Финляндский военный округ: Великое княжество Финляндское;
Рижский военный округ: Лифляндская, Эстляндская и Курляндская губернии;
Виленский военный округ: Виленская, Ковенская, Гродненская, Витебская, Минская и Могилевская губернии;
Варшавский военный округ: Царство Польское;
Киевский военный округ: Киевская, Подольская и Волынская губернии;
Одесский военный округ: Херсонская, Екатеринославская, Таврическая губернии и Бессарабская область;
Харьковский военный округ: Курская, Орловская, Черниговская, Полтавская, Харьковская и Воронежская губернии;
Московский военный округ: Московская, Тверская, Ярославская, Вологодская, Владимирская, Нижегородская, Смоленская, Калужская, Тульская, Рязанская и Тамбовская губернии;