Аварское Койсу берет начало у подножия гор Акимала и Сари-Даг и тоже несколькими истоками, из которых наиболее примечателен Джурмгут-Чай. Протекая на высоте около 8 тысяч футов над уровнем моря параллельно Главному хребту до Андухского сообщества, Аварское Койсу делит область между Главным и боковым хребтом на две части, резко отличающиеся одна от другой: правая сторона заселена и удобна для обработки полей, левая камениста, бесплодна и покрыта довольно густым лесом. На этом пространстве Аварское Койсу принимает с левой стороны реки Бежиту-Эхоль-орг, омывающую лесистое Капучинское сообщество и, после слияния с несколькими реками, теряющую свое название. «В Дагестане вообще, – пишет г. Воронов, – речкам и рекам не присвоено каких-либо собственных, единичных названий: всякая речка есть вода (тлар, герх, вац, озень, чай, нехи и т. д.), и к этому слову прибавляется имя селения или же общества, через которое она течет». Оттого и река Бежита не имеет одного определенного названия по всему течению.
Прорезав проход в снеговом хребте близ селения Ратлуха и встретив на своем пути скалы хребта Талакори, Аварское Койсу поворачивает на восток и, приняв у Койсубулинского селения Могоха реку Казикумухское Койсу, орошает Койсубулинское сообщество. Здесь, протекая в полном смысле между отвесными скалами, вздымающимися на несколько тысяч футов по обеим сторонам, и принимая все более и более северное направление, Аварское Койсу сливается с Андийским Койсу несколько ниже развалин селения Ашильты и верстах в десяти ниже разрушенного замка Ахульго. В среднем и нижнем течении Аварское Койсу окружено скалистыми берегами, неудобными для жизни и оттого малонаселенными. Переправиться вброд через эту реку затруднительно, это возможно только благодаря постоянным мостам, которых построено несколько. Будучи самой главной рекой во всем Дагестане, Аварское Койсу течет весьма быстро, имеет сильный напор воды, в особенности в весеннее время, и принимает в себя множество притоков. Последние из-за мелководности не заслуживают подробного описания, за исключением Казикумухского Койсу, впадающего с правой стороны.
Казикумухское Койсу берет начало на горе Дюльта-Даг в бывшем Казикумухском ханстве, от которого и получило свое название. Хотя река эта довольно быстра, она преодолима вброд там, где позволяют берега, которые в ее верхнем течении довольно пологи и совершенно безлесны, но удобны для возделывания и предоставляют обильные пастбища. За Кумухом горы подходят к обоим берегам, отчего последние делаются более каменистыми и бесплодными. Под Цухадаром Койсу пробивает себе узкий трехсаженный проход, длина которого не превышает 50 сажен, течет под нависшими скалами, а между селениями Таш-Кепур и Ходжал-Махи совершенно исчезает и проходит несколько сажен под землей. В этом месте природа перебросила с одного берега на другой естественный мост. Берега здесь соединяются, так что верхняя часть представляет настил моста в два-три фута толщиной, а нижняя образует арку, под которой и протекает скрытая от глаз река.
Отсюда Казикумухское Койсу поворачивает на запад, доходит до Гергебильских террас, приняв с левой стороны бурную и непроходимую вброд реку Кара-Койсу, вытекающую с территории сообщества Тлейсеруха, стремительно спускается в Кикунинское ущелье и у селения Могоха Койсубулинского сообщества впадает в Аварское Койсу. Ниже Кумуха для переправы через Койсу устроено несколько мостов, так как отсюда река становится трудно преодолимой вброд. Из рек, впадающих в Казикумухское Койсу с правой стороны, заметны Кюлюли-Чай и Акушинка.