Программа деятельности собора начертана была в указе Юстиниановом, с которым он обратился к отцам собора и который был читан при открытии его. В этом указе обозначалось, с каких именно сторон следовало рассмотреть спорный вопрос о трех главах. 1) Относительно Феодора Мопсуестского требовалось следующее: просим вас рассмотреть то, что написано как в других сочинениях, так и в его символе; просим также рассмотреть и то, что об нем и его хулениях написали св. отцы и обнародовали наши предшественники, равно и то, что написали о нем писатели церковной истории. Из всего этого вы узнаете, что как сам он, так и его хуления с давнего времени осуждены св. отцами и что за его хулы в предшествующие времена даже имя его было исключено из церковных диптихов церкви, в которой он был епископом Просим вас порассудить и о мнении тех, которые утверждают, будто не следует анафеметвовать еретиков по смерти, и просим держаться в этом случае учения св. отцов, которые и по смерти анафемствовали умерших в своем нечестии. 2) Относительно Феодорита император писал собору: просим вас обратить внимание на то, что нечестиво написано Феодоритом против правой веры и против Ефесского собора, против памяти Кирилла и против 12 его глав, и что тот же Феодорита написал в защиту Феодора и Нестория и их хулений против памяти Кирилла. 3) Относительно Ивы и его послания в указе говорилось: просим также сделать исследование и о нечестивом послании, которое написал Ива к Марию Персу. И так как некоторые дерзают утверждать, что послание это, содержащее нечестие, принято и св. Халкидонским собором, то просим вас сличить то, что сказано этим св. собором в определениях его, изложенных в защиту веры, и то, что содержится в нечестивом послании, чтобы всесторонне доказать справедливое, а нечестивое осудить (Д. V. 35–37).
Указ сделался программою и руководящею нитью в деяниях собора. Так как в указе прежде всего предписывалось сделать рассмотрение нечестия Феодора, то собор, по своем открытии, тотчас и занимается этим делом. Из многочисленных сочинений Феодора извлечено было и прочитано множество мест, которые ясно свидетельствовали, что Феодорово учение в сущности было учением Нестория, которое осуждено было на III Вселенском соборе. Неправославные мнения Феодора собор назвал «сокровищами нечестия» (Д. V. 102). Главные заблуждения Феодора касались учения о двух естествах во Христе и образе их соединения. Вот эти заблуждения, открытые и изобличенные собором: 1) от Пресвятой Девы Марии родился не Бог, но человек. «Мы не должны думать, говорит Феодор, что от Девы родился Бог. Говорить, что Бог родился от Марии — безумие, ибо это не иное что, как утверждать, что сам Бог родился от семени Давидова из существа Девы и в ней был зачат; так как то, что от семени Давидова и из существа Девы, находилось во чреве матери и зачатое наитием Св. Духа родилось от Девы; да престанут поэтому говорить нам, что Бог от Бога и единосущный Отцу родился от Девы. Не божеское естество родилось от Девы, а родился от Девы тот, кто произошел из существа Девы (человек). Не Бог-Слово родился от Марии, родился же от Марии тот, кто от семени Давидова» (Д. V. 60–61). 2) Бог Слово не рождался от Марии Девы, Он только присутствовал в человеке Иисусе при Его рождении и во время остальной жизни Его. Феодор говорит: «тотчас же при самом зачатии в человеке Иисусе начал быть Бог Слово; ибо присутствовал в нем не только во время вознесения на небо, но и при воскресении из мертвых, именно как воскрешающий Его. И не при воскресении только из мертвых присутствовал в нем (т. е. не в состоянии только прославления), но и при пригвождении ко кресту и при крещении и после крещения — при совершении им дела Евангелия, а равно и до крещения при выполнении им постановлений закона, при представлении его во храм по закону, и при обрезании, и при обвитии пеленами во время рождения; находился в нем Бог-Слово, также когда он (человек Иисус) находился во чреве матери с первого момента его зачатия» (Д. V. 62). Такое учение Феодора о том, что Бог-Слово только соприсутствовал человеку Иисусу, во время его рождения и земной жизни его, приводило его 3) к учению о разделении естеств в Богочеловеке, к учению, по которому в Богочеловеке как бы допускалось два лица божеское и человеческое, не пришедшие к единению (сущность несторианства). Феодор писал; «нужно полагать различие между храмом (человеком-Христом) и тем, кто вселился в храм (Богом-Словом), — между тем, кто освобожден от уз смерти и тем, кто освободил, — между тем, кто в страданиях стал совершенным, и тем, кто сделал совершенным, — между тем, кто малым чим умален от ангел, и тем, кто умалил,