Трактаты против епископата были проникнуты духом протеста против насилия над человеческой совестью. Этим протестом проникнута и страстная аргументация Мильтона в трактатах о разводе, появившихся после 1642 г. Выступая в них отнюдь не в духе отвлеченной церковной морали, автор отстаивает право человека на свободный выбор подруги, «помощницы». Хотя в духе патриархального пуританизма Мильтон и считал, что мужчина в браке — «первый среди равных», однако его трактовка любви в целом близка к тому высоко гуманистическому взгляду на любовь, который сложился в творчестве писателей-гуманистов.
Непоследовательность пресвитериан по отношению к монархии в завязавшейся политической борьбе и особенно их попытки взять под свой контроль более радикальные движения побудили Мильтона сблизиться с индепендентами — революционным течением, перехватившим инициативу у пресвитериан. Это видно уже по блестящему трактату «Ареопагитика» (1644), который был написан как речь для произнесения в парламенте. Это — пылкое выступление в защиту свободы печати, нарушаемой не только королевскими чиновниками, но и пресвитерианами. Однако, требуя свободы для проповеди и передовой мысли, Мильтон сознательно отказывал в этой свободе католицизму и его адептам; с его точки зрения, они защищали не только ложное, но и глубоко безнравственное, развращающее учение, сущность которого была раскрыта в деятельности его же ревностных проповедников — иезуитов. Глубокая диалектическая постановка вопроса о свободе печати в трактате Мильтона свидетельствует о его умении решать проблемы в духе конкретного понимания, сообразуясь с политической обстановкой.
Чем шире и яростнее шла борьба в стране, тем активнее вмешивался в нее Мильтон, выступая на стороне индепендентов. Поддержав их борьбу против пресвитериан в трактате «Против новых насильников совести» (1646), он взял на себя затем защиту индепендентов в проводимом ими процессе над королем Карлом Стюартом. В книге «Обязанности государей и правительств» (1649) писатель доказывает, что король Карл не выполнял своих обязанностей и этим вызвал законное возмущение народа. В знаменитом трактате «Иконоборец» (1649) Мильтон оправдал приговор, вынесенный Карлу I, и казнь короля, объявив эти акты необходимыми для защиты английского народа от губительной политики короля-изменника, развязавшего войну в Англии.
У трактата «Иконоборец» своя сложная и поучительная история, вводящая нас в самую гущу событий, последовавших за казнью Карла Стюарта, которая отозвалась грозным эхом по всей Европе. «Мятежники» судили по всем правилам юрисдикции и казнили как простого преступника помазанника божьего, «законного» короля.
Среди многочисленных произведений, вызванных к жизни этим событием и выражавших испуг и негодование абсолютистских правительств Европы, особенно выделилась книга «Образ короля», якобы воспроизводившая записки самого узника, чудом вызволенные из тюрьмы. Довольно скоро оказалось, что сочинение принадлежит на самом деле некоему доктору Дж. Годену. Он проявил немалое литературное мастерство и сочинил сентиментальную, прециозную книгу — житие великомученика Карла, в котором черты позднего рыцарского романа переплетаются с традицией христианской житийной литературы в том ее эпигонском виде, в каком она существовала в XVI—XVII вв. в Италии и Испании.
Индепендентское правительство уже с давних пор обращалось к Мильтону за помощью, когда нуждалось в компетентном и решительном публицисте. Так поступило оно и теперь. Мильтону было поручено достойно ответить на книгу Годена. С этого момента Мильтон играет все более важную роль в идеологических делах индепендентского парламента и становится при нем как бы начальником канцелярии по внешним сношениям. Через него идет переписка с иностранными державами, и он официально называется «секретарем для переписки на иностранных языках».
Мильтон разбил и разоблачил вымысел Годена; опираясь на исторические документы, он обвинял короля в измене. Приводя его корреспонденцию, захваченную в битве при Нейзби, он обвинял Карла в покушении на свободу английского народа, цитируя его речи и декреты и интерпретируя его подлинные выступления и поступки. Книга Мильтона насыщена историческими фактами, воссоздавшими реальную картину политических событий. Это был первый очерк развития Английской революции. Мильтон старался доказать, что она органически вела к казни Карла I, вполне мотивированной всем поведением этого легкомысленного, взбалмошного, двуличного монарха.
Пламенная антиабсолютистская филиппика Мильтона встревожила континентальную реакцию. «Иконоборец» прозвучал не только как обличение монархии, но и как обоснование суверенного права народа, осуществленного в Англии. К борьбе за это право звала книга Мильтона, пропагандировавшая идею гражданской войны против тирании абсолютизма.
Круги английской роялистской эмиграции и деятели международной абсолютистской реакции на континенте, испуганные книгой Мильтона, выдвинули против нее самого подготовленного противника из числа тех европейских юристов, кого можно было привлечь. Это был лейденский профессор Сомэз, именовавшийся на латинский манер Сальмазием. Ему и группе его ближайших сотрудников было поручено не только обесславить и разгромить Мильтона, но и очернить молодую республику. Этой задаче и была посвящена книга Сальмазия «Защита короля Карла I» (1649).
В ответ на нее Мильтон печатает трактат «Защита английского народа» (1650). И когда целая группа памфлетистов, нанятых эмигрантами, — Мор, Бромголл, Роуленд и др. — обрушилась на это выступление, Мильтон выпускает в свет «Вторую защиту английского народа», а затем и «Защиту себя самого». Эти книги принесли писателю международную известность. В них Мильтон показал, что может сделать свободный народ, отстаивая свои завоевания, и какими пигмеями выглядят Сальмазий и эмигранты рядом с восставшим от сна Самсоном, которому автор уподобляет английский народ, пробудившийся для защиты своих прав от новых посягательств абсолютизма и от угрозы интервенции.
В этих блестящих произведениях республиканской публицистики Мильтона отразилась и сложная эволюция его мировоззрения. Прежде всего она сказалась в понимании самого термина «народ». Далекий от абстрактного восхваления некоего иллюзорного народа, Мильтон довольно точно определяет свое понимание народа как «среднего класса». Именно в нем видит Мильтон надежную опору республики и наиболее активную, ценную часть нации. Его интересы представлял, по мысли Мильтона, Кромвель, чьи диктаторские притязания писатель склонен был в те годы недооценивать. И патриотизм Мильтона в это время нередко превращается в одностороннюю идею избранничества английской нации, призванной якобы главенствовать среди других наций Европы.
Однако, в трактатах, особенно во втором, звучат и нотки тревоги. Восторженно повествуя о битвах и победах гражданской войны, о подвигах «Нового образца», как называлась революционная армия, созданная Кромвелем и его офицерами, Мильтон высказывал и опасения по поводу того, что среди республиканцев распространяется корыстолюбие, что они слишком много думают о благах земных, коими пренебрегали ранее. Мильтон обличал своих соотечественников в том, что они успокоились на достигнутом, остановились на создании строя, несправедливости которого он не мог не видеть, — строя буржуазного. Писатель предупреждал, что, если народ, т. е. индепенденты, с которыми он его отождествлял, не свернет на другой путь, его не спасут не только Кромвель, но и «целая нация Брутов». Мильтон умолял лорда-генерала во имя того самого дела, которое так высоко вознесло его, воздержаться от шагов, гибельных для революции, — отказаться от личной диктатуры.
Последние выступления стареющего писателя, потерявшего зрение от кропотливой и непосильной работы в архивах, — «Письмо к другу» и «Истинный и легкий путь к устроению свободной республики» (1660) — созданы накануне победы Реставрации и проникнуты жарким стремлением спасти и воскресить к новой жизни гибнущую республику. Но это были трагические вопли одинокого старого бойца, уже не услышанные общественностью, потерявшей веру в республику и разочаровавшейся в режиме наследников Кромвеля.