Подобно большей части аристократических семей, дом Минамото имел свою систему управления людьми и землями. Ее элементами были, во-первых, образованное в 1180 г. самурай докоро, помимо исполнения военных и полицейских функций, ведавшее делами вассалов Минамото — гокэнин; во-вторых, юридическое ведомство монтю̄дзё, созданное в 1184 г. и занимавшееся судебными делами; и, в-третьих, мандокоро (или кумондзё), созданное в 1190 г. для решения как политических, так и общеадминистративных вопросов. Постепенно эти ведомства одного дома-клана начали работать в более широких, общегосударственных масштабах. Таким образом к концу XII в. были фактически созданы все главные институты управления бакуфу.
Кроме того, были созданы ведомства в районах, которые необходимо было держать под постоянным контролем. В императорской столице была учреждена должность Кё̄то сюго (своего рода, военный губернатор Киото), в зону деятельности которого входила не только столица, но и западная часть страны. На Кю̄сю̄ был назначен тиндзэй бугё̄. Район, присоединенный после военного похода на север 1189 г. начал управляться с 1195 г. о̄сю̄ со̄бугё̄. На эти должности назначались наиболее верные вассалы Минамото-но Ёритомо. На уровне провинций исполнение распоряжений бакуфу было в руках сюго, в сё̄эн — дзито̄.
Однако при этом общегосударственная система управления рицурё̄, отягощенная институтами эпохи инсэй, также сохранилась. Таким образом, власть двора (кугэ сэйкэн) и власть военного сословия (букэ сэйкэн) продолжали существовать параллельно. Обе сложные разветвленные властные структуры поневоле взаимодействовали, поскольку ни одна из них не была в состоянии полностью взять верх. Это вынужденное взаимодействие было одной из характернейших черт первого сёгуната.
Появление института сиккэн
После смерти Минамото-но Ёритомо в 1199 году Хо̄дзё̄ Токимаса стал регентом (сиккэн, букв, «держатель власти») при Ёрииэ, втором сёгуне. Таким образом, внутри высшей власти бакуфу возник аналог дуальной системы императорского правления. В ней также возникли два соправителя, связанных родственными узами по материнской линии; при этом реальное управление осуществлял сиккэн из дома Хо̄дзё̄, а сё̄гун из дома Минамото обладал лишь представительскими функциями.
То, что в государстве на первый план выдвинулся незнатный провинциальный род военных, было, видимо, второй знаменательной чертой первого сёгуната. С 1200 г. до последних дней Камакурского бакуфу представители дома Хо̄дзё̄ были главной правящей силой. Можно считать, что основателем дома Хо̄дзё̄ был сам Токимаса: хотя «Адзума кагами» («Восточное зерцало», вторая половина XIII в.) возводил начало рода к Тайра-но Садамори, другие источники этого не подтверждают.
Возвышению рода Хо̄дзё̄ в первую очередь способствовала женитьба Минамото-но Ёритомо на дочери Хо̄дзё̄ Токимаса. Когда после смерти Ёритомо сёгуном стал Ёрииэ, он попытался управлять так же, как его отец, но натолкнулся на сопротивление матери и деда. Дело в том, что Ёрииэ был женат на девушке из дома Хики, второго дома верных соратников Ёритомо, и давнее соперничество родов Хо̄дзё̄ и Хики вышло на поверхность.
Дело закончилось уничтожением дома Хики и отстранением и убийством Ёрииэ в 1204 г. Однако борьба на этом не закончились. Хо̄дзё̄ Токимаса попытался сделать новым сёгуном сына второй жены Ёритомо, но этому воспрепятствовали Масако, вдова Ёритомо и ее брат Ёситоки. В результате Токимаса был сослан в Идзу, а сёгуном стал Минамото-но Санэтомо — младший сын Ёритомо. Ёситоки сделался сиккэн. Именно ему удалось укрепить власть бакуфу и покончить на какое-то время с внутренними противоречиями.
Отрекшийся император Готоба был сторонником сотрудничества двух политических центров. Официальной реакции двора на то, что сёгуном стал Санэтомо, не последовало, но его женитьба была воспринята с воодушевлением. Жена Санэтомо была дочерью ближайшего к Готоба придворного, что сразу сделало отношения между сёгуном и отрекшимся императором очень тесными. Готоба даже приглашал буси обучать его боевым искусствам, получил возможность лично (а не через бакуфу) командовать собственными военными отрядами.
Санэтомо тоже вполне удовлетворяло такое тесное единение с императорским двором. В нем гораздо сильнее, чем в отце и брате, проявлялись черты хэйанского аристократа. Он посвятил себя искусствам, особенно поэзии. Кроме того, он придавал значение и получению придворных должностей. В 1218 г. он стал удайдзин — правым министром. Однако радость его была недолгой: в 1219 году во время празднования по этому случаю Санэтомо посетил храм Цуругаока Хатимангӯ, где и был убит. Он не оставил наследников, и поэтому со смертью третьего сёгуна линия Минамото-но Ёритомо прервалась.