Кроме того, в наиболее стратегически важные провинции были назначены новые сюго — представители дома Хо̄дзё̄. Бакуфу укрепило оборону столицы, направив туда Хо̄дзё̄ Токимори и других известных гокэнин. Всем воинам столичной провинции Ямасиро — гокэнин и не-гокэнин — вменили в обязанность нести сторожевую службу по охране города. План обороны включал в себя также атаку Корё, являвшегося опорной базой империи Юань для нападения на Японию. Наконец, был отдан приказ всем сюго организовать в буддийских и синтоистских храмах провинций специальные службы о защите Японии и поражении ее врагов. Все эти меры усилили власть бакуфу, во главе которого в то время стояли Хо̄дзё̄ Токимунэ и Адати Ясумори.
В 1275 г. в Японию прибыло посольство от императора Юань. Ответ бакуфу на этот раз не заставил себя ждать — все посольство было казнено. Немедленного возмездия за это со стороны монголов не последовало: в то время империя Юань была занята войной с Южной Сун.
К 1279 г. сунская империя пала, ее император был пленен. Теперь для нападения на Японию Юань могли использовать сунский флот. В том же году Хубилай приказал построить 600 кораблей, и совместно с командующими сунской армией разработал план похода на Японию. Согласно ему нападение на Японские о-ва должны были осуществить две флотилии: Восточная, дислоцировавшаяся в Корё, и Южная — в юго-восточном Китае. Восточная располагала 900 кораблями с 10 тыс. корейских и 30 тыс. монгольских воинов. Южная флотилия состояла из 3,5 тыс. боевых кораблей со 100-тысячным сунским войском. Эти цифры, приводящиеся в исторических источниках, вероятнее всего, сильно преувеличены, но даже, если их уменьшить в 10 раз, на Японские о-ва направлялась огромная, сокрушительная сила. По плану флотилии должны были встретиться у о-ва Ики, и совместно начать атаку Японских о-вов.
В 1279 г. Хубилай направил в Японию еще одно посольство с посланием, в котором говорилось, что если японское государство не подчинится его власти, то его ждет судьба Южных Сун. Это посольство было также казнено японцами.
В 1281 г. Восточная флотилия вышла из Коре и направилась к японскому побережью. Она вновь разрушила острова Цусима и Ики и двинулась к Хаката, но воздвигнутые каменные укрепления не позволили армии высадиться, и они захватили о-в Сига. Японцы яростно сопротивлялись, используя небольшие суда. Монголо-корейская флотилия вынуждена была отступить на о-в Ики. Южная флотилия задержалась из-за смерти командующего, поэтому первоначальный план был несколько изменен, теперь встретившись в Хирадо, обе флотилии направились в залив Хаката. Когда они подошли к побережью и готовы были высадиться, разыгрался сильный шторм, который фактически уничтожил юаньский флот. Уцелевшие корабли ушли в Корё, оставив на произвол судьбы частично высадившуюся юаньскую армию. Во втором походе противник потерял около 100 тыс. чел., от 70 до 90 % своих сил. Вновь природа оказались на стороне Японии.
Монголы еще долгое время держали Японию в напряжении. На юго-западе страны, особенно на Кю̄сю̄, все буси продолжали нести обязательную службу, которая заключалась не только в охране границы по 3–4 мес. в год, но и в участии в сооружении и ремонте прибрежных каменных укреплений и в обязательных поставках вооружения (стрел, копий, знамен). Некоторые владельцы сё̄эн отказывались выполнять эти решения бакуфу, и в 1286 г. последовал указ о назначении дзито̄ во все сопротивлявшиеся владения.
Консолидация власти бакуфу
В 1284 г. умер Хо̄дзё̄ Токимунэ, главный организатор отпора монгольским нашествиям. Одним из главных советников нового, 14-летнего сиккэн Садатоки стал Адати Ясумори, его дед с материнской стороны и верный сподвижник Токимунэ.
В условиях сохранения опасности вторжения монголов важной задачей бакуфу было укрепление своей власти на Кю̄сю̄. Поэтому был осуществлен ряд мероприятий: