Тогда же бакуфу издало указ, регулировавший порядок престолонаследия. Согласно ему, после вступления принца Куниёси на трон наследным принцем должен был быть провозглашен сын Гофусими принц Кадзухито (будущий император Ко̄гон). Кроме того, правление каждого императора не должно было превышать 10 лет, а Годайго не должен был пытаться сохранить трон дольше положенного.
Годайго взошел на трон в 1318 г. Ему был тогда 31 год, он был энергичен и имел четкие политические цели. Годайго стремился покончить с системой раннего отречения императоров, ликвидировать систему инсэй со всеми ее институтами, сосредоточить власть в руках императорского дома. Ограничения, введенные бакуфу, только утвердили его в правильности выбранного пути — возродить лучшее время японской государственности, которое, по его мнению, приходилось на годы правления императора Дайго (897–930).
В 1321 г. отрекшийся император Гоуда удалился от дел, передав свои права Годайго. В том же году поменяли название эры правления — Гэнко̄, — что подчеркивало серьезность намерения императора установить новый тип власти. Годайго окружил себя высокообразованными людьми: Ёсида Садафуса и Китабатакэ Тикафуса, принадлежавшими к Дайкакудзи, а также менее знатными, но не менее знающими и образованными Хино Сукэтомо и Хино Тосимото. Параллельно Годайго стремился упрочить экономическую основу императорского дома, впервые введя в 1322 г. налог с изготовителей сакэ в Киото. Однако основные усилия императора были направлены на борьбу с бакуфу.
В 1311 г. после смерти Садатоки во главе дома Хо̄дзё̄ стал его 9-летний сын Такатоки, сиккэн с 1316 г. В исторической традиции о нем сохранилось мнение как о бесхарактерном, даже слабоумном человеке, что, видимо, и объясняет тот факт, что главной фигурой в бакуфу стал Нагасаки Такасукэ, представитель миутибито. Внутри бакуфу разгорелась борьба за власть, усилившаяся после отставки Такатоки в 1326 г. и освобождения поста сиккэн.
Усугубляли внутреннее положение акуто̄ — «плохие отряды». Это понятие существовало на протяжении всего первого бакуфу и включало в себя как разбойников, воров, бродяг, так и группы мелких и средних землевладельцев, выступавших против местной власти в сё̄эн. Если первые, бродившие по городам и деревням небольшими группами, занимавшиеся воровством и азартными играми, выделявшиеся в толпе странными одеждами, деревянными мечами и длинными бамбуковыми шестами, доставляли бакуфу сравнительно небольшие неприятности, то вторые, хорошо организованные и вооруженные, с конца XIII в. стали представлять реальную опасность. Вероятно, это было одним из проявлений противоречия двойственной структуры управления, когда на провинциальном уровне власть была в руках представителей бакуфу, а на уровне земельных владений — аристократии, монастырей и храмов и в меньшей степени самураев.
Свержение власти бакуфу
Последний всплеск активной внутренней политики бакуфу относился к 1318 г., когда оно пыталось навести порядок в западных провинциях областей Санъё̄ и Нанкай, отдав распоряжения местным сюго и гокэнин разрушить укрепления акуто̄ в их провинциях. Было разрушено более 20 укреплений, многие акуто̄ убиты. Однако спокойствие было кратковременным. В то же время бакуфу обязало гокэнин, имевших владения по побережью Внутреннего Японского моря, охранять наиболее важные порты от пиратов. Однако слабость власти бакуфу проявилась, когда на севере Хонсю̄ вспыхнула междоусобная война в доме Андо̄, а армия оказалась не в состоянии справиться с этими трудностями.
Годайго же собирал силы. Во главе буддийской школы Тэндай стал сын Годайго Моринага, тем самым обеспечив отцу поддержку этой сильнейшей религиозной организации, обладавшей вооруженными отрядами монахов. Хино Сукэтомо и Хино Тосимото вели переговорами с главами формирований акуто̄ в районе Кинай. Все-таки в 1324 г. заговор, который готовили противники Хо̄дзё̄, был раскрыт. Направлявшиеся в Киото отряды военных домов Токи и Тадзики из провинции Мино были атакованы отрядом рокухара тандай, мятежные командующие убиты, а ближайшие сподвижники Годайго Хино Сукэмото и Хино Тосимото арестованы и препровождены для разбирательства в Камакура. Эти события вошли в историю под названием Сё̄тю̄-но хэн — «беспорядки годов Сё̄тю̄».