В 1333 г. Такаудзи создал в столице бугё̄сё — «секретариат» для управления городом, фактически взявший на себя функции уничтоженного рокухара тандай. Как победитель, Такаудзи по сложившейся традиции должен был вознаградить своих вассалов земельными пожалованиями и должностями сюго и дзито̄, но он не получил такого права от императора. Тем не менее, на протяжении 1334 г. еще продолжалось мирное сосуществование Годайго и Асикага Такаудзи. Император, объявив о своей новой политике, создавал ведомства для управления государством, а Такаудзи, не принимая участия в этой деятельности, сохранял созданное им бугё̄сё. Когда Годайго направил принца Норинага своим представителем в Камакура, укрепляя тем самым свою власть на востоке страны, Такаудзи послал с ним своего брата Тадаёси для обеспечения военной охраны принца.
Такаудзи не был одинок в своем стремлении к власти. Его соперниками были Нитта Ёсисада, глава мусядокоро, и принц Моринага, который оставил пост главы школы Тэндай, получил титул сэйи тайсё̄гун. Принц Моринага был основным соперником Такаудзи, он был героем реставрации императорской власти, его поддерживали кугэ, и он мог опереться на военную силу Нитта и Нава. Такаудзи не нашел другого способа расправы со своим основным соперником, кроме навета. Он пожаловался императору, что Моринага готовит заговор против него, и император отправил своего старшего сына под арест к Тадаёси в Камакура.
Мятеж Асикага Такаудзи
В 1335 г. Хо̄дзё̄ попытались вернуться к власти. Силы Хо̄дзё̄ Токиюки захватили Камакура, вынудив Асикага Тадаёси и принца Норинага бежать. Во время этих событий Тадаёси отдал приказ убить принца Моринага. Такаудзи, не получив императорского указа, повел свою армию в Канто̄ и отбил Камакура. Хо̄дзё̄ Токиюки покончил с собой.
После этих событий Асикага Такаудзи не захотел возвращаться в столицу под предлогом опасений за свою жизнь и начал строительство дворца в Камакура. Город быстро возродился и вновь стал процветать. Тем временем Такаудзи стал распределять земли и должности в Канто̄, ведя себя как сё̄гун. Когда он конфисковал земли Нитта Ёсисада и начал раздавать их своим вассалам, Годайго объявил Такаудзи «врагом трона», лишил его всех титулов и пожалований и приказал Нитта Ёсисада и Китабатакэ Акииэ восстановить императорскую власть в Канто̄. Однако для этого у него было явно недостаточно сил.
В начале 1336 г. Асикага двинулся на столицу и даже захватил ее, но, столкнувшись с сильным сопротивлением сторонников Годайго, через 4 дня оставил город, отступив на запад. Там он имел мало сторонников, но, умело используя недовольство самураев, а также то, что он выступал от имени отрекшегося императора Ко̄гон, сумел привлечь на свою сторону большое число буси. За поддержку он обещал им огромные пожалования: например, Хосокава — о-в Сикоку, Имагава — провинцию Биттю̄, Акамацу — Харима, Ники — Тамба и т. д.
В 1336 г., обеспечив себе поддержку юго-запада, Асикага Такаудзи вновь двинулся на столицу. Он разбил армию Нитта в битве при Минатогава в провинции Сэццу, после чего Нитта отступил к столице. Выступавший на стороне Годайго знаменитый воин того времени Кусуноки Масасигэ покончил с собой на поле боя, а сам Годайго укрылся у монахов на горе Хиэй.
Такаудзи вошел в столицу вместе с принцем Ютахито, братом отрекшегося императора Ко̄гон. Ютахито был возведен на трон под именем императора Ко̄мё̄. Годайго объявил, что только он как обладатель истинных императорских регалий является законным императором, а Ко̄мё̄ был возведен на трон с использованием фальшивых регалий. Сопровождаемый большим числом представителей аристократии и чиновников высоких рангов Годайго удалился в Ёсино. С того времени в государстве пои вились два двора — южный в Ёсино и северный в Киото.
Выбор Ёсино в качестве столицы южного двора определялся чрезвычайно удобными географическими особенностями этого места. Расположенное в горах, оно представляло собой естественную, природой созданную крепость, что во многом предопределило существование южного двора на протяжении около 50 лет. За это время был создан второй в истории страны сёгунат-бакуфу, в котором сменились 3 сёгуна, в Ёсино успели побывать на троне 4 императора, а в столице — 5.