Создание второго сёгуната
Первоначально южный двор поддерживали 25 провинций из 66, причем география их бы ла разнообразной. Например, в то время, когда в 1335 г. Асикага искал союзников на юго-западе страны, Китабатакэ Акииэ собрал немало сторонников на северо-востоке, в провинциях Хитати и Муцу.
После поражения при Минатогава Нитта Ёсисада с принцами Цунэнага и Таканага удалился в провинцию Этидзэн, принц Myнэнага, покинув гору Хиэй, присоединился к Китабатакэ Тикафуса в Исэ, многие сторонники южного двора отправились в провинции Кии и Кавати собирать силы и готовиться к новым выступлениям.
В конце 1337 г. армия южного двора под командованием Китабатакэ Акииэ разбила армию Асикага Ёсиакира, сына Такаудзи, и захватила Камакура. Однако уже весной 1338 г. в битве при Сэкигахаре Акииэ потерпел поражение от армии Асикага, возглавляемой Тадаёси и Ко̄-но Морофую, и бежал в Кавати. Тем не менее, через месяц с небольшим он собрал силы и вновь двинулся к столице. Однако этот поход закончился гибелью Акииэ в сражении у местечка Исудзу в провинции Идзуми.
К 1338 г. окрестности столицы находились под контролем Асикага. Такаудзи получил титул сэйи тайсё̄гун от императора Ко̄мё̄. Таким образом, с того времени начал свое существование второй в истории Японии сёгунат — Муромати бакуфу.
Оставалась еще армия Нитта Ёсисада в провинции Этидзэн. Против нее Асикага выставили армию под командованием Ко̄-но Моронао и Ко̄-но Мороясу. Нитта вынужден был укрыться в Канагасаки. Осада его замка продолжалась несколько месяцев, но в конце концов он был взят. Ёсисада был смертельно ранен, принц Таканага покончил с собой, а принц Цунэнага был отправлен в столицу, где тоже погиб.
Успехи южного двора
В 1339 г. умер император Годайго, и «южным» императором стал принц Норинага под именем Гомураками. Последующее десятилетие не было отмечено сколько-нибудь значительными событиями, но с 1347 г. успех стал сопутствовать южному двору. В то время в провинциях Кии, Идзуми и Сэццу его сторонников возглавлял Кусуноки Масацура. Он уже был известен своими удачными партизанскими вылазками. Обеспокоенные власти бакуфу направили в Идзуми армию во главе с Хосокава Акиудзи, которая была разбита. На помощь Хосокава была отправлена еще одна армия, которая тоже потерпела поражение. Это демонстрировало реальную опасность для существования бакуфу.
В 1348 г. большая армия под руководством братьев Ко̄ — Моронао и Мороясу — атаковала Кусуноки Масацура в Кавати. Масацура погиб в сражении, что явилось тяжелым ударом не только для семьи Кусуноки, но и для армии южного двора. Путь на Ёсино открыт. Император Гомураками успел скрыться. Ко̄-но Моронао сжег все дворцовые постройки и уже торжествовал победу, но совершенно неожиданно был разбит войском Кусуноки Масанори младшим братом погибшего Масацура. Ко̄-но Мороясу также потерпел поражение в Кавати. После 13 лет противостояния южный двор стал одерживать победы. В 1349 г. начались переговоры о воссоединении императорского дома.
Борьба в стане Асикага
Победы южного двора во многом объяснялись обострившимися противоречиями внутри бакуфу. Конфликт разгорелся между Асикага Тадаёси и братьями Ко̄. В 1348 г., окружив резиденцию Тадаёси в столице, братья Ко̄ потребовали его отставки с поста представителя сёгуна в столице. Такаудзи оказался в сложном положении, поскольку его армия была в несколько раз меньше армии братьев Ко̄, и вынужден был искать компромисс. По соглашению, Тадаёси был отстранен от власти, и его место в столице занял Ёсиакира, сын Такаудзи, который пребывал в Камакура в качестве представителя сёгуна в Канто̄. В Камакура же был отправлен младший сын Такаудзи в сопровождении Ко̄-но Морофую и Уэсуги Нориаки.
Казалось, что Тадаёси совсем ушел с политической сцены, тем более, что в 1350 г. он принял буддийское посвящение. Однако в 1351 г., когда Такаудзи и Ко̄-но Моронао отправились походом на Кю̄сю̄, Тадаёси попытался вступить в переговоры с южным двором. После их неудачи он начал собирать войско, чтобы захватить столицу и покончить с властью ненавистных ему братьев Ко̄. Г 1351 г. после тяжелейшего сражения за столицу Ёсиакира вынужден был покинуть город. Такаудзи, который к тому времени также потерпел неудачу в наведении порядка на юге страны, вернулся в столицу, где полновластным правителем сделался Тадаёси; братья Ко̄ при возвращении были убиты, попав в засаду.