Теперь конфликт был перенесен в рамки семьи Асикага — отношения стали выяснять братья. Такаудзи хотел обеспечить передачу власти своим сыновьям, а не брату, и поэтому добивался того, чтобы следующим сёгуном стал Ёсиакира, а младший сын Мотоудзи — представителем сёгуна в Канто̄ (Канто̄ канрэй). Люди были в растерянности, казалось, что страна разделена на 3 части, и борьба между ними будет вечной.
Осенью 1351 г, между братьями, казалось, наступило примирение, но их вассалы и сторонники продолжали сражаться в разных частях страны. Подобное положение объективно играло на руку южному двору. Сознавая это, Такаудзи принес извинении южному двору, чтобы выиграть время. В ответ в столицу был направлен документ, в котором говорилось, что государство должно вернуться к положению годов Гэнко̄ (1331–1333), когда власть была у единого императора.
Отречением императора Суко̄ (1348–1351) завершилось существование северного двора, и началось единое правление Сё̄хэй (1351–1352). В конце года произошла передача императорских регалий. Южный двор принял их, хотя и с оговоркой, что они поддельные. Возглавлявший «южан» Китабатакэ Тикафуса понимал смысл политической игры Асикага Такаудзи, но пошел ему навстречу, поскольку соглашение между дворами могло привести и образованию единого фронта противодействия бакуфу.
В начале 1352 г. в первом же сражении в Суруга между братьями Асикага армия Тадаёси была разбита, а сам он был вынужден укрыться в горах Идзу. Такаудзи отправил ему мирные предложения, и Тадаёси сдался и отправился в монастырь Дзё̄мёдзи в Камакура, где весной того же года был отравлен и скончался.
Вооруженная борьба за столицу
После краха Тадаёси южный двор разработал план нападения на Такаудзи на востоке страны и на Ёсиакира в столице. На севере Канто̄ войско во главе с Нитта Ёсимунэ, к которому примкнули многие вассалы и сторонники Тадаёси, атаковали Камакура и вынудили Такаудзи покинуть город. До 1353 г. сражения в Канто̄ не прекращались, тем самым отвлекая силы бакуфу от столицы.
Весной 1352 г. армия южного двора вошла в столицу. Ёсиакира опять оставил город. 3 отрекшихся императора ветви Дзимо̄ин (Ко̄гон, Ко̄мё̄, Суко̄) и наследный принц Тадахито были отправлены во дворец Рокудзё̄ под стражей.
Взятие столицы было блестящей победой южного двора, однако противник был очень силен. Через 20 дней Такаудзи отбил столицу, преодолев отчаянное сопротивление армии «южан».
Казалось, что после смерти Тадаёси внутри бакуфу должна наступить хотя бы временная стабильность, однако многие сторонники отвернулись от сёгуна и стали поддерживать Асикага Тадафую, старшего сына Такаудзи и племянника Тадаёси, которого отец не признавал, а воспитывал дядя. Тадафую был тандай в провинции Нагато (южная оконечность Хонсю̄). К концу 1351 г. он контролировал также и северную часть о-ва Кю̄сю̄, а в союзе с домами Мори (провинция Аки) и Ивами (провинция Идзумо) — всю западную часть государства. Лишившись покровительства Тадаёси, Тадафую перешел на сторону южного двора.
В 1353–1355 гг. столица 5 раз переходила из рук в руки. Только в апреле 1355 г. после тяжелых сражений Такаудзи смог окончательно в ней закрепиться. Некогда блестящая столица представляла собой тогда жалкое зрелище, город был почти полностью уничтожен пожарами.
Любопытно, что победа той или иной стороны зачастую зависела от того, какие части армий «меняли знамена». Известен пример Ямана, который из-за того, что не получил земельное владение от Такаудзи, перешел вместе со своим отрядом на сторону южного двора, что обеспечило захват столицы в 1353 г. Этот случай не был единственным, и подобные ситуации возникали в войсках на всех уровнях. Принципы японской воинской этики (буси до̄ — «путь воина») тогда еще не сложились, и время гражданских войн периода Намбокутё выглядело отнюдь не героически. Оно было наполнено примерами бегства полководцев, трусости, подлости и предательства. По остроумному замечанию японского исследователя Като̄ Сю̄ити, «сущность бусидо̄ проявилась во время правления военной диктатуры Токугава — уже после того, как воины перестали сражаться».
После возвращения Такаудзи в столицу сопротивление сил южного двора практически прекратилось. Имели место только отдельные столкновения на Кю̄сю̄ и в провинции Синано. Асикага Тадафую ушел с политической сцены и скрылся где-то на западе страны. Еще в 1354 г. умер Китабатакэ Тикафуса, верный сторонник и продолжатель дела Годайго. Это была, вероятно, самая большая, после смерти Годайго, потеря для южного двора. Двор покинул Ёсино и переместился в провинцию Кавати, в монастырь Конго̄дзи.