В июне 1358 г. Асикага Такаудзи умер, и сёгуном стал Ёсиакира, который в следующем году совместно с Хатакэяма выступил против южного двора. Хатакэяма во главе армии двинулся к Кавати. Южный двор переживал тяжелые времена, многие его прежние сторонники перешли на сторону сёгуна. Военная кампания складывалась неблагоприятно для «южан», но по неясным причинам Ёсиакира прекратил боевые действия и вернулся в столицу. Более того, он предложил южному двору заключить соглашение.
Хатакэяма был крайне недоволен нерешительностью сёгуна вернулся со своей армией в Камакура. Вновь происходила перегруппировка сил. Никки Есинага со своим отрядом присоединился к южному двору, также поступил и Хосокава Киёдзи.
В начале 1362 г. силы южного двора двинулись к столице Ёсиакира покинул столицу вместе с императором. В 4-й раз армии южного двора вошла в столицу и, как уже неоднократно бывало, вновь была вытеснена оттуда войсками сёгуна менее, чем через 20 дней. После этих событий единственным очагом сопротивления оставался о-в Кю̄сю̄, находившийся под контролем принца Канэнага. Многие, даже самые верные, сторонники покинули южный двор. После смерти Гомураками в 1368 г. на сторону северного двора перешел Кусуноки Масанори. Новым императором ветви Дайкакудзи стал Тё̄кэй.
Завершение периода Намбокутё̄
В 1371 г- на Кю̄сю̄ на должность тиндзэй тандай был назначен Имагава Садаё, один из самых блестящих людей своего времени. Он был знаменитым поэтом, талантливым военачальником. Помня о предыдущих попытках наведения порядка на Кю̄сю̄, Имагава действовал продуманно и постепенно. Сначала он добился соглашения с главой дома О̄ути (провинция Суо̄), потом, с помощью Хосокава, — соглашений с военными домами на о-ве Сикоку, и только затем предпринял наступление на Кю̄сю̄. В 1372 г. Имагава захватил дадзайфу, вытеснил Канэнага и вступил в должность. Однако полностью остров перешел под контроль бакуфу только после 1383 г., со смертью Канэнага.
Воссоединение императорского дома произошло в 1392 г. по Настоянию сёгуна Ёсимицу, когда император Гокамэяма согласился прибыть в столицу, где и произошло объединение дворов.
История противостояния двух императорских дворов — лишь внешняя сторона глубокого процесса перемен, происходившего в японском обществе на протяжении всего XIV в. То было время практически полного ухода с политической сцены аристократического сословия, завершения кобу сэйдзи — политики сосуществования аристократии и военных, характерной для первого бакуфу. На авансцене государственной жизни прочно утвердились воины-букэ, которые, впрочем, стремились вписаться в иерархию императорского двора и создать единую систему власти.
Политическая идеология сёгуната
В 1336 г. в преамбуле «Кэмму сикимоку» — документа, который был, скорее, политическим манифестом, чем законодательством, — отмечалось что новая власть должна установить мир, закон и порядок, при которых улучшится жизнь людей. Чтобы достичь «правильного» управления считалось необходимым провести в жизнь следующие меры:
1) строжайшая экономия во всем;
2) запрет пьянства и азартных игр;
3) наказание за разбой, убийство и иные жестокие преступления;
4) прекращение вторжений в жилища людей и вмешательства в частные дела;
5) возвращение земли прежним владельцам и разрешение восстановления их жилых построек (в столице);
6) создание отрядов для борьбы с огнем (т. е. пожарных дружин) и проведение противопожарных мер;
7) подбор людей на должности сюго в соответствии с их качествами и способностями, поскольку с давних времен именно они обеспечивали мир и порядок в провинциях;
8) прекращение подачи советов государю со стороны придворных, женщин и буддийских монахов,
9) усиление дисциплины среди чиновников и тщательный подбор кандидатов на должности;
10) запрещение взяток;
11) запрещение принимать подарки как служащим дворца, так и служащим всех недворцовых ведомств;
12) подбор личных служащих правителей (императора и сёгуна) по благосклонности правителей;
13) точное исполнение церемоний и скрупулезное соблюдение различий в рангах;