— исполнять указания бакуфу по конфискации и перераспределению владений.
Таким образом, сюго теперь исполняли как судебные, так и фискальные функции, полностью заменив кокуси. В период правления первых двух сёгунов Асикага в центральные и западные провинции назначались люди не местного происхождения, т. е. менялся принцип назначения власти на местах по принципу преданности бакуфу.
Видимо, одной из главных трудностей с которой столкнулся новый сёгунат после того, как отгремели сражения, и произошло воссоединение императорского двора, был сепаратизм отдельных районов. Канто̄, О̄ (север Хонсю̄), Кю̄сю̄ не просто были расположены далеко от столицы, от центральной власти, но и имели свои культурные и экономические отличия, к которым добавилась сила местных военных домов.
С правлением 3-го сёгуна Асикага Ёсимицу были связаны мероприятия по оформлению структуры государственного управления. Необходимо было найти некий баланс власти между сёгуном, двором и сюго, создать централизованную систему управления, которая позволила бы держать под контролем эти территории. Это была одна из первых попыток в японской истории создать систему государственного управления, реально действовавшую на большей части японского архипелага, а не только в районе Кинай. До XIV в. владения на севере и юге страны были практически самостоятельными, да и отношения Кинай-Канто̄ тоже были, скорее, «равноправными», нежели построенными на принципах административного подчинения.
Вероятно, перенесение столицы бакуфу в Киото было связано со стремлением создать действительно централизованное управление, а не просто «союз» с районом Канто̄, центром власти букэ. Создать подобную систему управления пытался еще император Годайго, который так же, как за тысячу лет до него полулегендaрный император Кэйко̄ разослал 8 своих сыновей в разные районы страны, включая Кю̄сю̄ и север Хонсю̄, в качестве управляющих районами. Асикага Такаудзи действовал в том же направлении, намеченном Годайго, однако, поскольку он не имел возможности опираться на авторитет императорской власти, он попытался найти разные, особые формы управления для ранее самостоятельных районов страны.
Несмотря на то, что дом Асикага имел глубокие корни в Канто̄, этот район тяготел к самостоятельности как центр власти военного сословия. Решив сделать ставку на родственные связи, Асикага Такаудзи в 1349 г. направил в Канто̄ своего сына Мотоудзи, присвоив ему титул Канто̄ канрэй — правитель Канто̄. Главным советником-помощником при нем был назначен Уэсуги Нориаки.
В дополнение к прежним восьми провинциям, в Канто̄ фу (район Канто̄) были включены еще Идзу и Каи. Канто канрэй получил очень широкие полномочия: он имел административную и судебную власть, право самостоятельно начинать военные действия, назначать чиновников на должности в местных управлениях, а также право наблюдать за деятельностью буддийских и синтоистских храмов. За собой правительство бакуфу оставило только право регулировать порядок наследования в доме Уэсуги.
Все же тенденции к самостоятельности в Канто̄ были очень сильны. При этом оппозиционные настроения по отношению к Асикага Такаудзи подогревались тем, что многие из военных домов ранее были сторонниками его брата Тадаёси. После смерти Мотоудзи в 1367 г. эти настроения усилились. Во второй половине XIV в. в Камакура были созданы органы управления, аналогичные столичным. Глава дома Асикага в Канто̄ стал носить титул кубо̄, означавший, что его обладатель исполнял государственные, а не частные (си) функции; ранее такой титул могли носить только сёгуны. Обязанности канрэй были переданы главе дома Уэсуги, что также демонстрировало независимость Канто̄ от центральной власти.
Провинции Муцу и Дэва на севере Хонсю̄ были окончательно включены в ареал японской государственности в период первого бакуфу. Положение района в тылу Канто̄, делало его стратегически важным. Император Годайго назначил управителем Муцу своего ближайшего соратника Китабатакэ Тикафуса. Асикага Такаудзи также назначал в этот район верных ему военачальников. В 1392 г. Канто̄ кубо̄ Асикага Удзимицу взял Муцу и Дэва под свою юрисдикцию и назначил туда в качестве канрэй своего сына.
Кю̄сю̄ и юго-западная оконечность Хонсю̄ были районами, в которых до 80-х годов XIV в. сохранялось сильное влияние южного двора. Правда, военные походы Имагава Садаё подавили там прямое сопротивление сторонников «южан», но местные военные дома оставались сильны, самостоятельны и к тому же, как правило, не имели связей с военными домами Канто̄. Учитывая эти обстоятельства, власти Муромати бакуфу были вынуждены в провинциях Сацума и О̄суми назначить сюго из дома Симадзу, в Хиго, Будзэн и Тикудзэн — из дома Сёни, в Бунго — из дома О̄томо, в Суо̄ — из дома О̄ути. Таким образом, правительство бакуфу, фактически, признало их власть.