Позиции бакуфу были наиболее сильны в 44 провинциях, расположенных между Канто̄ и северным Кю̄сю̄. Назначенные туда сюго были выходцами из 22 домов, связанных с Асикага родственными или вассальными узами. Однако, даже эти сюго всячески стремились получить максимальную самостоятельность. Поэтому было введено правило, обязывавшее сюго центральных провинций проживать в столице, что обеспечивало постоянный контроль над ними центральной власти. И хотя эта система не была законодательно оформленной, подобно сложившаяся позднее, при Токугава, системе заложничества санкин ко̄тай, тем не менее, к концу правления 3-го сёгуна Асикага она сделалась, фактически обязательной. Если сюго самовольно без разрешения покидал столичную резиденцию и направлялся в свою провинцию, это расценивалось как бунт.
Сюго провинций Канто̄ должны были проживать в Камакура. Что касается тандай провинций Кю̄сю̄ (фактически, тех же сюго), то, хотя их не обязывали проживать в каком-то определенном месте, большинство из них построили свои резиденции в столице. Вероятно, их привлекала культурная жизнь столицы, да и желание быть в центре политических событий.
В провинциях на время отсутствия сюго назначались один или несколько «исполняющих обязанности» (сюгодай) из числа ближайших вассалов. Поскольку сообщение между столицей и провинциями зачастую было затруднено, сюго постепенно теряли контроль над своими провинциями, в то время как сюгодай укрепляли свое положение. Это ситуация наиболее часто встречалась в тех провинциях, куда сюго были назначены «со стороны». В этом случае они с момента своего назначения вынуждены были опираться на наиболее влиятельные местные дома, кокудзи, которые в его отсутствии постепенно концентрировали в своих руках военную силу и власть.
Сёгун фактически был главой государства, легитимность его деятельности обеспечивал император, сам находившийся под контролем сёгуна. В период Муромати бакуфу сёгуны обладали почти той же широтой власти, как впоследствии сёгуны Токугава. Они наказывали и награждали, собирали налог с различных видов деятельности (ремесленной, торговой), контролировали последовательность престолонаследия в императорском доме, разбирали конфликты, возникавшие между военными домами, под их контролем находились все внешние связи.
Ключевой фигурой в системе власти Муромати бакуфу стал канрэй. Именно он обеспечивал отношения между сюго и сёгуном. Как глава ёриай (совета сюго) он посвящал сюго в дела бакуфу, сёгуну же сообщал мнения сюго по разным проблемам и предупреждал о возможном недовольстве. Должность канрэй занимали попеременно представители трех семей: Хосокава, Сиба и Хатакэяма. Эти три дома получили название санкан — «три канрэй». Именно они и составляли действительную опору власти второго бакуфу.
Первый канрэй — Хосокава Ёриюки — был назначен в 1367 г., Когда сёгуном стал Асикага Ёсимицу. Тогда под его контролем находилось 17 провинций. Сёгуну было всего 13 лет, поэтому первые годы его правления напоминали регентство, однако никогда в Муромати бакуфу не повторилась ситуации Камакура бакуфу, когда сёгуны утратили реальную власть. Возможно, этого не случилось потому, что пост канрэй не удалось монополизировать какому-либо одному дому. Хосокава Ёриюки занимал этот пост в 1368–1379 гг., его сменил Сиба Ёсимаса (1379–1398), а затем Хатакэяма Мотокуни. Впоследствии, хотя очередность иногда нарушалась, система работала еще более столетия.
Укрепление административного единства сёгуната
Для усиления центральной власти Асикага Ёсимицу необходимо было взять под контроль всех сюго. Асикага Ёсимицу начал с подчинения самого сильного, могущественного военного дома Ямана, контролировавшего 1/6 часть страны (11 из 66 провинций). Дом Ямана, во главе с Удзикиё, имел посты сюго в 11 провинциях области Санъиндо, включая Идзуми и Кии. В 1392 г. произошли события Мэйтоку-но ран. Ёсимицу собрал армию из враждебных Ямана домов, таких как Хатакэяма, Хосокава, О̄ути. Произошло сражение, в котором Имана Удзикиё был разбит и погиб. Эти события привели почти к полувековому подчинению дома Ямана центральной власти; только в 1441 г. он вновь окреп настолько, что поднял голову против бакуфу.