В 1399 г. сёгун переключился на следующего сильного и опасного для центральной власти сюго — О̄ути Ёсихиро, Ёсихиро всегда выступал на стороне сёгуна: и во время воссоединения императорских дворов в 1392 г., и в военном походе на Кю̄сю̄ под руководством Имагава Садаё, и во время кампании против Ямана. После победы над последним он получил посты сюго еще в 6 провинциях в дополнение к уже имевшимся Суо̄, Нагато, Ивами и Будзэн. Это способствовало укреплению его положения и усилению его влияния при дворе. Благодаря тому, что его владения были расположены в западной части страны, дом О̄ути играл важную роль в отношениях с материком — как торговых, так и политических.
В 1399 г. О̄ути Ёсихиро был обвинен в заговоре против бакуфу: будто бы он вместе с Канто̄ канрэй Асикага Мицуканэ намеревался выступить против Киото. Не вполне ясно, насколько обоснованным было это обвинение. Произошли события, которые вошли в историю под названием О̄эй-но ран. Между войсками сёгуна и дома О̄ути состоялось сражение, в котором О̄ути Ёсихиро был убит, после чего Асикага Мицуканэ признался в том, что они готовили заговор. Однако дом О̄ути не был уничтожен: часть владений перешла к Морими, младшему брату Ёсихиро, который сумел сохранить власть и владения дома на западе страны.
Кроме того, путем переговоров и устрашения были «призваны к порядку» дома Нитта и Датэ на севере, Китабатакэ в Исэ и др. Таким образом, к 10-м годам XV в. 3-й сёгун Асикага сумел взять под контроль практически всю страну, хотя эта власть и оказалась недолговечной.
Самой сильной, процветающей буддийской школой XIV-начала XV вв. была Риндзай дзэн и, особенно, направление госан («пять гор» или «пять монастырей»). Последнее начало оформляться в конце XIII в. В свое время Хо̄дзё̄ заимствовали из Китая практику иерархической организации дзэнских монастырей. Выделялись 3 уровня: высший — госан, — к которому относились монастыри в Камакура и Киото, дзиссацу («десять монастырей») — небольшие монастыри, расположенные в тех же городах, и провинциальные сёдзан — «храмы всех провинций».
Количество монастырей, включенных в госан менялось, но всегда преобладающую часть составляли монастыри Риндзай дзэн, в то время как школа Со̄то̄ дзэн была представлена единицами. Независимо от того, к какому иерархическому уровню относился монастырь, все они имели единую организационную структуру, единый монастырский устав и были подконтрольны законам бакуфу.
Как уже говорилось, монастыри старых буддийских школ были тесно связаны с императорским двором и аристократией, в то время как дзэнские монастыри под покровительством Хо̄дзё̄ отражали интересы, в первую очередь, буси. Однако, нельзя сказать, что императорский двор и аристократия остались вне растущего влияния этого направления буддизма. В 1291 г. отрекшийся монашествующий император Камэяма пожертвовал один из своих дворцов в Киото дзэнскому монастырю. Так был учрежден Нандзэндзи, ставший в скором времени главным среди госан. Император Годайго после разгрома Камакура бакуфу в 1333 г. ас дал столичные монастыри высшими в системе госан.
Дом Асикага традиционно был покровителем монастырей Риндзай дзэн. Став сёгунами, они продолжили политику Хо̄дзё̄ в отношении монастырей госан. Поскольку столицей нового бакуфу стал Киото, то, естественно, главное внимание сёгунов было сосредоточено на столичных монастырях, во главе которых стояли Мусо̄ Сосэки и Сёити.
Мусо̄ Сосэки был одним из крупнейших наставников дзэн. Он вел жизнь отшельника, однако после приглашения императора Годайго в 1325 г. стать настоятелем монастыря Нандзэндзи, жизнь его резко изменилась. Он занимал высшие посты в крупнейших дзэнских монастырях Японии, был духовным наставником Годайго, а после того, как императора удалили в Ёсино, пользовался покровительством Асикага Такаудзи и, особенно, Тадаёси, который был большим поклонником китайской культуры и хорошим знатоком дзэн. По рекомендации Мусо̄ Сосэки в каждой провинции было возведено по храму анкокудзи («спокойствия страны») и пагоде риссэто («милосердия») в память павших в шинах 30-х годов XIV в., а после смерти Годайго в 1339 г. при покровительстве Асикага был построен монастырь Тэнрю̄дзи, посвященный памяти императора. В период противостояния братьев Асикага Мусо̄ Сосэки предлагал пути примирения. Он также много сделал для поисков пути воссоединения двух императорских дворов.