Экономическая мощь позволяла канрэй все шире вмешиваться и в дела сёгунов. Из ближайшего окружения Асикага выдвинулись три феодальных семьи (Сиба, Хосокава, Хатакэяма), наиболее активно претендовавшие на высшие должности в аппарате сёгунского правления. Они выполняли разнообразные функции: Главного координатора сёгунской администрации, непосредственно секретаря сёгуна (сицудзи), главы судебного органа (хикицукэ то̄нин), главного политического советника для урегулирования отношений среди сёгунских вассалов.
6-й сёгун Ёсинори (1428–1441) попытался несколько ограничить влияния канрэй. Для этого он стремился оживить деятельность совещательного совета при сёгуне из главных вассалов (хё̄дзё̄сю̄). Однако ему не удалось добиться этого из-за сопротивления канрэй. Все же, в конце 30-х годов XV в. Ёсинори смог вновь подчинить центральной власти наиболее независимый и экономически сильный район Канто̄.
Реальная власть сёгуна в тот период опиралась на объединение двух наследственных структур — личную охрану, своеобразную лейб-гвардию (хо̄ко̄гата) и бугё̄нинсю̄ — чиновников-администраторов, представлявших мандокоро.
Хо̄ко̄гата как личная охрана подчинялись непосредственно сёгуну. Сохранились списки стражников (гобансё) за 40-е и 50-е Годы XV в. Они были организованы в 5 групп (гобан), и структура некоторых из них полностью сохраняла иерархию в системе феодальных домов, из которых они набирались.
Деятельность чиновников бугё̄нинсю̄ распространялась далеко за пределы мандокоро, и охватывала самурай докоро и монтю̄дзё.
В середине XV в. наследственные администраторы были выходцами из нескольких феодальных семей — Ино̄, служившие еще в камакурской администрации, Сэй, Дзибу, Мацуда, Сува, Накадзава, Фусэ.
В сборнике документов того периода «Бугё̄нин хо̄сё» («Административные директивы») перечислены должности, которые занимали администраторы. Это — секретари сёгунского правительства (ю̄хицусю̄), советники (сикихё̄дзё̄сю̄), судьи (хикицукэсю̄).
Представители административной службы сёгуната, монополизировавшие эти должности, на фоне основной массы самураев были весьма грамотным слоем общества, обладали опытом административной практики и серьезной юридической подготовкой. Они традиционно пользовались уважением в правящей элите и в обществе в целом.
То, что даже низшие звенья административного аппарата обладали монополией на наследственное замещение должностей, давало сёгунам определенную возможность бороться за ограничение влияние канрэй. Сёгун, опираясь на группу семей, наследственно связанных с его администрацией, и на свою личную систему охраны, стремился единолично контролировать политическую и судебную области деятельности правительства.
Впрочем, наследственный принцип формирования административного аппарата приводил и к некоторым отрицательным по следствиям. Среди наследственных чиновничьих групп был силен дух родственной и корпоративной солидарности, которая к концу XV в. сделалась так сильна, что сложилась ситуации, когда нередко горизонтальные связи оказывались значительно сильнее чем вертикальные. Таким образом, нарушалось взаимодействие между высшими и низшими уровнями в администрации.
Кроме того, это провоцировало конфликты между различными органами сёгунской администрации. Так, в 1485 г. возникло острое противостояние между бугё̄нин и стражей. Внешне повод глядел не особенно серьезно — вопрос был в том, где им располагаться во дворце сёгуна, в частности, на разнообразных приемах. На самом же деле речь шла об определении статуса каждой этих структур в системе власти.
Распад системы сё̄эн
Несмотря на прекращение противостояния двух династий, междоусобная борьба в стране продолжалась как столице, так и в провинциях, частности, полем самой интенсивной борьбы сделалась аграрная сфера. Междоусобные распри сопровождались переделом земель. Это отражало важные социально-экономические процессы, характерные для этого периода японской истории, и прежде все — разложение и распад сформировавшейся в X в. системы сё̄эн.
К XV веку сё̄эн претерпел серьезную трансформацию. Бывшие чиновники — назначенные в провинцию еще при камакурском сёгунате военные управители сюго и сборщики налогов дзито̄ сделались самыми крупными землевладельцами. Имея огромную власть в провинции, жалованные сё̄эн, они постепенно превращались в феодальных владетелей — сюго даймё̄. В то же время они сохраняли чиновничий аппарат сё̄эн и, передавая должности своим вассалам, усиливали таким образом свое влияние.