Для простого труженика — крестьянина или горожанина — привлекательным казалось и то, что, в отличие от других школ, Икко̄ в XV в. не имела крупных земельных владений с приписными деревнями, где крестьяне фактически подвергались эксплуатации со стороны монахов. И, наконец, принадлежность к религиозной секте весьма ощутимо снижала налогообложение.
В 1487 г. школа Икко̄ возглавила восстание крестьян в провинции Кага (совр. префектура Исикава), в участвовало около 200 тыс. чел. Духовные лидеры школы использовали обстоятельство для того, чтобы добиться своего участия в управлении провинцией наряду с местными феодалами. В результате в течение почти 100 лет Кага считалась «крестьянской провинцией», хотя, безусловно, это было не больше, чем название — руководство всей ее жизнью осуществлялось блоком духовенства и феодалов.
Высшее духовенство Икко̄ активно проводило политику расширения влияния секты, в том числе, и в чисто территориальном смысле. Армия «крестьянской провинции» несколько раз входила на территорию Этидзэн (совр. префектура Фукуи), где располагались владения даймё̄ Асакура, но закрепиться там не сумела.
Зато в других провинциях действия Икко̄ сопровождались несомненным успехом. Так, используя феодальное соперничество, секта более чем на полтора столетия (до конца XVI в.) заняла прочные позиции в Микава. Эта провинция, особенно ее западная часть, стала ареной активной деятельности монахов храма Хонгандзи, главного храма Икко̄, которые вели борьбу с приверженцами других религиозных течений.
В восстаниях, которые инициировались Икко̄, участвовали не только крестьяне: последние были их главной действующей силой только в начальный период событий. С течением времени социальный состав их участников становился все более разнообразным. Постепенно в движение Икко̄ в массовом порядке включились самураи, которые установили тесные связи с высшими слоями духовенства, а потом и заняли в нем руководящие посты.
Следствием этого стала определенная милитаризация секты, наращивание ее военной мощи и, фактически, превращение ее в сильное феодальное войско. Идеи социального равенства, когда-то заложившие основу популярности школы Икко̄, отошли на второй план и вместо появился дух религиозной нетерпимости.
В 1532 г. армия Икко̄ начала осаду города Сакаи. Поводом к нападению послужило то, что там преобладало влияние школы Нитирэн. После длительной осады и боев в районе Сакаи огромная армия религиозных повстанцев пошла на Нара, сожгла одну из главных святынь — храм Ко̄фукудзи — и объявила о намерении захватить столицу.
С 1294 г. преобладающим влиянием в Киото пользовалась школа Нитирэн. В 30-х годах XVI в. там действовало основанное на ее учении религиозное движение Хоккэ икки, выступавшее против секты Икко̄. Построенные в Киото 21 храм школы Нитирэн были укреплены как крепости.
В июне 1532 г. против господства Нитирэн в столице выступила также секта Тэндай монастыря Энрякудзи. Ее сторонники развернули наступление на столицу, разгромили штаб Хокэ — храм Хонкокудзи — и сожгли все до единого храмы Нитирэн в Киото. Столичный район Симогё̄, где было 13 таких храмов, был разрушен полностью.
Однако уже в 1533 г. движение Хокэ перешло в наступление: на этот раз объединенные силы с его участием под руководством Хосокава Харумото даже двинулись на Исияма Гобо̄ Хонгандзи (территория совр. О̄сака) — штаб Икко̄. В 1534 г. война между религиозными армиями, состоявшими большей частью из крестьян, завершилась перемирием.
Уязвимость крестьянства в условиях ширившихся феодальных междоусобиц, необходимость противостоять притязаниям феодала, чиновникам местной администрации, заставляла крестьян искать защиту у представителей мощной, разветвленной религиозной организации и, соответственно, участвовать в религиозных войнах. В результате, к середине XVI в. в провинции Микава кипели междоусобные войны, в которых участвовали не только феодалы, но и монахи враждовавших между собой храмов и монастырей, возглавлявшие многочисленные отряды своих приверженцев из самураев, мё̄сю и крестьян.
Превращение секты Икко̄ в воюющий феодальный клан стало еще более очевидным в 60-70-х годах XVI в., когда ее деятельность пришла в столкновение с планами «первого объединителя» Японии Ода Нобунага.
Во время войны за подчинение провинции Микава союзник Нобунага Токугава Иэясу пришлось столкнуться с сопротивлением монахов, когда он попытался установить контроль над их землями. В 1563 г. Иэясу увеличил налоги, поскольку ему потребовались средства на строительство замка в Сасаки. По этой причине крестьяне подняли восстание, руководителем которого выступили храмы Хонсё̄, Цутимия и другие, относившиеся к храму Хонгандзи. Иэясу попытался начать с ними переговоры, но его послы были убиты.