Однако по мере расширения и укрепления его власти отношение Ода Нобунага к городскому самоуправлению менялось. Ведение постоянных войн заставляло Ода Нобунага изыскивать все Новые резервы. В 1568 г. он обложил Сакаи тяжелым военным налогом (ясэн) в размере 20 тыс. кан (1 кан=3,75 кг) серебра, от уплаты которого город отказался. Одновременно от уплаты военного налога рисом отказались еще два города — Камигё̄ (севернее Киото) и Амагасаки. С последними Нобунага поступил в своем излюбленном стиле: оба они были окружены войсками, атакованы и сожжены.
Не менее решительно действовал Ода Нобунага и против купцов Сакаи. Он увеличил сумму налога до 25 тыс. кан и двинул войска к Сакаи, пригрозив сжечь город дотла. Зная, что этот ультиматум — не пустые угрозы, горожане сдались и уплатили требуемую сумму. Однако дело этим не кончилось, Нобунага обложил город новым огромным налогом и потребовал его ежегодной выплаты. Тогда старейшие, убеленные сединами представители главных купеческих домов отправились в личный замок Нобунага в Адзути, чтобы выразить свой протест. Нобунага жестоко расправился с «парламентерами» — он бросил их в тюрьму, а затем, после неудачной попытки вырваться из заключения, казнил.
Ода Нобунага полностью поставил Сакаи под свой контроль. Ров вокруг города — символ независимости — был засыпан. В дальнейшем, при Тоётоми Хидэёси, в Сакаи был назначен бугё̄ (специальное должностное лицо), но самоуправление города было сохранено.
В период правления Ода Нобунага, а затем Тоётоми Хидэёси часть городов, которые переходили под контроль военных диктаторов, составляли категорию «непосредственно контролируемых владений». Для управления городами, представлявшими особую важность для режима, назначались специальные чиновники.
Помимо прочего, Ода Нобунага рассматривал введение такого управления как род репрессий. Так, в наказание за союз, заключенный с находящимся в опале Сакаи, к категории «непосредственно контролируемых владений» был отнесен город Хирано.
Как правило «непосредственно контролируемые владения» были весьма прибыльными для государственной казны. В конечном тоге, в их список попали Киото, О̄сака, Нара, О̄минато (совр. префектура Аомори на севере Хонсю̄), Хаката, Нагасаки и Сакаи.
В XIV–XVI вв. непрерывные феодальные междоусобицы и крестьянские восстания лишили политической стабильности всю центральную часть Хонсю̄. В тот период значительную общественную роль начали играть буддийские школы. Среди них наиболее популярными стали Тэндай (Опора небес), Сингон (Истинное слово), Хонган (Великий обет).
Монастыри этих школ были не только религиозными, но крупными экономическими и военными центрами. Создавались буддийские экономически самостоятельные общины, вовлекшие в себя самые широкие слои населения — крестьян и горожан, ремесленников и торговцев и даже значительное число самураев. Неприступной крепостью на горе Хиэй, в окрестностях Киото, возвышался монастырь Энрякудзи секты Тэндай. Крупнейшим религиозным и культурным центром провинции Сэццу и района Нанива (совр. О̄сака) был храм Хонгандзи секты Синсю̄.
В 1497 г. Рэннё, 8-й настоятель храма Хонгандзи, завершил строительство укрепленного монастыря Исияма Гобо̄. Он был расположен в возвышенной части Нанива. Определить точное положение Исияма Гобо̄ сейчас довольно трудно. Археологи выдвинули два предположения. Согласно одному из них, монастырь располагался на территории современного осакского квартала Хоэндзака-мати; согласно другому, он находился в районе Осакского замка. Вторая версия, пожалуй, более убедительна, ибо имеется документальное подтверждение строительства замка на месте храма Исияма Хонгандзи.
Храмовое хозяйство Исияма Гобо̄ укреплялось с каждым десятилетием. Месторасположение монастыря оказалось на редкость удачным. Водные артерии Нанива — рукава рек, старые каналы и новые, сооруженные монахами, пересекались со множеством сухопутных и речных маршрутов района Кинай. Монастырь поддерживал связи и с иностранными купцами. Суда из Китая и стран Юго-Восточной Азии по каналам и руслам рек подходили к самым стенам храмовых зданий и швартовались у монастырской пристани. Китайские суда доставляли в Японию шелк-сырец, разнообразные ткани (некоторые из них по качеству были гораздо лучше японских и ценились примерно вдвое дороже). Выгодной статьей обмена считались и медные деньги, которые привозили в Японию китайские купцы.