Хидэёси пришел в ярость и повелел немедленно искоренить христианство как вредную и опасную секту. Повинуясь его приказу, солдаты вторглись в монастырь францисканцев в О̄сака и схватили четырех человек, в том числе настоятеля монастыря Педро Баптисте. Кроме того, в Киото было схвачено 15 японцев-христиан и пятеро испанцев. Все 24 человека были заключены в тюрьму в Киото, где у каждого из них был отрезан кусок левого уха. 4 февраля 1597 г. их повезли на телегах в Нагасаки. Впереди процессии красовалась надпись: «Эти люди будут распяты в Нагасаки за ослушание правителя». Всего в Японии было тогда казнено более 80 христианских проповедников. Хидэёси вторично приказал выслать из страны всех миссионеров, но этот приказ опять не был исполнен, так как проповедники нашли защиту у феодалов-христиан.
После смерти Хидэёси в 1598 г. отношения между японским правительством и христианами продолжали ухудшаться. Правда, захвативший власть Токугава Иэясу поначалу отказался от крутых мер своего предшественника, так как не хотел нанести ущерб торговле. Однако при этом он относился к испанцам и португальцам очень подозрительно и всячески пытался ограничить их контакты с населением. Вскоре же судьба послала ему новых торговых партнеров.
Появление в Японии голландцев и англичан
В 1600 г- к берегам Японии подошло голландское судно «Лифде». Узнав об этом, Токугава Иэясу выразил желание лично допросить кого-либо из команды. К нему был доставлен некто Уильям Адамс, англичанин, служивший на «Лифде» штурманом. Этот человек произвел на Иэясу столь сильное впечатление, что он предложил Адамсу сделаться своим советником. Тот согласился. Он принял японское имя Миура Андзин, получи звание самурая высокого ранга и поместье, приносившее ему немалый доход. Адамс занимал очень высокое положение в окружении Иэясу и был одним из его самых доверенных сотрудников. Понятно, что он оказал большую помощь английским купцам и не менее сильно навредил испанцам и португальцам, которых ненавидел: ведь в то время память об угрозе вторжения «Непобедимой армады» Филиппа II на Британские о-ва была еще совсем свежей.
Между тем, испанцы и португальцы безуспешно пытались восстановить свое былое влияние в Японии. Католические миссии продолжали прибывать в порты о-ва Кю̄сю̄. При этом, несмотря на угрожающее положение, ссоры и интриги между иезуитами и другими монашескими орденами не прекращались. Но главный удар и те и другие, конечно, направляли против Адамса и голландцев и, пытаясь представить их в невыгодном свете, зачастую совершенно теряли чувство меры.
Слухи о высоком положении Адамса достигли Европы, и в 1609 г. в Японию прибыла целая голландская флотилия. После переговоров, во время которых голландцы щедро раздавали обещания не вести никакой религиозной пропаганды, им было позволено открыть факторию в Хирадо. В 1613 г. такое же разрешение получили англичане.
В то же время травля католиков все усиливалась. В 1612 г. Иэясу нанес христианству страшный удар. Он объявил миссионеров врагами государства и Будды, посадил их на суда и выслал из страны. Кроме того, многие христиане-японцы были переселены в малоосвоенные тогда северные районы о-ва Хонсю̄.
В довершение всего Англия и Голландия в 1619 г. подписали так называемый договор о защите, а попросту — соглашение о захвате испанских и португальских судов в водах Дальнего Востока. Если на борту захваченных судов оказывались монахи, то англичане и голландцы передавали их в руки японских властей, которые их незамедлительно казнили. Однажды в Нагасаки было сожжено сразу 30 испанских монахов. Оказывая подобные услуги японцам, англичанам и голландцам удавалось сохранять свои фактории в Хирадо.
Симабарское восстание
Казалось, что с японским христианством покончено. Но вскоре в его историю была вписана еще одна трагическая страница.
За 80 лет, прошедших со дня прибытия первых миссионеров в Японию, христианство пустило глубокие корни на юге страны. Новая религия довольно широко распространилась среди народных масс. Именно последняя категория христиан представляла наибольшую опасность для правительства — с феодалами-христианами справиться было гораздо легче. Кроме того, «народное христианство» угрожало и господствующему классу в целом. В средневековье антифеодальные настроения, как правило, облекались в форму ересей. На определенном этапе в Японии такой ересью стало католичество. Поэтому в 30-х годах XVII в. сёгунское правительство преследовало христиан с редкой жестокостью. Схваченных католиков подвергали чудовищным пыткам.