Адамс провел в тюрьме долгих 6 недель, с ужасом ожидая каждый день смертного приговора — он был наслышан каким страшным пыткам подвергали в Японии приговоренных к смерти. Но его в третий раз вызвал к себе Иэясу и опять вел с ним длительную беседу. Казалось, на этот раз он окончательно поверил в искренность и правдивость ответов англичанина и ему разрешили вернуться к команде, которая и не чаяла увидеть его живым.
Целый месяц голландцы и Адамс пребывали в полном неведении относительно своей дальнейшей судьбы, пока не получили приказ прибыть в Эдо, где находился замок Иэясу. Команде очень хотелось вернуться на родину, но все их попытки успехом не увенчались: японцы официально объявили, что никто из членов команды не имеет права покидать страну. Моряки поделили оставшиеся деньги и разбрелись кто куда. Иэясу проявил неожиданную щедрость — каждому была назначена небольшая годовая пенсия и ежедневный рисовый паек. Как сложилась их судьба, неизвестно, сведения сохранились лишь о Квакернаке, Адамсе и еще об одном матросе.
Судьба милостиво обошлась с Адамсом, он стал советником Иэясу, который все больше и больше доверял англичанину, ценя его разносторонние знания. Адамс, по просьбе Иэясу, стал преподавать ему основы математики, а позже стал переводчиком сёгуна, вытеснив с этой должности иезуита Родригеса. Во время одной из бесед Иэясу высказал пожелание, чтобы Адамс построил судно по образцу «Лифде». И сколько Адамс не объяснял, что он штурман, а не корабел, ему пришлось приступить к работе. С помощью старательных японских мастеров было построено судно водоизмещением 80 т, которое очень понравилось Иэясу.
Адамс был осыпан многими милостями. Иэясу подарил ему большое поместье в Хэми на юго-востоке о-ва Хонсю̄, но жизнь на природе его не привлекала. Поскольку он стал заниматься торговлей, то купил себе дом в Эдо, городе, куда устремлялись представители многих купеческих домов, и где заниматься торговлей было очень выгодно.
Адамс стал в Японии богатым и влиятельным человеком, однако он не мог вернуться в Англию, где его ждали жена и дочь, которым ему изредка удавалось отправлять письма. И он решил жениться на японке. Брак оказался счастливым, у него родились сын Джозеф и дочь Сюзанна.
К концу 1605 г. дела Адамса процветали, и даже португальские иезуиты считали за лучшее поддерживать хорошие отношения с человеком, который пользовался уважением самого Иэясу.
А Адамса одолевала тоска по родине, и он решил еще раз обратиться к сёгуну с просьбой разрешить ему вернуться в Англию. Но Иэясу остался непреклонен, и можно предположить, что ностальгия стала вечной спутницей англичанина.
Адамс выполнил важную роль в налаживании японо-голландских торговых отношений. Он сопровождал к Иэясу прибывших в 1609 г. в Японию голландцев, и, благодаря его содействию, они получили право торговать во всех портовых и даже отдаленных от моря городах, а также открыть торговую факторию на о-ве Хирадо.
Несколько позже, 12 июня 1613 г., к берегам Японии приплыл английский корабль. Наконец-то Адамс встретился с соотечественниками! Он приложил много сил, чтобы наладить выгодную для Англии торговлю с Японией. Однако у него не сложились отношения с капитаном корабля Д.Сэрисом, которого возмущало, что Адамс стал «настоящим японцем». Поэтому он часто не прислушивался к советам Адамса и тем самым обрек английскую торговлю на провал: Адамс советовал Д.Сэрису основать английскую торговую факторию в Урага, а не на Хирадо, где уже вели торговлю голландцы. Но к разочарованию Адамса капитан выбрал именно этот остров, получив в лице голландцев серьезных конкурентов. И спустя некоторое время англичанам пришлось покинуть Японию.
Воспользовавшись прибытием в Японию англичан, Адамс в 1613 г. еще раз обратился к Иэясу с просьбой разрешить ему вернуться на родину. Сёгун поинтересовался, серьезно ли его намерение, и, услышав утвердительный ответ, к удивлению Адамса, дал наконец свое согласие. Но вернуться в Англию ему было не суждено, и можно только гадать, что повлияло на его решение остаться и Японии — любовь к жене-японке и детям или неуверенность в своем будущем в Англии: ведь в Японии он стал влиятельным и богатым человеком.
Положение Адамса пошатнулось после смерти Иэясу. Новый сёгун, Хидэтада, не оказывал ему такого покровительства, как отец. Ему приходилось часами ожидать ответ на какие-либо просьбы или обращения. Было ясно, что Адамс впал в немилость, и время его огромного влияния безвозвратно ушло.