Постепенно пришельцы и их потомки вовлекали местных жителей в свою систему общественных и хозяйственных связей. После окончательного перехода значительной части населения архипелага к оседлому образу жизни и производящему типу хозяйства, основанному на земледелии (в средним и позднем Яёй), появилась тенденция к росту социального напряжения. Возникшее в то время чувство собственности на землю и сопутствовавшие ему территориальные конфликты привели к тому, что поселения стали окружаться рвом с водой и обноситься изгородью.
Переход к производящему типу хозяйства сопровождался ростом населения вплоть до появления его относительной избыточности (в результате меньшей зависимости от случайностей, драматически влиявших на жизнь охотников и собирателей, улучшения питания, возрастания продолжительности жизни), увеличением давления на окружающую среду и развитием межобщинных конфликтов в результате борьбы за контроль над землей и источниками воды, чего не наблюдалось ранее, когда жизнь населения не была столь привязана к определенной территории.
Анализ погребений практически на всей территории распространения культуры Яёй показывает стремительное нарастание случаев насильственной смерти во второй половине этого периода. Это, а также появление укрепленных поселений, свидетельствует о высокой социальной конфликтности в то время.
Погребения Яёй, точно так же, как и в предыдущий период, не были единообразными. Как правило, все они располагались неподалеку от поселений. Зафиксированы погребения как без гробов, так и в деревянных, керамических и каменных гробах. На севере Кю̄сю̄ существовал обычай сооружать поверх могилы насыпь из камней. В Центральной Японии (район современных городов Нара-Киото-О̄сака) могилу окружали рвом с водой. Этот тип погребения мог быть весьма масштабным. В Ками (г. О̄сака) имеется коллективное погребение (23 костяка) прямоугольной формы, длина которого составляет 26 м (известны и индивидуальные захоронения подобного образца). Вместе с захоронениями в северной части Кю̄сю̄ они образуют прототип курганных погребений периода Кофун.
В районе Канто̄ и на северо-востоке в середине периода Яёй практиковались повторные захоронение: после того, как плоть истлевала, кости омывали и помещали их в керамический сосуд, Хотя к концу периода Яёй от этого способа захоронения отказались в пользу устройства могил, окруженных рвом с водой, сама идея повторного захоронения еще долгое время сохраняла свое значение (погребения знати в период Кофун, т. н. могари, когда между временным и постоянным захоронением могло проходить несколько лет).
Погребальный инвентарь в период Яёй показывает заметную тенденцию социальной дифференциации. В Сугу и Микумо (префектура Фукуока) встречаются погребения как с весьма богатым инвентарем (бронзовое оружие, бронзовые зеркала, украшения, китайские монеты), так и с почти полным отсутствием такового. Богатые погребения, однако, пока еще не отделены территориально и располагаются на общем кладбище. Но к концу Яёй по всей западной Японии появляются и личные погребения, расположенные отдельно, вне общего кладбища, что свидетельствует об окончательной утрате общиной социальной однородности.
В период Яёй исчезли или проявили тенденцию к быстрому сокращению атрибуты ритуалов, игравших заметную роль в религиозной жизни людей Дзё̄мон: до̄гу, каменные палицы (сэкибо̄), вырывание и подпиливание зубов. Вместо этого сложились два четко выраженных ритуальных комплекса, имевших своими центрами северный Кю̄сю̄ и район Кинки (совр. столичные округа Киото и О̄сака, префектуры Сига, Хё̄го, Нара, Вакаяма, Миэ) на Хонсю̄. Для первого из них характерны бронзовые ритуальные широколезвийные мечи, для второго — бронзовые колокола (до̄таку).
В настоящее время найдено около 500 до̄таку. Размеры их варьируются в пределах от 20 до 130 см. При этом с течением времени наблюдается увеличение их размеров и превращение из культового музыкального инструмента в предмет ритуала, лишенный музыкальной функции. Многие колокола украшены изображениями животных, сценами охоты.
Находки последнего времени демонстрируют, что культурное районирование по признаку мечи-до̄таку приводит к определенным упрощениям. Так, на северном Кю̄сю̄ зафиксированы находки колоколов, а бронзовое ритуальное оружие — в районах Кинки, Тю̄гоку (совр. префектуры Окаяма, Хиросима, Ямагути, Симанэ, Тоттори) и Сикоку. Существуют и места параллельного бытования колоколов и бронзовых мечей. В настоящее время многие историки считают, что применительно к началу периода Яёй культурно-типологическая характеристика регионов только по наличию в них бронзовых колоколов или же мечей не представляется возможной. Она начинает «работать» лишь в позднем Яёй, когда отдельные регионы уже совершили свой ритуальный выбор. Новые данные показывают сложность реального процесса становления культуры, демонстрируя, что всякая культурная закономерность имеет скорее статистический, нежели чем абсолютный характер.