Правительственный аппарат, созданный при Токугава, был довольно большим. В нем имелось четкое распределение должностей и обязанностей, в сферу его деятельности входили как государственные дела, так и обслуживания сёгунского двора.
Государственные дела вели высшие сановники: регент, старшие и младшие государственные советники, руководители ведомств. Немалое влияние на них оказывал и личный секретарь сёгуна (собаё̄нин), через которого сановники передавали свои доклады верховному правителю страны.
Высшая государственная должность — главный советник (тайро̄) — не была постоянной, а учреждалась обычно при малолетнем сёгуне или в связи с чрезвычайными обстоятельствами. На этот пост выдвигались особо доверенные лица.
Старшие государственные советники (ро̄дзю̄), которых было 5 или 6, ведали делами управления страной и сёгунскими территориями, надзором за даймё̄ и др. Они назначались из числа богатых фудай даймё̄, имевших доход не менее 25 тыс. коку риса. Если состояние вновь назначенного было ниже установленного ценза, то правительство жаловало ему дополнительные земли с соответствующим доходом. Ро̄дзю̄ исполняли свои обязанности посменно, по месяцу каждый. В определенные дни они принимали даймё̄, чиновников и других просителей.
У ро̄дзю̄ были помощники — младшие государственные советники (вакадосиёри), которые ведали охраной сёгуна и его дворца, полицейским аппаратом и всеми другими военными отрядами, формировавшимися из самураев-вассалов сёгуна (хатамото, гокэнин). На эту должность назначались лица из числа менее состоятельных фудай даймё̄.
Для обсуждения государственных дел ро̄дзю̄ и вакадосиёри периодически собирались в одном из залов сёгунского дворца — Гоёбэя. Это был высший административный орган — государственный совет, — который по месту проведения заседаний иногда называли Гоё̄бэя.
Административными, финансово-экономическими и хозяйственными делами бакуфу ведали 4 ведомства, деятельность которых осуществлялась под началом ро̄дзю̄.
3-й сёгун Иэмицу придал административной системе более четкую структуру. В 1634 г. бакуфу разграничило полномочия и должностные обязанности ро̄дзю̄ и вакадосиёри. Ро̄дзю̄ стали ведать делами даймё̄, чьи доходы превышали 10 тыс. коку риса, иностранными делами и финансовыми вопросами. А вакадосиёри получили в свое ведение дела, которые касались охраны сёгунского двора, а также всем, что было связано с хатамото и гокэнин; эти непосредственные вассалы сёгуна имели доход менее 10 тыс. коку.
Обязанности тайро̄ были более четко определены лишь в 1638 г., однако даже тогда обязанности этого формально второго после сёгуна лица в государстве были обрисованы весьма расплывчато, в результате чего политическая значимость тайро̄ осталась неясной. По-видимому, полномочия этой должности ограничивались консультативными функциями.
Финансовое ведомство (кандзё̄ бугё̄) управляло всеми финансами бакуфу, ведало вопросами, связанными с налогами и повинностями, наблюдало за деятельностью правительственных наместников (гундай и дайкан), рассматривало жалобы населения восьми провинций района Канто̄. Ему были подчинены монетный двор, управление лесами и рисовыми складами. Это ведомство играло большую роль в жизни крестьян, проживавших на территориях сёгунских владений, так как все налоговые книги, списки и документы, касавшиеся обложения, представлялись провинциальными наместниками сёгуна именно в это ведомство. Жалобы крестьян, поданные в государственный совет, обычно направлялись в по ведомство на предварительное рассмотрение.
Ведомство по делам религии (дзися бугё̄) ведало делами буддийских и синтоистских храмов, и кроме того рассматривало жалобы населения всех других районов Японии, кроме восьми провинций района Канто̄. Поэтому оно тоже имело большое значение для крестьян.