Падение политического значения императорской власти сопровождалось ухудшением материального положения императорского дома. Денег не хватало и на проведение синтоистких церемоний государственного масштаба, что негативно отражалось на отношении народа к императору.
Особенно плачевным было положение императоров во время второго сёгуната (1338–1573). Сёгуны из династии Асикага, чье правительство находилось в Киото, непочтительно относились к императорскому дому, хотя и получили титул сёгуна из рук императора. В период ожесточенных междоусобных войн, начавшихся в XV в., не собиралась установленная для императорского двора подать. Двор, давно уже не имевший власти, беднел и утрачивал свой авторитет. У придворной аристократии не хватало даже теплой одежды и еды.
Следующий этап в истории императорского дома наступил во второй половине XVI в. и был связан с процессом объединения страны, когда на политической сцене появились Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу.
Нобунага и Хидэёси принимали меры к возрождению религиозного престижа монархии. Это было в русле их политики в отношении буддизма, основанной на стремлении свести к минимуму влияние буддийского духовенства, претендовавшего на самостоятельную роль в делах страны. Были выделены специальные средства для нормального выполнения императором своих ритуальных функций, была возрождена почетная система придворных титулов.
Ода Нобунага вернул придворной аристократии принадлежавшие ей ранее земли, рассчитывая с помощью этого утвердить свое влияние на императора и двор. С этой же целью в 1579 г. он усыновил принца, сына императора О̄гимати. В результате Ода Нобунага получил высокий придворный ранг. Хидэёси также был удостоен высших титулов. Император пожаловал ему аристократическую фамилию Тоётоми, признавая его заслуги перед троном.
Токугава Иэясу, став сёгуном в 1603 г., тоже получил этот титул из рук императора Гоё̄дзэй, что не помешало сёгуну заставить его отречься от престола в 1611 г. Первое время Токугава оказывали двору некоторые внешние знаки почтения. Но по мере укрепления власти сёгуна усиливалась политика полного подчинения императорского двора сёгунату, который все меньше и меньше считался с Киото.
Токугава владели 1/4 всех земель страны, остальное принадлежало феодальным князьям и императорскому дому. Владения последнего были невелики, поэтому двор всегда нуждался в средствах и находился в экономической зависимости от бакуфу. Бюджет императорского двора утверждал сёгун. Личное имущество императора оценивалось в 10–30 тыс. коку. Все придворные, включая и императорскую семью, получали на содержание 120–130 тыс. коку. Их материальное положение можно было сравнить с положением даймё̄ средней руки. Причем сёгуны то уменьшали, то увеличивались размеры владений и средств, предназначенных на содержание императорского дома. Обычно для императора выделялись деревни, где собирали низкие урожаи риса.
О плачевном материальном положении придворной аристократии (кугэ) говорит тот факт, что многие из них были вынуждены заниматься изготовлением игральных карт, перепиской старых рукописей, рисованием и другими побочными занятиями, а также перепродажей секретов ремесла.
Несмотря на полную утрату императором реальных политических прав, императорский двор оставался важной составной частью государственного аппарата. Формально император являлся верховным правителем страны, получившим власть из рук богини Аматэрасу. В формуле бансэй иккэй («одна линия на века») воплотился принцип непрерывного правления императорского дома. Все правители Японии использовали религиозный престиж императора. Сёгуны как бы получали из рук императора мандат на управление страной. За императором сохранялось право раздачи придворных должностей и рангов и наград. Но когда придворный титул присваивали букэ, пожалование производилось по представлению сёгуна. Самостоятельность императора касалась и отправления религиозных обрядов. Но сёгунат вмешивался и в эти дела. Так, в 1615 г. были приняты указы бакуфу из 17 статей, ставивших двор и придворную аристократию под контроль сёгуната. Эти указы регламентировали жизнь императорского двора, дворянства и духовенства.
Сыновья императоров, за исключением наследных принцев, обычно становились монахами и возглавляли тот или иной монастырь или храм. Это делалось по двум причинам — чтобы не разрасталась императорская семья, и чтобы ее члены не могли принимать какое-либо участие в политической жизни страны. Сёгунат вмешивался в вопросы престолонаследия, всячески стремился изолировать даймё̄ от императорского двора, запретив им посещать Киото и т. д.