С именем Хидэтада связано становление и укрепление всех политико-административных институтов сёгуната — усиление контроля над даймё̄, над императорским домом, реорганизация всех административных органов. В отношении даймё̄ был принят «Княжеский кодекс» («Букэ сёхатто», 1615), согласно которому даже о ремонте замка надлежало докладывать властям. Наряду со строгими правилами, касавшимися всех сторон жизни даймё̄, в кодексе содержались и мудрые советы, например:
«Князья должны назначать на руководящие должности в своих княжествах людей способных и достойных. Искусство управлять заключается в умении подбирать подходящих лиц. Должны быть проведены точная грань между заслугами и проступками и правильное распределение наград и взысканий. Если в княжестве есть способные люди, оно будет процветать; если их нет, оно будет разрушаться. Такое ясное предостережение было сделано древними мудрецами. Упомянутое выше должно строго соблюдаться».
Подобные строгие правила были составлены и для императорского двора («Кинтю̄ нараби-ни кугэ сёхатто»).
Хидэтада упорядочил систему военной службы не только в системе бакуфу, но и в княжествах. В области внешних сношений он ограничил торговлю с голландцами и англичанами портом Нагасаки и о-вом Хирадо и усилил контроль за внешней торговлей, подчинив ее непосредственно бакуфу. Кроме того, были приняты новые указы против европейских миссионеров. Так делались первые шаги к изоляции страны.
Хидэтада, как и его отец, при жизни отказался от поста сёгуна в пользу своего сына Иэмицу, но фактически правил до конца своих дней. Он умер 24 января 1632 г. и был похоронен на территории храма Дзо̄дзё̄дзи в Эдо.
Токугава Иэмицу
3-й сёгун Иэмицу правил в 1623–1651 гг., но фактически обрел полноту власти с 1632 г. после смерти отца.
Время его правления было отмечено политической стабильностью, однако это не означало, что в стране отсутствовали недовольные. Иэмицу провел ряд административных реформ, которые позволили ему укрепить сёгунскую власть. Он ужесточил дисциплину в военных домах букэ, усилил контроль над даймё̄. При нем в 1634 г. окончательно оформилась система заложничества (санкин ко̄тай), при которой даймё̄ попеременно несли службу при сёгунском замке в Эдо, а, возвращаясь в свое владение, оставляли в Эдо в качестве заложников членов своих семей.
При Иэмицу был принят «Дворянский кодекс» («Сёси хатто»), регламентировавший нормы поведения, правила наследования и т. д. Действенным рычагом его политики было перемещение даймё̄ — это сдерживало их сепаратистские устремления и укрепляло центральную власть. Кроме того, Иэмицу старался по возможности уменьшить владения тодзама даймё̄, особенно в тех районах Японии, где дом Токугава имел слабые позиции (север и запад о-ва Хонсю̄, острова Сикоку и Кю̄сю̄). За счет их земель он увеличивал владения самих Токугава и фудай даймё̄. После Иэмицу, во второй половине XVII в., конфискации владений тодзама даймё̄ стали проводиться значительно реже, а в XVIII в. — лишь в единичных случаях.
После Симабарского восстания (1637–1638) в Японии усилились гонения на христиан. Иэмицу последовательно издал серию указов, крайне ограничивших общение Японии с внешним миром, что в исторической перспективе имело как положительные, так и отрицательные последствия. В 1624 г. приезжать в Японию было запрещено испанцам, 1630 г. последовал запрет на ввоз в страну европейских книг, в 1639 г. из Японии были изгнаны португальцы. Вести торговля в Японии разрешалась лишь китайцам и голландцам.
В период правления Иэмицу могущество сёгуната достигло своего апогея — в стране окончательно утвердилась сильная центральная власть.
Иэмицу умер 12 апреля 1651 г.
Токугава Иэцуна
4-й сёгун Иэцуна, правил в 1651–1680 гг.
Токугава Иэмицу умер внезапно и в стране началось замешательство. Этим воспользовались ро̄нин, самураи, лишившиеся своих сюзеренов и, следовательно, средств к существованию. Они замышляли убить нового сёгуна, похитить императора и заставить его издать указ о наказании Токугава. Заговорщики надеялись, что власть в стране захватят тодзама даймё̄, начнется междоусобная война, где ро̄нин и найдут себе применение, поскольку война была их основной профессией. Но бакуфу удалось погасить заговор.